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Mancha blanca /negra septentrional/mancha blanca /negra del ARN

Introducción

La primera técnica que borra desarrollada por el Dr. Edwin Southern se llama la mancha blanca /negra meridional. Esta técnica fue modificada posteriormente para descubrir otras moléculas del objetivo. Estas técnicas que eran variaciones de la mancha blanca /negra meridional fueron nombradas mancha blanca /negra septentrional, mancha blanca /negra occidental, y mancha blanca /negra del este. La mancha blanca /negra septentrional se utiliza para descubrir series específicas del ARN en una muestra. Por lo tanto también se llama la mancha blanca /negra del ARN.

Pimp your brain: Northern Blot

Principio

En mancha blanca /negra septentrional, el ARN de la muestra se separa en base de talla con la ayuda de electroforesis del gel. Los fragmentos separados del ARN se transfieren a una membrana del apoyo y después se tratan con una antena etiqueta de la DNA. Si la muestra contiene la serie complementaria del ARN, la antena atará a la membrana y puede ser visualizada usando diversos métodos.

Procedimiento

Los pasos dominantes en la técnica septentrional de la mancha blanca /negra son como sigue:

  • La muestra del ARN primero es separada por talla usando electroforesis del gel de la agarosa. La forma de las moléculas del ARN raya bastante que bandas en el gel pues hay varios pequeños fragmentos del ARN.
  • Las moléculas del ARN entonces se transfieren a un papel secante especial hecho generalmente de la nitrocelulosa. Las membranas compuestas de nylon pueden también ser utilizadas. La configuración de la separación de las moléculas del ARN en el papel secante sigue siendo lo mismo que ésa en el gel.
  • La mancha blanca /negra entonces se expone a una antena etiqueta, de una sola fila de la DNA. Las bases en esta antena emparejarán con sus series complementarias del ARN en la mancha blanca /negra produciendo una molécula doble-trenzada de DNA-RNA. Aunque la antena no se pueda considerar en esta etapa, puesto que etiqueta con una enzima o una etiqueta radioactiva, puede ser visto después del tratamiento apropiado en el paso siguiente.
  • Después, la antena se expone a un substrato descolorido que consiga convertido por la enzima a un producto coloreado y es visible en una película de radiografía. En caso de que la antena sea radioactiva, puede ser visto directamente en la película de radiografía.  

Usos

Algunos de los usos dominantes de borrar septentrional son mencionados abajo:

  • La expresión génica estudia - para observar el énfasis excesivo de genes cancerígenos y de la expresión génica en caso del rechazo del trasplante
  • En la diagnosis de varias enfermedades, e.g., la enfermedad de Crohn
  • Para la detección de los microRNAs virales que desempeñan los papeles dominantes en la infección viral
  • Para revisar recombinants - descubriendo el mRNA formó por el transgén

Limitaciones de la mancha blanca /negra septentrional

Algunas limitaciones de la técnica septentrional de la mancha blanca /negra se discuten abajo:

  • El método septentrional estándar de la mancha blanca /negra tiene sensibilidad más inferior cuando está comparado al de RT-PCR y de los análisis de la protección de la nucleasa.
  • La técnica requiere una gran cantidad de serie de la muestra del ARN del objetivo mientras que más nuevas técnicas como RT-PCR en tiempo real necesitan solamente una única copia del ARN para la amplificación.
  • La técnica septentrional de la mancha blanca /negra es muy sensible incluso a la degradación ligera de las muestras del ARN. La degradación afecta drástico a calidad y a la cuantificación de los datos.
  • La técnica llega a ser laboriosa en caso de que las antenas múltiples necesiten ser agregadas. Una segunda antena se puede agregar al sistema sólo después de quitar la primera antena totalmente. Esto puede hacer el proceso altamente complejo. Después de tratar el sistema con las substancias químicas duras para quitar la primera antena, la exactitud de los datos de los cartuchos subsiguientes puede también ser comprometida.
  • La mancha blanca /negra septentrional puede medir solamente regímenes de estado estacionario de la acumulación del mRNA y no de la estabilidad o de la transcripción del ARN.

Resumen

La técnica septentrional de la mancha blanca /negra es una manera clásica de analizar la presencia de una serie específica del ARN en una muestra. El borrar septentrional es relativamente barato y simple realizarse en el laboratorio. Los adelantos recientes en almacenadores intermedios y membranas del hibridación han habilitado alto borrar de la sensibilidad. Sin embargo, las rupturas en tecnología de la polimerización en cadena recientemente han habilitado una identificación así como una cuantificación mucho más simples, más rápidas, y exactas del ARN.

Referencias

Further Reading

Last Updated: Aug 23, 2018

Susha Cheriyedath

Written by

Susha Cheriyedath

Susha has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Chemistry and Master of Science (M.Sc) degree in Biochemistry from the University of Calicut, India. She always had a keen interest in medical and health science. As part of her masters degree, she specialized in Biochemistry, with an emphasis on Microbiology, Physiology, Biotechnology, and Nutrition. In her spare time, she loves to cook up a storm in the kitchen with her super-messy baking experiments.

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