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LongSAGE, RL-SAGE y SuperSAGE

LongSAGE, RL-SAGE y SuperSAGE son modificaciones del análisis serial de la expresión génica (SABIO).

Haber: Dimarion/Shutterstock.com

El SABIO es una tecnología para la expresión del mRNA que determina y de cuantificación en una muestra. Puede ser utilizado para un alcance de usos de perfilar las células del tumor a estudiar la biología de invertebrados.

El análisis serial de la expresión génica (SABIO) utiliza el mRNA de una muestra determinada para crear los fragmentos complementarios de la DNA (cDNA) que se amplifican y se ordenan usando la alto-producción que ordena tecnología.

El mecanismo detrás del SABIO se basa en las etiquetas que pueden determinar la transcripción original, y la secuencia rápida de cadenas de las etiquetas conectadas juntas. El procedimiento esencialmente simplifica la secuencia conectando los segmentos del cDNA juntos en una cadena larga. El análisis resultante da una foto del transcriptome de la muestra, incluyendo la identidad y la abundancia de cada mRNA.

LongSAGE

El análisis serial largo de la expresión génica (LongSAGE) es una forma aumentada del SABIO que genera las etiquetas que son 21 pares bajos, bastante que 14, al igual que típico con SABIO.

LongSAGE utiliza un diverso endonuclease de la restricción de IIS, MmeI, con ciertas otras modificaciones del método para producir una etiqueta más larga. Se estima que el 99,8 por ciento de 21 etiquetas del punto de ebullición ocurre apenas una vez en un genoma la talla del genoma humano. Las etiquetas SABIAS típicas del punto de ebullición 14 son el solamente 80 por ciento de único.

LongSAGE tiene algunas limitaciones. Hay una serie del punto de ebullición del constante 4 en cada etiqueta que sea un artefacto de la hendidura de la enzima de la restricción. Hay también algunos genes que faltan el sitio necesario de la restricción. Otro problema es que LongSAGE marca solamente el fósforo con etiqueta a la parte de cada gen. Para conseguir series integrales del gen, el análisis adicional se requiere.

RL-SAGE

LongSAGE robusto es otra variación en el SABIO con algunas ventajas sobre el método original. RL-SAGE tiene cuatro mejorías sobre LongSAGE:

  • Aplicaciones solamente 50 ng del mRNA para la construcción de la biblioteca, comparado a 2 ug para el SABIO
  • La formación aumentada del adaptador y del ditag del cDNA se realiza con un período más largo de la ligadura
  • Solamente 20 reacciones en cadena de polimerasa del ditag son necesarias para una biblioteca completa (los métodos el cerca de 90 por ciento menos que anteriores)
  • Los concatenameros se digieren parcialmente antes de reproducir

El protocolo de RL-SAGE puede generar dos o tres bibliotecas, en 4,5 millones de etiquetas, en un mes.

SuperSAGE

SuperSAGE despliega la talla SABIA de la etiqueta más lejos, a 26 pares bajos. La talla creciente de la etiqueta iguala más exacto la etiqueta a su transcripción. SuperSAGE se ha combinado con tecnología del microarray de la alto-producción para aumentar la potencia del método más lejos.

Las series de la etiqueta de SuperSAGE fueron sintetizadas directamente dentro del arsenal para realizar la expresión génica que perfilaba para 1000 genes en el benthamiana de Nicotania de la especie del arroz.

Fuentes:

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Last Updated: Feb 26, 2019

Dr. Catherine Shaffer

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Dr. Catherine Shaffer

Catherine Shaffer is a freelance science and health writer from Michigan. She has written for a wide variety of trade and consumer publications on life sciences topics, particularly in the area of drug discovery and development. She holds a Ph.D. in Biological Chemistry and began her career as a laboratory researcher before transitioning to science writing. She also writes and publishes fiction, and in her free time enjoys yoga, biking, and taking care of her pets.

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