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Nomenclatura di MicroRNA

MicroRNAs (miRNAs) è piccole molecole conservate evolutive del RNA di non codifica che post--transcriptionally regolamenti l'espressione genica base-accoppiando ai mRNAs. La prova recente indica che il regolamento miRNA-mediato del gene è chiave per le funzioni cellulari normali e fino a un terzo dei mRNAs umani può essere obiettivi del miRNA.

Decine di migliaia miRNAs dentro oltre 150 specie sono stati scoperti fin qui. Nel lavorare con tale vasto numero dei geni di proteina-codifica, la nomenclatura adeguata è importante da distinguere fra i luoghi del gene, la trascrizione ed i prodotti. Corrispondentemente, c'è una nomenclatura specifica per i miRNAs pure.

Norme della nomenclatura

Gli esperti hanno acconsentito sulle caratteristiche che devono essere incontrate affinchè una sequenza fossero considerate miRNA. Quelli comprendono la rilevazione di una molecola del RNA di 22 nucleotidi, l'identificazione di quella molecola su un raggruppamento di DNA complementare fatto da RNA con le dimensioni specificate, la conservazione filogenetica della molecola e la presenza di forcella che ha ruoli regolatori importanti.

Tipicamente, sia il luogo del gene che il miRNA del precursore (pre--miRNA) di un miRNA è fatto riferimento come “MIR„, mentre il prodotto maturo del miRNA è designato “MIR„. Quando i miRNAs sono strettamente connessi in termini di loro sequenza, sono dati i suffissi supplementari nel modulo dei numeri e delle lettere per distinguerli (per esempio mir-33 o mir-4990).

Inoltre, ogni nome è preceduto da tre lettere specifiche per l'ogni specie. Per gli esseri umani (homo sapiens) quelle lettere sono “ha„ (per esempio has-mir-367), dato che un ratto comune (norvegicus del Rattus) sono “rno„ (per esempio rno-mir-1), mentre ggo-mir-155 è un esempio del nome del miRNA della gorilla.

I miRNAs multipli possono essere relativo evolutivo, così una lettera dopo il numero nel suffisso è usata per differenziarsi fra i membri multipli della stessa famiglia (per esempio has-mir-451a e has-mir-451b). Se due diversi luoghi producono i prodotti maturi identici, il numero supplementare è dato dopo il nome completo. Per esempio, ggo-mir-515-1 e ggo-mir-515-2 producono lo stesso prodotto definitivo del microRNA: ggo-miR-515.

I nomi che si riferiscono ai luoghi genomica dovrebbero essere scritti nel corsivo per differenziazione più facile dalle sequenze mature. È egualmente una buona pratica aggiungere un tag al nome che indica da quale RNA a doppia elica (fatto nel trattamento) la sequenza matura viene (per esempio dme-miR-1-5p dal 5' braccio del precursore e dme-miR-1-3p dal 3' braccio del precursore).

Alcune eccezioni esistono per i miRNAs scoperti prima del sistema di nomina descritto si sono trasformate in in uno standard. I loro nomi provengono d'uso comune dagli schermi più in anticipo di mutazione, quali lin-4 e let-7 dai elegans di modello di Caenorhabditis dell'ascaride. Tali identificatori non sequenziali sono scoraggiati per i miRNAs recentemente scoperti.

Un database delle sequenze del miRNA

Il database di miRBase (precedentemente conosciuto come la registrazione del microRNA) rappresenta la repository online primaria per le sequenze e l'annotazione del miRNA. Lo scopo iniziale era di mantenere la nomenclatura del gene e la sequenza di nucleotide coerenti per sia le sequenze pubblicate che non pubblicate del miRNA. Oggi consente un accesso completo a tutti i miRNAs pubblicati.

Come conseguenza del numero aumentante di piccolo RNA che ordina gli sforzi, il database si è sviluppato esponenzialmente dalla sua pubblicazione iniziale nel 2002. Ancora, gli avanzamenti tecnici nel campo di ordinamento in maniera massiccia parallelo piombo alla rilevazione di più miRNAs, ma all'annotazione più affidabile di sequenza pure.

Il database contiene i miRNAs da due sorgenti principalmente differenti. I miRNAs maturi sperimentalmente verificati sono annotati con il metodo sperimentale impiegato per la scoperta ed i riferimenti primari della letteratura. In questo database, le sequenze che sono proposte omologhi dei miRNAs verificati in un organismo relativo possono anche essere trovate. I nomi unici per i geni novelli del miRNA egualmente sono forniti ai cacciatori del gene prima della pubblicazione dei risultati.

Sorgenti

  1. http://www.mirbase.org/help/nomenclature.shtml
  2. http://rnajournal.cshlp.org/content/9/3/277.full
  3. http://nar.oxfordjournals.org/content/34/suppl_1/D140.full
  4. http://journal.frontiersin.org/Journal/10.3389/fgene.2012.00294/full
  5. http://www.mirbasetracker.org/Database-2014-Van%20Peer-database-bau080.pdf
  6. Enright AJ, miRBase di Griffiths-Jones S.: un database delle sequenze, degli obiettivi e della nomenclatura del microRNA. In: Appasani K. MicroRNAs: Da scienza di base a biologia di malattia. Stampa dell'università di Cambridge, 2008; pp. 157-171.

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Last Updated: Aug 23, 2018

Dr. Tomislav Meštrović

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Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović is a medical doctor (MD) with a Ph.D. in biomedical and health sciences, specialist in the field of clinical microbiology, and an Assistant Professor at Croatia's youngest university - University North. In addition to his interest in clinical, research and lecturing activities, his immense passion for medical writing and scientific communication goes back to his student days. He enjoys contributing back to the community. In his spare time, Tomislav is a movie buff and an avid traveler.

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