MPSS et comparaison SAGE

L'analyse de l'expression des gènes est une étude de la fréquence relative de l'expression de différents gènes dans un échantillon. Des gènes sont codés dans l'ADN, transcrits à l'ARN, et traduits à la protéine. Le messager RNAs, ou les ARNm, sont l'opération intermédiaire entre le gène et la protéine. Le niveau de l'ARNm dans un échantillon indique le niveau de l'expression du gène. Plus d'ARNm, plus le niveau de l'expression est élevé.

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Des études d'expression du gène ont été faites par un grand choix de méthodes, y compris la puce ADN d'ADN, l'hybridation de fluorescence, ARN-seq in situ, couvrant de tuiles les choix, la signature parallèle massive ordonnançant (MPSS), et l'analyse séquentielle de l'expression du gène (SAUGE). Les dernières deux méthodes, MPSS et SAUGE, ont beaucoup de similitudes dans la technique et l'application. Les deux sont des techniques qui peuvent être employées sans information préalable de séquence.

Ordonnancement parallèle massif de signature

Dans MPSS, des transcriptions d'ARNm sont captées sur différents microbeads par une séquence de signature d'ADN complémentaire. Les microbeads s'analysent dans le format de choix dans une cellule de flux. Des bases de l'ARNm sont systématiquement affichées par l'hybridation à un codeur fluorescent marqué et alors retirées. Des ronds successifs de l'identification et du démontage sont effectués jusqu'à ce que la séquence soit complète. Le résultat est un choix de séquences s'échelonnant de 17 au point d'ébullition 20. Puisque des milliers peuvent être ordonnancés en même temps, il désigné sous le nom massivement du parallèle.

Le compte de transcriptions, indiquant le niveau d'expression, est déterminé par le nombre de transcriptions actuelles selon million de molécules. MPSS n'exige pas que des gènes sont recensés et caractérisés avant de commencer l'analyse. La sensibilité de MPSS est quelques molécules d'ARNm selon la cellule.

SAUGE

La SAUGE emploie l'ARNm d'un échantillon particulier pour produire les éclats de l'ADN complémentaire (ADNc) qui sont amplifiés et ordonnancés utilisant le haut-débit ordonnançant la technologie. Le mécanisme derrière la SAUGE est basé sur les balises qui peuvent recenser la transcription originelle, et l'ordonnancement rapide des réseaux des balises jointes ensemble. La procédure simplifie essentiellement l'ordonnancement en joignant les segments d'ADNc ensemble dans une longue chaîne. L'analyse donnante droit donne un instantané du transcriptome de l'échantillon, y compris l'identité et l'abondance de chaque ARNm.

Comparaison

MPSS a quelques avantages par rapport à la SAUGE. On est la longueur de la séquence de paire de bases employée pour recenser des transcriptions. La SAUGE produit d'une balise qui est environ 14 nucléotides, alors que MPSS emploie une signature de 17 nucléotides. Les longueurs de signature de 14 nucléotides sont de seulement 80 pour cent de seules, alors que la signature de 17 nucléotides est d'environ 95 pour cent de seule. Aussi bien, MPSS a un ensemble de données avec une profondeur plus grande, qui peut être plus utile pour des ARNm exprimés très à un à basse altitude. MPSS a la capacité pour une bibliothèque de 1 million de balises de signature. C'est environ 20 fois la taille d'une bibliothèque SAGE.

Le compte de transcription d'utilisation de les deux techniques selon million de molécules pour représenter l'expression du gène et les deux ont le débit très élevé.

Applications

Les demandes de SAUGE et de MPSS sont tout à fait assimilées. L'analyse de l'expression des gènes a été employée en travers d'un large éventail d'organismes et de conditions de la maladie. l'expression de Cancer-détail des gènes a été employée pour recenser des bornes de la maladie et des objectifs potentiels pour le traitement. l'expression de Tissu-détail peut indiquer la biologie fondamentale des cellules.

Sources

Further Reading

Last Updated: May 24, 2019

Dr. Catherine Shaffer

Written by

Dr. Catherine Shaffer

Catherine Shaffer is a freelance science and health writer from Michigan. She has written for a wide variety of trade and consumer publications on life sciences topics, particularly in the area of drug discovery and development. She holds a Ph.D. in Biological Chemistry and began her career as a laboratory researcher before transitioning to science writing. She also writes and publishes fiction, and in her free time enjoys yoga, biking, and taking care of her pets.

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