Aviso: Esta página é uma tradução automática da página original em inglês. Por favor note uma vez que as traduções são geradas por máquinas, não tradução tudo será perfeita. Este site e suas páginas da Web destinam-se a ler em inglês. Qualquer tradução deste site e suas páginas da Web pode ser imprecisas e imprecisos no todo ou em parte. Esta tradução é fornecida como uma conveniência.

RNA do Único-Núcleo que arranja em seqüência o protocolo (sNuc-segs.)

arranjar em seqüência do RNA do Único-núcleo, igualmente conhecido como sNuc-segs., é um método recentemente desenvolvido de perfilar a expressão genética nas pilhas que são duras de se isolar, ou no tecido que foi arquivado usando núcleos isolados. O método é custo relativamente baixo mas gera dados altos da produção, permitindo que os usuários perfilem diverso mil núcleos.

arranjar em seqüência do RNA do Único-núcleo, igualmente conhecido como sNuc-segs., é um método recentemente desenvolvido de perfilar a expressão genéticaKateryna Kon | Shutterstock

Técnicas do isolamento dos núcleos

Um benefício significativo de sNuc-segs. é que não utiliza métodos fatigantes da desassociação da pilha. Geralmente, sNuc-segs. envolve geralmente o rompimento do tecido e o lysis da pilha, realizados em circunstâncias frias, seguido a centrifugação e pela separação dos núcleos dos restos. Contudo, há diversos métodos que podem ser usados para liberar os núcleos das pilhas antes do isolamento e de arranjar em seqüência.

A medula espinal contem os neurônios particularmente vulneráveis à morte celular, e que exigem conseqüentemente uns métodos mais delicados de liberar os núcleos da pilha. o lysis Detergente-mecânico da pilha envolve usar um pilão, um homogenizador, e um amortecedor detergente do lysis para lyse pilhas. Este método tem a vantagem de permitir o rompimento completo do tecido e gera assim um rendimento final mais alto dos núcleos.

Um outro método, chamado lysis hypotonic-mecânico da pilha, envolve usar o amortecedor e as pipeta hypotonic do lysis para lyse gradualmente pilhas. Quando ambos os métodos renderem com sucesso níveis comparáveis de RNA e números de genes pelo núcleo, o lysis hypotonic-mecânico tem o benefício adicionado de um nível verificável de rompimento do tecido. Isto fornece o espaço para escolher um balanço entre a quantidade e a pureza do rendimento nuclear final.

protocolos sNuc-segs.s

Uma vez que os núcleos foram isolados usando uma das técnicas disponíveis, os núcleos estão homogeneizados e contados. Depois disto, as amostras podem ser utilização analisada sNuc-arranjando em seqüência plataformas. Geralmente, há duas plataformas principais para sNuc-segs. maciça paralelo: a plataforma académico e a plataforma comercial.

Um método de uso geral de sNuc-segs. da plataforma académico é o procedimento Gota-segs. Nele, as gotas são geradas usando um dispositivo microfluidic. As gotas contêm uma única pilha junto com um grânulo excepcionalmente identificável.

A geração da gota é seguida pela ruptura da gota para reduzir eventos, lavagem e resuspending, e tratamento da hibridação com exonuclease eliminar última primeiras demão unextended. Os grânulos são separados e o RNA conectado é amplificado pelo PCR. O ADN elogioso é determinado e amplificado no somente 3' extremidade, seguida arranjar em seqüência da próxima geração.

Gota-segs. pode ser usado para o único RNA da pilha arranjar em seqüência e exige a entrada ser especializado para sNuc-segs., tal como o método DroNc-segs. popular desenvolvido em 2017. Neste método, as gotas são usadas para encapsular únicos núcleos em vez das pilhas.

O método DroNc-segs. especifica concentrações apropriadas para que a carga do grânulo e da pilha evite ter mais de um núcleo pela gota. As alterações ao método DroNc-segs. podem ser feitas no caso da execução sNuc-segs. em umas amostras mais difíceis, tais como os neurônios da medula espinal.

As plataformas comerciais são fornecidas com as instruções do fabricante. Como plataformas académicos, determinados únicos métodos da pilha podem ser usados com alterações para gerar dados sNuc-segs.s. Por exemplo, os métodos comerciais que utilizam o PCR para amplificar o cDNA podem exigir ciclos adicionais do PCR compensar o rendimento mais baixo do cDNA dos núcleos em comparação com pilhas.

Aplicações de sNuc-segs.

A vantagem chave de sNuc-segs. como um método é que pode ser aplicado às pilhas previamente limitadas que eram difíceis de se isolar ou do tecido que foram arquivados. a lata sNuc-segs., analisando estes tipos da pilha, seja usada para descobrir mais sobre a doença, a imunidade, a neurobiologia, e a biologia da planta.

Na neurobiologia, sNuc-segs. foi usado com sucesso para distinguir entre tipos da pilha e a composição neuronal e não-neuronal do subtipo. Além disso, foi usado para detectar e determinar a actividade neuronal em cérebros mamíferos na definição temporal alta.

Os resultados de tais estudos indicam que as diferenças no transcriptome entre subtipos relacionados estão causadas pelos programas transcricionais que são dependentes da actividade neuronal, um pouco do que por diferenças na origem desenvolvente ou na distribuição anatômica. Contudo, porque sNuc-segs. separa núcleos nos tecidos, a informação sobre o lugar anatômico original da pilha é perdida.

Fontes

Further Reading

Last Updated: Apr 5, 2019

Dr. Surat P

Written by

Dr. Surat P

Dr. Surat graduated with a Ph.D. in Cell Biology and Mechanobiology from the Tata Institute of Fundamental Research (Mumbai, India) in 2016. Prior to her Ph.D., Surat studied for a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Zoology, during which she was the recipient of an Indian Academy of Sciences Summer Fellowship to study the proteins involved in AIDs. She produces feature articles on a wide range of topics, such as medical ethics, data manipulation, pseudoscience and superstition, education, and human evolution. She is passionate about science communication and writes articles covering all areas of the life sciences.  

Citations

Please use one of the following formats to cite this article in your essay, paper or report:

  • APA

    P, Surat. (2019, April 05). RNA do Único-Núcleo que arranja em seqüência o protocolo (sNuc-segs.). News-Medical. Retrieved on September 27, 2020 from https://www.news-medical.net/life-sciences/Single-Nucleus-RNA-Sequencing-(sNuc-seq)-Protocol.aspx.

  • MLA

    P, Surat. "RNA do Único-Núcleo que arranja em seqüência o protocolo (sNuc-segs.)". News-Medical. 27 September 2020. <https://www.news-medical.net/life-sciences/Single-Nucleus-RNA-Sequencing-(sNuc-seq)-Protocol.aspx>.

  • Chicago

    P, Surat. "RNA do Único-Núcleo que arranja em seqüência o protocolo (sNuc-segs.)". News-Medical. https://www.news-medical.net/life-sciences/Single-Nucleus-RNA-Sequencing-(sNuc-seq)-Protocol.aspx. (accessed September 27, 2020).

  • Harvard

    P, Surat. 2019. RNA do Único-Núcleo que arranja em seqüência o protocolo (sNuc-segs.). News-Medical, viewed 27 September 2020, https://www.news-medical.net/life-sciences/Single-Nucleus-RNA-Sequencing-(sNuc-seq)-Protocol.aspx.

Comments

The opinions expressed here are the views of the writer and do not necessarily reflect the views and opinions of News Medical.