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MPSS e SÁBIO comparados

A análise da expressão genética é o estudo da freqüência relativa da expressão genética individual em uma amostra.

Crédito: Sergey Nivens/Shutterstock.com

Os genes são codificados no ADN, transcritos ao RNA, e traduzidos à proteína. O RNA de mensageiro (mRNA) é a etapa intermediária entre um gene e a proteína que codifique. O nível de mRNA em uma amostra indica conseqüentemente o nível de expressão genética. Mais o mRNA, mais alto o nível de expressão.

Os estudos da expressão genética podem ser realizados usando uma variedade de métodos, incluindo o microarray do ADN, a hibridação da fluorescência, (FISH) RNA-segs. in situ, telhando disposições, a assinatura paralela maciça que arranjam em seqüência (MPSS), e a análise de série da expressão genética (SÁBIO).

Os últimos dois métodos, MPSS e SÁBIO, têm muitas similaridades na técnica e na aplicação. Ambas são as técnicas que podem ser usadas sem informação prévia da seqüência.

Arranjar em seqüência paralelo maciço da assinatura (MPSS)

Em MPSS, os transcritos do mRNA são capturados usando seqüências complementares da assinatura do ADN anexados aos microbeads individuais. Os microbeads são analisados em um formato da disposição em uma pilha de fluxo.

As bases do mRNA são lidas então sistematicamente pela hibridação a um codificador fluorescente etiquetado e removidas então. Os círculos sucessivos da identificação e da remoção são realizados até que a seqüência esteja completa. O resultado é uma disposição de seqüências que variam de 17 a 20 bp. Porque os milhares podem ser arranjados em seqüência ao mesmo tempo, é referido como maciça a paralela.

O nível da expressão é determinado pelo número de transcritos actuais por milhão moléculas. MPSS não exige que os genes estão identificados e caracterizados antes de começar a análise. A sensibilidade de MPSS é algumas moléculas do mRNA pela pilha.

Análise de série da expressão genética (SÁBIO)

O SÁBIO usa o mRNA de uma amostra particular para criar os fragmentos complementares do ADN (cDNA) que são amplificados e arranjados em seqüência usando a alto-produção que arranja em seqüência a tecnologia. O mecanismo atrás do SÁBIO é baseado nas etiquetas que podem identificar o transcrito original, e em arranjar em seqüência rápido das correntes das etiquetas ligadas junto.

O procedimento simplifica essencialmente arranjar em seqüência ligando os segmentos do cDNA junto em uma corrente longa. A análise resultante dá um instantâneo do transcriptome da amostra, incluindo a identidade e a abundância de cada mRNA.

Comparação

MPSS tem algumas vantagens sobre o SÁBIO. Um está a um comprimento da seqüência baixa dos pares usada para identificar transcritos. O SÁBIO gera uma etiqueta que seja aproximadamente 14 nucleotides, visto que MPSS usa uma assinatura de 17 nucleotide.

Os comprimentos da assinatura de 14 nucleotides têm somente 80 por cento originais, quando a assinatura de 17 nucleotide tiver aproximadamente 95 por cento original.

Além, MPSS tem um conjunto de dados com maior profundidade, que pode ser mais útil para os mRNAs expressados em um muito de baixo nível. MPSS tem a capacidade para uma biblioteca de 1 milhão etiquetas da assinatura. Aquela é aproximadamente 20 vezes o tamanho de uma biblioteca PRUDENTE.

A contagem do transcrito do uso de ambas as técnicas por milhão moléculas para representar a expressão genética e ambos têm a produção muito alta.

Aplicações

As aplicações do SÁBIO e do MPSS são bastante similares. A análise da expressão genética foi usada através de uma vasta gama de organismos e de estados da doença. a expressão Cancro-específica dos genes foi usada para identificar marcadores e alvos potenciais da doença para a terapia. a expressão Tecido-específica pode revelar a biologia subjacente das pilhas.

Crédito: Illumina inc/Youtube.com

Fontes

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Last Updated: Feb 26, 2019

Dr. Catherine Shaffer

Written by

Dr. Catherine Shaffer

Catherine Shaffer is a freelance science and health writer from Michigan. She has written for a wide variety of trade and consumer publications on life sciences topics, particularly in the area of drug discovery and development. She holds a Ph.D. in Biological Chemistry and began her career as a laboratory researcher before transitioning to science writing. She also writes and publishes fiction, and in her free time enjoys yoga, biking, and taking care of her pets.

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