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ACP multiplex

L'amplification en chaîne par polymérase (PCR) est une méthode moléculaire qui est utilisée pour l'amplification in vitro d'une région spécifique dans une boucle de l'acide désoxyribonucléique (ADN). L'ACP multiplex comporte l'amplification et l'ordonnancement de l'plusieurs fragments d'ADN dans une réaction unique.

Profil fluorescent dCrédit d'image : Nikolay Chaban/Shutterstock

L'ACP multiplex aide dans le dépistage simultané des micros-organismes multiples (particulièrement ceux qui peuvent entraîner des syndromes cliniques identiques ou assimilés) et est employé dans un certain nombre de laboratoire et de méthodes cliniques telles que l'empreinte génétique, Diagnostic de mutation génétique, et dans d'autres domaines de génétique moléculaire.

Optimiser le procédé multiplex d'ACP

Dans l'ACP multiplex, les amorces de séquence-détail ont comme conséquence l'amplification de seules régions d'ADN (dans différentes paires et dans des combinaisons d'amorce) dans une réaction unique.

La planification stratégique et les tentatives multiples d'optimisation sont habituellement un préalable au développement d'un ACP efficace de multiplex. Une analyse couronnée de succès exige une amorce, une concentration optimale de tampon d'ACP et le reste correct des deoxynucleotides et du chlorure de magnésium.

Pour l'amplification, la réaction exige, quantité adéquate d'un ADN polymérase thermostable (à savoir ADN polymérase de Taq [aquaticus de Thermus]), et matrice ADN, ainsi que températures de recyclage programmées.

Certaines des considérations importantes de modèle pour une amorce utilisée dans l'ACP multiplex sont longueur d'amorce, température de fonte, spécificité d'amorce, et contrôle de la formation des dimères d'amorce. Une longueur idéale d'amorce est entre la paire de bases 18-22.

Une température entre 50-60° Celsius est préférée et des soins devraient être pris que des dimères d'amorce ne sont pas formés. Les dimères d'amorce peuvent mener à l'amplification inutile. La spécificité de l'amorce est d'importance égale car il pourrait y avoir des séquences multicible dans un récipient de réaction.

Les protocoles multiplex d'ACP exigent souvent l'ajout de jusqu'à 10 paires différentes d'amorce d'ACP dans le même mélange de la réaction.

Pour faciliter ceci, des amorces étendues sont également utilisées (par exemple 28 nucléotides par opposition aux 18-22 nucléotides habituels) afin d'améliorer la spécificité d'amorce et éviter des interactions non désirées d'adoucissement entre les amorces.

Choix de la bonne analyse

Il y a beaucoup de nécessaires multiplex d'ACP procurables sur le marché qui prétendent être opérationnels et qui n'exigent aucune optimisation.

Bien que ces nécessaires contiennent la bonne quantité de réactifs tels que des tampons, des ADNs polymérase, ou des triphosphates de deoxyribonucleotide, il est impérieux d'optimiser la concentration des amorces et des conditions thermocycling afin de réaliser des réactions stables et équilibrées.

La validation et le bilan méticuleux de n'importe quelle procédure neuve d'ACP de multiplex est essentiel. Dans la mesure du possible, des contrôles qualité externes et internes devraient être diligemment appliqués.

En traitant les systèmes multiplex nouveaux, le nombre minimal de matrices qui sont nécessaires pour l'amplification positive devrait être employé.

La spécificité d'une analyse devrait être réglée et optimisée selon la condition d'étude. Pour obtenir l'effet désiré, les chercheurs proposent l'utilisation d'une quantité connue d'ADN (total) extrait de l'organisme d'objectif comme matrice.

Applications d'ACP multiplex

L'ACP multiplex a trouvé son application dans l'analyse des mutations et la délétion du gène, identification d'agent pathogène, le génotypage unique de polymorphisme (SNP) de nucléotide, étude d'ARN et dans des études légales.

Récent, cette technique a été fréquemment utilisée pour examiner la génétique de population, pour suivre une épidémie dans une communauté, dans l'identification moléculaire de substance, pour évaluer des interactions trophiques, ainsi que dans la sécurité alimentaire.

Le potentiel grand de l'ACP multiplex est également reflété dans les nombres toujours croissants de publications scientifiques et pratiques qui ont avec succès adopté cette méthode.

Sources :

  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11835531
  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3573865/
  • https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1198743X17306493
  • van Peau-Verkuil E, van Belikum A, fait les foins le JP. Principes et aspects techniques d'amplification d'ACP. Medias de la Science et d'affaires de Springer, 2008 ; Pp. 63-90.
  • http://www.premierbiosoft.com/tech_notes/multiplex-pcr.html

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Last Updated: Feb 26, 2019

Dr. Tomislav Meštrović

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Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović is a medical doctor (MD) with a Ph.D. in biomedical and health sciences, specialist in the field of clinical microbiology, and an Assistant Professor at Croatia's youngest university - University North. In addition to his interest in clinical, research and lecturing activities, his immense passion for medical writing and scientific communication goes back to his student days. He enjoys contributing back to the community. In his spare time, Tomislav is a movie buff and an avid traveler.

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