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MPSS et SAUGE comparés

L'analyse de l'expression des gènes est l'étude de la fréquence relative de l'expression du gène individuelle dans un échantillon.

Crédit : Sergey Nivens/Shutterstock.com

Des gènes sont codés dans l'ADN, transcrits à l'ARN, et traduits à la protéine. L'ARN messager (ARNm) est l'opération intermédiaire entre un gène et la protéine qu'il code. Le niveau de l'ARNm dans un échantillon indique pour cette raison le niveau de l'expression du gène. Plus l'ARNm, plus le niveau de l'expression est élevé.

Des études d'expression du gène peuvent être effectuées suivre un grand choix de méthodes, y compris la puce ADN d'ADN, l'hybridation de fluorescence, (FISH) ARN-seq in situ, couvrant de tuiles les choix, la signature parallèle massive ordonnançant (MPSS), et l'analyse séquentielle de l'expression du gène (SAUGE).

Les dernières deux méthodes, MPSS et SAUGE, ont beaucoup de similitudes dans la technique et l'application. Les deux sont des techniques qui peuvent être employées sans information préalable de séquence.

Ordonnancement parallèle massif de signature (MPSS)

Dans MPSS, des transcriptions d'ARNm sont captées utilisant des séquences de signature d'ADN complémentaire fixées à différents microbeads. Les microbeads s'analysent dans un format de choix dans une cellule de flux.

Des bases de l'ARNm alors sont systématiquement affichées par l'hybridation à un codeur fluorescent marqué et alors retirées. Des ronds successifs de l'identification et du démontage sont effectués jusqu'à ce que la séquence soit complète. Le résultat est un choix de séquences s'échelonnant de 17 au point d'ébullition 20. Puisque des milliers peuvent être ordonnancés en même temps, il désigné sous le nom massivement du parallèle.

Le niveau d'expression est déterminé par le nombre de transcriptions actuelles selon million de molécules. MPSS n'exige pas que des gènes sont recensés et caractérisés avant de commencer l'analyse. La sensibilité de MPSS est quelques molécules d'ARNm selon la cellule.

Analyse séquentielle d'expression du gène (SAUGE)

La SAUGE emploie l'ARNm d'un échantillon particulier pour produire les éclats de l'ADN complémentaire (ADNc) qui sont amplifiés et ordonnancés utilisant le haut-débit ordonnançant la technologie. Le mécanisme derrière la SAUGE est basé sur les balises qui peuvent recenser la transcription originelle, et l'ordonnancement rapide des réseaux des balises jointes ensemble.

La procédure simplifie essentiellement l'ordonnancement en joignant les segments d'ADNc ensemble dans une longue chaîne. L'analyse donnante droit donne un instantané du transcriptome de l'échantillon, y compris l'identité et l'abondance de chaque ARNm.

Comparaison

MPSS a quelques avantages par rapport à la SAUGE. On est la longueur de la séquence de paire de bases employée pour recenser des transcriptions. La SAUGE produit d'une balise qui est environ 14 nucléotides, alors que MPSS emploie une signature de 17 nucléotides.

Les longueurs de signature de 14 nucléotides sont de seulement 80 pour cent de seules, alors que la signature de 17 nucléotides est d'environ 95 pour cent de seule.

De plus, MPSS a un ensemble de données avec une profondeur plus grande, qui peut être plus utile pour des ARNm exprimés très à un à basse altitude. MPSS a la capacité pour une bibliothèque de 1 million de balises de signature. C'est environ 20 fois la taille d'une bibliothèque SAGE.

Le compte de transcription d'utilisation de les deux techniques selon million de molécules pour représenter l'expression du gène et les deux ont le débit très élevé.

Applications

Les applications de la SAUGE et du MPSS sont tout à fait assimilées. L'analyse de l'expression des gènes a été employée en travers d'un large éventail d'organismes et de conditions de la maladie. l'expression de Cancer-détail des gènes a été employée pour recenser des bornes de la maladie et des objectifs potentiels pour le traitement. l'expression de Tissu-détail peut indiquer la biologie fondamentale des cellules.

Crédit : Illumina inc./Youtube.com

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Last Updated: Feb 26, 2019

Dr. Catherine Shaffer

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Dr. Catherine Shaffer

Catherine Shaffer is a freelance science and health writer from Michigan. She has written for a wide variety of trade and consumer publications on life sciences topics, particularly in the area of drug discovery and development. She holds a Ph.D. in Biological Chemistry and began her career as a laboratory researcher before transitioning to science writing. She also writes and publishes fiction, and in her free time enjoys yoga, biking, and taking care of her pets.

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