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Perfilamento da alteração da cromatina da Único-Pilha

As alterações da cromatina são cruciais para o regulamento de quase todos os processos ADN-templated biológicos. o perfilamento da alteração da cromatina da Único-pilha pode ser usado para avaliar as alterações da cromatina, que podem fornecer relacionamentos entre mudanças epigenéticas e mudanças fisiológicos.

Estrutura do núcleo. partes da pilha: envelope nuclear, nucleoplasm, matriz nuclear, cromatina e nucléolo. Crédito de imagem: Designua/Shutterstock
Estrutura do núcleo. partes da pilha: envelope nuclear, nucleoplasm, matriz nuclear, cromatina e nucléolo. Crédito de imagem: Designua/Shutterstock

Alterações da cromatina

A alteração da cromatina é conseguida por alterações covalent do histone e por alterações nucleosome. A acetificação, o deacetylation, o methylation, e a fosforilação do Histone são formulários de alterações covalent do histone, executados por enzimas tais como acetyltransferases do histone (HATs), deacetylases do histone (HDACs), methyltransferases do histone (HNMT), e quinase. O methylation do ADN executado por methyltransferases do ADN (DNMT) e a fosforilação do ADN executada por quinase são formulários de alterações nucleosome. A cromatina que remodela é importante regular a expressão genética e outros processos reguladores, tais como a réplica e o reparo do ADN da pilha de ovo, o apoptosis, e a segregação do cromossoma.

Tipos de perfilamento da alteração da cromatina

Arranjar em seqüência da imunoprecipitação do cromossoma

A imunoprecipitação do cromossoma que arranja em seqüência (Microplaqueta-segs.) pode analisar interacções da proteína com ADN e fornecer a informação em relação às mudanças epigenéticas. Microplaqueta-segs. envolve a proteína deligamento à fragmentação do ADN e então do ADN sonicating. os anticorpos Grânulo-anexados são adicionados então ao immunoprecipitate a proteína do alvo.

Análise quantitativa do PCR da imunoprecipitação da cromatina

A análise quantitativa do PCR da imunoprecipitação da cromatina (Microplaqueta-qPCR) pode ser usada para avaliar a interacção proteína-ADN em locais obrigatórios genomic conhecidos. as primeiras demão do qPCR podem ser projectadas contra regiões reguladoras potenciais (por exemplo promotores) quando os locais não são conhecidos. A Microplaqueta-qPCR tem um procedimento muito similar à Microplaqueta-qPCR padrão, mas no fim de uma experiência da Microplaqueta-qPCR o ADN resultante submete-se a um qPCR e é analisado então.

Cytometry em massa

O cytometry em massa combina o cytometry de fluxo e a espectrometria em massa, que é usada para distinguir as propriedades das pilhas. Os anticorpos são conjugados com elementos puros e usados para etiquetar proteínas celulares. As pilhas nebulized e são enviadas então através de um plasma do argônio que ionize os anticorpos. Os sinais do metal produzidos são analisados por um espectrómetro em massa. Este método é usado para analisar alterações da cromatina.

Descobertas feitas usando a alteração Pprofiling da cromatina

Envelhecimento

Recentemente, uma quantidade aumentada de variações epigenéticas foi observada com envelhecimento. A análise em massa multiplexada do cytometry é usada para perfilar os níveis de alterações da cromatina em pilhas imunes humanas preliminares a nível da único-pilha. A análise diferencial entre uns adultos mais novos e mais velhos foi executada, que mostrassem que envelhecer mostra uma heterogeneidade aumentada entre indivíduos e aumentassem a variabilidade da pilha-à-pilha em alterações da cromatina. Estes resultados mostram o impacto da idade em alterações da cromatina.

Cancro da mama

As mudanças epigenéticas foram encontradas durante a transformação maligno em um modelo do cancro da mama. O modelo do cancro da mama foi feito expressando três oncogenes em pilhas epiteliais do peito. A análise da microplaqueta foi executada, seguido arranjar em seqüência da próxima geração do methylation do histone. A mancha ocidental, o PCR reverso-transcriptase quantitativo (qRT-PCR), e immunostaining foram usados para determinar a expressão genética. O estudo descobriu que duas marcas do histone, involvidas na repressão de determinados oncogenes, estiveram diminuídas no modelo do cancro da mama.

Immunosuppression

SUMOylation é uma alteração cargo-transcricional envolvida em vários processos celulares tais como o regulamento transcricional, o apoptosis, a estabilidade da proteína, e a progressão do ciclo de pilha. Os seres humanos têm 3 proteínas do SUMO (SUMO-1 e SUMO-2/3). Um estudo descobriu que vírus de herpes (o herpesvirus sarcoma-associado de Kaposi (KSHV)) evoluíram os mecanismos que modulam directa e indirectamente a maquinaria do SUMO para evitar o sistema imunitário do anfitrião. A experiência Microplaqueta-segs. executada descobriu um aumento significativo em SUMO-2/3 com reactivation de KSHV. A análise da ontologia do gene descobriu os genes envolvidos em respostas imunes e na sinalização celulares do cytokine. O KSHV evita o sistema imunitário aumentando a transcrição de SUMO-2/3 para impedir uma resposta imune.

Conclusão

O perfilamento de alterações das alterações da cromatina permite que nós compreendam melhor o determinados processo biológico e doenças. Uma pesquisa mais adicional fornecerá mais conhecimento em relação às mudanças benéficas da cromatina.

Fontes

Further Reading

Last Updated: Aug 23, 2018

Written by

Samuel Mckenzie

Sam graduated from the University of Manchester with a B.Sc. (Hons) in Biomedical Sciences. He has experience in a wide range of life science topics, including; Biochemistry, Molecular Biology, Anatomy and Physiology, Developmental Biology, Cell Biology, Immunology, Neurology  and  Genetics.

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