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Nomenclature de MicroRNA

MicroRNAs (miRNA) sont de petites molécules d'ARN économisées évolutionnaires de non-codage que le goujon-transcriptionally règlent l'expression du gène par le base-appareillement aux ARNm. La preuve récente prouve que le règlement miRNA-assisté de gène est pivotalement pour des fonctions cellulaires normales, et pas moins un tiers d'ARNm humains peut être des objectifs de miRNA.

Des dizaines de miRNA de milliers dans plus de 150 substances ont été découvertes jusqu'à présent. En fonctionnant avec un tel gigantesque nombre de gènes de protéine-codage, il est importante distinguer nomenclature correcte les lieux de gène, la transcription et les produits. Également, il y a une nomenclature spécifique pour le miRNA aussi bien.

Règles de la nomenclature

Les experts ont convenu sur les caractéristiques qui doivent être contactées pour qu'une séquence soit considérée miRNA. Ceux comprennent le dépistage d'une molécule d'ARN de 22 nucléotides, l'identification de cette molécule sur un gisement d'ADN complémentaire effectué à partir de l'ARN avec des tailles spécifiques, la conservation phylogénétique de la molécule et la présence d'une épingle à cheveux qui a des rôles de réglementation importants.

Type, le lieu de gène et le miRNA de précurseur (pre-miRNA) d'un miRNA est référé en tant que « MIR », alors que le produit mature de miRNA est montré « MIR ». Quand le miRNA sont étroitement liés en termes de leur séquence, il est des suffixes complémentaires donnés sous la forme des chiffres et lettre pour les discerner (par exemple mir-33 ou mir-4990).

De plus, chaque nom est précédé par trois lettres spécifiques pour chaque substance. Pour des êtres humains (homo sapiens) ces lettres sont « a » (par exemple has-mir-367), parce que un rat courant (norvegicus de Rattus) elles sont « rno » (par exemple rno-mir-1), alors que ggo-mir-155 est un exemple du nom du miRNA du gorille.

Le miRNA multiple peut être relatif évolutionnaire, ainsi une lettre après le numéro dans le suffixe est employée pour différencier parmi les membres multiples de la même famille (par exemple has-mir-451a et has-mir-451b). Si deux divers lieux fabriquent les produits matures identiques, le nombre complémentaire est donné après le nom complet. Par exemple, ggo-mir-515-1 et ggo-mir-515-2 fabriquent le même produit final de microRNA : ggo-miR-515.

Des noms se rapportant à des lieux génomiques devraient être écrits en italique pour une différenciation plus facile des séquences matures. Il est dans également une bonne pratique d'ajouter une balise au nom indiquant de quel ARN bicaténaire (effectué dans le procédé) la séquence mature vient (par exemple dme-miR-1-5p du 5' arme du précurseur et dme-miR-1-3p du 3' arme du précurseur).

Quelques exceptions existent pour le miRNA découvert avant le système nommant décrit sont devenues une norme. Leurs noms sont d'usage courant des écrans plus tôt de mutation, tels que lin-4 et let-7 du Caenorhabditis elegans modèle d'ascaride lombricoïde. De tels identificateurs non séquentiels sont découragés pour le miRNA neuf découvert.

Une base de données des séquences de miRNA

La base de données de miRBase (ancien connue sous le nom de Bureau d'ordre de microRNA) représente le dépôt en ligne primaire pour des séquences et l'annotation de miRNA. L'objectif initial était de mettre à jour la nomenclature cohérente et la séquence de nucléotides de gène pour des séquences publiées et non publiées de miRNA. Aujourd'hui il fournit un accès complet à tout le miRNA publié.

En raison du numéro croissant du petit ARN ordonnançant des efforts, la base de données s'est développée exponentiellement depuis sa publication initiale en 2002. En outre, les avances techniques dans le domaine de l'ordonnancement massivement parallèle ont mené au dépistage de plus de miRNA, mais à une annotation plus fiable de séquence aussi bien.

La base de données contient le miRNA de deux sources principalement différentes. Le miRNA mature expérimental vérifié sont annotés avec la méthode expérimentale utilisée pour la découverte et les références primaires de littérature. Dans cette base de données, des séquences qui sont proposées des homologues de miRNA vérifiés dans un organisme relatif peuvent également être trouvées. Des noms uniques pour les gènes nouveaux de miRNA sont également fournis aux chasseurs de gène avant la publication des résultats.

Sources

  1. http://www.mirbase.org/help/nomenclature.shtml
  2. http://rnajournal.cshlp.org/content/9/3/277.full
  3. http://nar.oxfordjournals.org/content/34/suppl_1/D140.full
  4. http://journal.frontiersin.org/Journal/10.3389/fgene.2012.00294/full
  5. http://www.mirbasetracker.org/Database-2014-Van%20Peer-database-bau080.pdf
  6. Enright ANTI-BROUILLAGE, miRBase de Griffiths-Jones S. : une base de données des séquences, des objectifs et de la nomenclature de microRNA. Dans : Appasani K. MicroRNAs : De la science fondamentale à la biologie de la maladie. Pression d'Université de Cambridge, 2008 ; Pp. 157-171.

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Last Updated: Aug 23, 2018

Dr. Tomislav Meštrović

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Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović is a medical doctor (MD) with a Ph.D. in biomedical and health sciences, specialist in the field of clinical microbiology, and an Assistant Professor at Croatia's youngest university - University North. In addition to his interest in clinical, research and lecturing activities, his immense passion for medical writing and scientific communication goes back to his student days. He enjoys contributing back to the community. In his spare time, Tomislav is a movie buff and an avid traveler.

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