MPSS e confronto PRUDENTE

L'analisi di espressione genica è uno studio sulla frequenza relativa dell'espressione di diversi geni in un campione. I geni sono codificati in DNA, sono trascritti a RNA e sono tradotti a proteina. Il messaggero RNAs, o i mRNAs, è il punto intermedio fra il gene e la proteina. Il livello di mRNA in un campione indica il livello di espressione genica. Più mRNAs, il livello elevato dell'espressione.

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Gli studi di espressione genica sono stati fatti con vari metodi, compreso il microarray del DNA, l'ibridazione della fluorescenza, RNA-seguente in situ, piastrellanti le schiere, l'impronta parallela massiccia che ordinano (MPSS) e l'analisi seriale di espressione genica (SALVIA). I due metodi posteriori, MPSS e SALVIA, hanno molte similarità nella tecnica e nell'applicazione. Entrambe sono tecniche che possono essere usate senza informazioni preliminari di sequenza.

Ordinamento parallelo massiccio dell'impronta

In MPSS, le trascrizioni del mRNA sono catturate sulle diverse microperle con una sequenza complementare dell'impronta del DNA. Le microperle sono analizzate nel formato di schiera in una cella di flusso. Le basi del mRNA sono lette sistematicamente tramite l'ibridazione ad un codificatore fluorescente contrassegnato e poi sono eliminate. I giri successivi dell'identificazione e della rimozione sono effettuati finché la sequenza non sia completa. Il risultato è una schiera delle sequenze che variano da 17 a 20 B.P. Poiché migliaia possono essere ordinate contemporaneamente, si riferisce a in maniera massiccia come parallela.

Il conteggio delle trascrizioni, indicante il livello di espressione, è determinato dal numero delle trascrizioni presenti per milione molecole. MPSS non richiede che i geni siano identificati e caratterizzati prima di cominciare l'analisi. La sensibilità di MPSS è alcune molecole del mRNA per cella.

SALVIA

La SALVIA usa il mRNA da un campione particolare per creare i frammenti complementari del DNA (cDNA) che sono ampliati ed ordinati facendo uso di alto-capacità di lavorazione che ordina la tecnologia. Il meccanismo dietro SALVIA è basato sui tag che possono identificare la trascrizione originale e sull'ordinamento rapido delle catene dei tag collegati insieme. La procedura essenzialmente semplifica l'ordinamento collegando i segmenti del cDNA insieme in una catena lunga. L'analisi risultante dà un'istantanea del transcriptome del campione, compreso l'identità e l'abbondanza di ogni mRNA.

Confronto

MPSS presenta alcuni vantaggi sopra SALVIA. Uno è la lunghezza della sequenza della coppia di basi usata per identificare le trascrizioni. La SALVIA genera un tag che è circa 14 nucleotidi, mentre MPSS usa un'impronta di 17 nucleotidi. Lle lunghezze dell'impronta di 14 nucleotidi sono soltanto 80 per cento unici, mentre l'impronta di 17 nucleotidi è circa 95 per cento unici. Pure, MPSS ha un gruppo di dati con maggior profondità, che può essere più utile per i mRNAs espressi molto ad un a basso livello. MPSS ha la capacità per una libreria di 1 milione tag dell'impronta. Quella è circa 20 volte la dimensione di una libreria PRUDENTE.

Il conteggio della trascrizione di uso di entrambe le tecniche per milione molecole per rappresentare l'espressione genica ed entrambi hanno capacità di lavorazione molto alta.

Applicazioni

Le domande di SALVIA e MPSS sono abbastanza simili. L'analisi di espressione genica è stata usata attraverso una vasta gamma di organismi e di stati di malattia. l'espressione Cancro-specifica dei geni è stata usata per identificare gli indicatori di malattia e gli obiettivi potenziali per la terapia. l'espressione Tessuto-specifica può rivelare la biologia di fondo delle celle.

Sorgenti

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Last Updated: May 24, 2019

Dr. Catherine Shaffer

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Dr. Catherine Shaffer

Catherine Shaffer is a freelance science and health writer from Michigan. She has written for a wide variety of trade and consumer publications on life sciences topics, particularly in the area of drug discovery and development. She holds a Ph.D. in Biological Chemistry and began her career as a laboratory researcher before transitioning to science writing. She also writes and publishes fiction, and in her free time enjoys yoga, biking, and taking care of her pets.

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