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Nomenclatura de MicroRNA

MicroRNAs (miRNAs) é as moléculas pequenas conservadas evolucionárias do RNA da não-codificação que o cargo-transcriptionally regula a expressão genética base-emparelhando aos mRNAs. A evidência recente mostra que o regulamento miRNA-negociado do gene é giratório para funções celulares normais, e tanto quanto um terço de mRNAs humanos podem ser alvos do miRNA.

Os dez de miRNAs dos milhares dentro sobre 150 espécies foram descobertos até agora. Ao trabalhar com tal grande número de genes da proteína-codificação, a nomenclatura apropriada é importante de distinguir entre locus do gene, transcrito e produtos. Correspondentemente, há uma nomenclatura específica para miRNAs também.

Regras de nomenclatura

Os peritos concordaram com as características que devem ser encontradas para que uma seqüência seja considerada miRNA. Aqueles incluem a detecção de uma molécula do RNA de 22 nucleotide, a identificação dessa molécula em uma associação do ADN complementar feita do RNA com tamanhos especificados, a conservação filogenética da molécula e a presença de um gancho de cabelo que tenha papéis reguladores importantes.

Tipicamente, o locus do gene e o miRNA do precursor (pre-miRNA) de um miRNA estão consultados como o “RIM”, quando o produto maduro do miRNA for designado “RIM”. Quando os miRNAs são estreitamente relacionados em termos de sua seqüência, estão dados sufixos adicionais no formulário dos números e das letras para distingui-los (por exemplo mir-33 ou mir-4990).

Além, cada nome é precedido por três letras específicas para cada espécie. Para seres humanos (homo sapiens) aquelas letras são “têm” (por exemplo has-mir-367), porque um rato comum (norvegicus do Rattus) são “rno” (por exemplo rno-mir-1), quando ggo-mir-155 for um exemplo do nome do miRNA do gorila.

Os miRNAs múltiplos podem ser relacionados evolucionário, assim uma letra após o número no sufixo é usada para diferenciar-se entre membros múltiplos da mesma família (por exemplo has-mir-451a e has-mir-451b). Se dois locus diversos produzem produtos maduros idênticos, o número adicional está dado após o nome completo. Por exemplo, ggo-mir-515-1 e ggo-mir-515-2 produzem o mesmo produto final do microRNA: ggo-miR-515.

Os nomes que referem locus genomic devem ser escritos nos itálicos para uma diferenciação mais fácil das seqüências maduras. É igualmente uma boa prática adicionar uma etiqueta ao nome que indica de qual dobro-encalhou o RNA (feito no processo) que a seqüência madura vem de (por exemplo dme-miR-1-5p do 5' braço do precursor e dme-miR-1-3p do 3' braço do precursor).

Algumas exceções existem para os miRNAs descobertos antes do sistema de nomeação descrito transformaram-se um padrão. Seus nomes são de uso comum de umas telas mais adiantadas da mutação, tais como lin-4 e let-7 dos elegans modelo de Caenorhabditis da lombriga. Tais identificadores não-seqüenciais são desanimados para miRNAs recentemente descobertos.

Uma base de dados de seqüências do miRNA

A base de dados do miRBase (conhecida anteriormente como o registro do microRNA) representa o repositório em linha preliminar para seqüências e anotação do miRNA. O objetivo inicial era manter a nomenclatura do gene e a seqüência de nucleotide consistentes para seqüências publicadas e não-publicados do miRNA. Hoje fornece um acesso detalhado a todos os miRNAs publicados.

Em conseqüência do número crescente de RNA pequeno que arranja em seqüência esforços, a base de dados cresceu exponencial desde sua publicação inicial em 2002. Além disso, os avanços técnicos no campo de arranjar em seqüência maciça paralelo conduziram à detecção de mais miRNAs, mas a uma anotação mais segura da seqüência também.

A base de dados contem miRNAs de duas fontes principalmente diferentes. Os miRNAs maduros experimental verificados são anotados com o método experimental usado para a descoberta e referências preliminares da literatura. Nesta base de dados, as seqüências que são propor homólogos dos miRNAs verificados em um organismo relacionado podem igualmente ser encontradas. Os nomes originais para genes novos do miRNA são fornecidos igualmente aos caçadores do gene antes da publicação dos resultados.

Fontes

  1. http://www.mirbase.org/help/nomenclature.shtml
  2. http://rnajournal.cshlp.org/content/9/3/277.full
  3. http://nar.oxfordjournals.org/content/34/suppl_1/D140.full
  4. http://journal.frontiersin.org/Journal/10.3389/fgene.2012.00294/full
  5. http://www.mirbasetracker.org/Database-2014-Van%20Peer-database-bau080.pdf
  6. Enright AJ, miRBase de Griffiths-Jones S.: uma base de dados de seqüências, de alvos e de nomenclatura do microRNA. Em: Appasani K. MicroRNAs: Da ciência básica à biologia da doença. Imprensa da Universidade de Cambridge, 2008; pp. 157-171.

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Last Updated: Aug 23, 2018

Dr. Tomislav Meštrović

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Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović is a medical doctor (MD) with a Ph.D. in biomedical and health sciences, specialist in the field of clinical microbiology, and an Assistant Professor at Croatia's youngest university - University North. In addition to his interest in clinical, research and lecturing activities, his immense passion for medical writing and scientific communication goes back to his student days. He enjoys contributing back to the community. In his spare time, Tomislav is a movie buff and an avid traveler.

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