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MPSS y SABIO comparados

El análisis de la expresión génica es el estudio de la frecuencia relativa de la expresión génica individual en una muestra.

Haber: Sergey Nivens/Shutterstock.com

Los genes se codifican en la DNA, se transcriben al ARN, y se traducen a la proteína. El ARN de mensajero (mRNA) es el paso intermedio entre un gen y la proteína que codifica. El nivel de mRNA en una muestra por lo tanto indica el nivel de expresión génica. Más el mRNA, más alto es el nivel de expresión.

Los estudios de la expresión génica se pueden realizar usando una variedad de métodos, incluyendo el microarray de la DNA, el hibridación de la fluorescencia, (FISH) ARN-seq ines situ, tejando matrices, la firma paralela masiva que ordena (MPSS), y el análisis serial de la expresión génica (SABIO).

Los últimos dos métodos, MPSS y SABIO, tienen muchas semejanzas en técnica y el uso. Ambas son las técnicas que se pueden utilizar sin la información anterior de la serie.

Secuencia paralela masiva de la firma (MPSS)

En MPSS, las transcripciones del mRNA se capturan usando series complementarias de la firma de la DNA sujetadas a los microbeads individuales. Los microbeads se analizan en un formato del arsenal en una célula de flujo.

Las bases del mRNA entonces son leídas sistemáticamente por el hibridación a un codificador fluorescente etiqueta y después quitadas. Los cartuchos sucesivos de la identificación y del retiro se realizan hasta que la serie sea completa. El resultado es un arsenal de series que colocan a partir del 17 al punto de ebullición 20. Porque los millares se pueden ordenar al mismo tiempo, se refiere como masivo paralelo.

El nivel de la expresión es determinado por el número de transcripciones presentes por millón de moléculas. MPSS no requiere que los genes estén determinados y caracterizados antes de comenzar análisis. La sensibilidad de MPSS es algunas moléculas del mRNA por la célula.

Análisis serial de la expresión génica (SABIO)

El SABIO utiliza el mRNA de una muestra determinada para crear los fragmentos complementarios de la DNA (cDNA) que se amplifican y se ordenan usando la alto-producción que ordena tecnología. El mecanismo detrás del SABIO se basa en las etiquetas que pueden determinar la transcripción original, y la secuencia rápida de cadenas de las etiquetas conectadas juntas.

El procedimiento esencialmente simplifica la secuencia conectando los segmentos del cDNA juntos en una cadena larga. El análisis resultante da una foto del transcriptome de la muestra, incluyendo la identidad y la abundancia de cada mRNA.

Comparación

MPSS tiene algunas ventajas sobre el SABIO. Uno es el largo de la serie baja de los pares usada para determinar transcripciones. El SABIO genera una etiqueta que sea cerca de 14 nucleótidos, mientras que MPSS utiliza una firma de 17 nucleótidos.

Los largos de la firma de 14 nucleótidos son el solamente 80 por ciento de único, mientras que la firma de 17 nucleótidos es el cerca de 95 por ciento de único.

Además, MPSS tiene un grupo de datos con la mayor profundidad, que puede ser más útil para los mRNAs expresados en un muy bajo. MPSS tiene la capacidad para una biblioteca de 1 millón de etiquetas de la firma. Ésa es cerca de 20 veces la talla de una biblioteca SABIA.

La cuenta de la transcripción del uso de ambas técnicas por millón de moléculas para representar la expresión génica y ambas tienen producción muy alta.

Usos

Los usos del SABIO y de MPSS son muy similares. El análisis de la expresión génica se ha utilizado a través de una amplia gama de organismos y de estados de la enfermedad. la expresión Cáncer-específica de genes se ha utilizado para determinar marcadores y los objetivos potenciales de la enfermedad para la terapia. la expresión Tejido-específica puede revelar la biología subyacente de las células.

Haber: Illumina inc./Youtube.com

Fuentes

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Last Updated: Feb 26, 2019

Dr. Catherine Shaffer

Written by

Dr. Catherine Shaffer

Catherine Shaffer is a freelance science and health writer from Michigan. She has written for a wide variety of trade and consumer publications on life sciences topics, particularly in the area of drug discovery and development. She holds a Ph.D. in Biological Chemistry and began her career as a laboratory researcher before transitioning to science writing. She also writes and publishes fiction, and in her free time enjoys yoga, biking, and taking care of her pets.

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