L'analisi di espressione genica è lo studio sulla frequenza relativa di espressione genica determinata in un campione.
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I geni sono codificati in DNA, sono trascritti a RNA e sono tradotti a proteina. Il RNA messaggero (mRNA) è il punto intermedio fra un gene e la proteina che codifica. Il livello di mRNA in un campione quindi indica il livello di espressione genica. Più il mRNA, il livello elevato dell'espressione.
Gli studi di espressione genica possono essere effettuati facendo uso di vari metodi, compreso il microarray del DNA, l'ibridazione della fluorescenza, (FISH) RNA-seguente in situ, piastrellanti le schiere, l'impronta parallela massiccia che ordinano (MPSS) e l'analisi seriale di espressione genica (SALVIA).
I due metodi posteriori, MPSS e SALVIA, hanno molte similarità nella tecnica e nell'applicazione. Entrambe sono tecniche che possono essere usate senza informazioni preliminari di sequenza.
Ordinamento parallelo massiccio dell'impronta (MPSS)
In MPSS, le trascrizioni del mRNA sono catturate facendo uso delle sequenze complementari dell'impronta del DNA fissate alle diverse microperle. Le microperle sono analizzate in un formato di schiera in una cella di flusso.
Le basi del mRNA poi sono lette sistematicamente tramite l'ibridazione ad un codificatore fluorescente contrassegnato e poi sono eliminate. I giri successivi dell'identificazione e della rimozione sono effettuati finché la sequenza non sia completa. Il risultato è una schiera delle sequenze che variano da 17 a 20 B.P. Poiché migliaia possono essere ordinate contemporaneamente, si riferisce a in maniera massiccia come parallela.
Il livello di espressione è determinato dal numero delle trascrizioni presenti per milione molecole. MPSS non richiede che i geni siano identificati e caratterizzati prima di cominciare l'analisi. La sensibilità di MPSS è alcune molecole del mRNA per cella.
Analisi seriale di espressione genica (SALVIA)
La SALVIA usa il mRNA da un campione particolare per creare i frammenti complementari del DNA (cDNA) che sono ampliati ed ordinati facendo uso di alto-capacità di lavorazione che ordina la tecnologia. Il meccanismo dietro SALVIA è basato sui tag che possono identificare la trascrizione originale e sull'ordinamento rapido delle catene dei tag collegati insieme.
La procedura essenzialmente semplifica l'ordinamento collegando i segmenti del cDNA insieme in una catena lunga. L'analisi risultante dà un'istantanea del transcriptome del campione, compreso l'identità e l'abbondanza di ogni mRNA.
Confronto
MPSS presenta alcuni vantaggi sopra SALVIA. Uno è la lunghezza della sequenza della coppia di basi usata per identificare le trascrizioni. La SALVIA genera un tag che è circa 14 nucleotidi, mentre MPSS usa un'impronta di 17 nucleotidi.
Lle lunghezze dell'impronta di 14 nucleotidi sono soltanto 80 per cento unici, mentre l'impronta di 17 nucleotidi è circa 95 per cento unici.
Inoltre, MPSS ha un gruppo di dati con maggior profondità, che può essere più utile per i mRNAs espressi molto ad un a basso livello. MPSS ha la capacità per una libreria di 1 milione tag dell'impronta. Quella è circa 20 volte la dimensione di una libreria PRUDENTE.
Il conteggio della trascrizione di uso di entrambe le tecniche per milione molecole per rappresentare l'espressione genica ed entrambi hanno capacità di lavorazione molto alta.
Applicazioni
Le applicazioni di SALVIA e di MPSS sono abbastanza simili. L'analisi di espressione genica è stata usata attraverso una vasta gamma di organismi e di stati di malattia. l'espressione Cancro-specifica dei geni è stata usata per identificare gli indicatori di malattia e gli obiettivi potenziali per la terapia. l'espressione Tessuto-specifica può rivelare la biologia di fondo delle celle.
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