Advertencia: Esta página es una traducción de esta página originalmente en inglés. Tenga en cuenta ya que las traducciones son generadas por máquinas, no que todos traducción será perfecto. Este sitio Web y sus páginas están destinadas a leerse en inglés. Cualquier traducción de este sitio Web y su páginas Web puede ser imprecisa e inexacta en su totalidad o en parte. Esta traducción se proporciona como una conveniencia.

ARN del Único-Núcleo que ordena protocolo (sNuc-seq)

la secuencia del ARN del Único-núcleo, también conocida como sNuc-seq, es un método recientemente desarrollado de perfilar la expresión génica en las células que son duras de aislar, o el tejido que ha estado archivado usando núcleos aislados. El método es costo relativamente bajo pero genera altos datos de la producción, permitiendo que los utilizadores perfilen varios miles de núcleos.

la secuencia del ARN del Único-núcleo, también conocida como sNuc-seq, es un método recientemente desarrollado de perfilar la expresión génicaKateryna Kon | Shutterstock

Técnicas del aislamiento de los núcleos

Una ventaja importante de sNuc-seq es que no utiliza métodos agotadores de la desasociación de la célula. Generalmente, sNuc-seq implica generalmente la desorganización del tejido y la lisis de la célula, realizadas en condiciones frías, seguido la centrifugación y separando los núcleos de los escombros. Sin embargo, hay varios métodos que se pueden utilizar para liberar los núcleos de las células antes del aislamiento y de la secuencia.

La médula espinal contiene las neuronas determinado vulnerables a la muerte celular, y que por lo tanto requieren métodos más delicados de liberar los núcleos de la célula. la lisis Detersorio-mecánica de la célula implica el usar de una maja, de un homogeneizador, y de un almacenador intermedio detersorio de la lisis para lyse las células. Este método tiene la ventaja de habilitar la desorganización completa del tejido y genera así un rendimiento final más alto de núcleos.

Otro método, llamado lisis hipotónico-mecánica de la célula, implica el usar del almacenador intermedio y de las pipetas hipotónicos de la lisis para lyse gradualmente las células. Mientras que ambos métodos rinden con éxito niveles comparables de ARN y números de genes por núcleo, la lisis hipotónico-mecánica tiene la ventaja adicional de un nivel controlable de desorganización del tejido. Esto ofrece la extensión para elegir un equilibrio entre la cantidad y la pureza del rendimiento nuclear final.

protocolos sNuc-seq

Una vez que los núcleos se han aislado usando una de las técnicas disponibles, se homogeneizan y se cuentan los núcleos. Después de esto, las muestras se pueden analizar usando las plataformas de sNuc-secuencia. Hay generalmente dos plataformas principales para sNuc-seq masivo paralelo: la plataforma académica y la plataforma comercial.

Un método de uso general de sNuc-seq de la plataforma académica es el procedimiento Caída-seq. En él, las gotitas se generan usando un dispositivo microfluidic. Las gotitas contienen una célula junto con una moldura únicamente identificable.

La generación de la gotita es seguida por la rotura de la gotita para reducir acciones, lavado y nueva suspensión, y tratamiento del hibridación con exonuclease de eliminar pasado las pinturas de fondo unextended. Se separan las molduras y el ARN conectado es amplificado por la polimerización en cadena. La DNA elogiosa se cuantifica y se amplifica en solamente el 3' extremo, seguido ordenando de la generación siguiente.

Caída-seq se puede utilizar para el ARN unicelular la secuencia y requiere la entrada ser especializada para sNuc-seq, tal como el método DroNc-seq popular desarrollado en 2017. En este método, las gotitas se utilizan para encapsular únicos núcleos en vez de las células.

El método DroNc-seq especifica las concentraciones apropiadas para que el cargamento de la moldura y de la célula evite tener más de un núcleo por gotita. Las modificaciones al método DroNc-seq se pueden hacer en caso de ejecución sNuc-seq en muestras más difíciles, tales como neuronas de la médula espinal.

Las plataformas comerciales se suministran instrucciones del fabricante. Como las plataformas académicas, ciertos métodos unicelulares se pueden utilizar con modificaciones para generar datos sNuc-seq. Por ejemplo, los métodos comerciales que utilizan la polimerización en cadena para amplificar el cDNA pueden requerir ciclos adicionales de la polimerización en cadena compensar el rendimiento más inferior del cDNA de núcleos con respecto a las células.

Usos de sNuc-seq

La ventaja dominante de sNuc-seq como un método es que puede ser aplicado a las células previamente limitadas que eran difíciles de aislar o del tejido que fueron archivados. la poder sNuc-seq, analizando estos tipos de la célula, se utilice para descubrir más sobre enfermedad, inmunidad, neurobiología, y biología de la instalación.

En neurobiología, sNuc-seq se ha utilizado con éxito para distinguir entre los tipos de la célula y la composición neuronal y no-neuronal del subtipo. Además, se ha utilizado para descubrir y para cuantificar actividad neuronal en cerebros mamíferos en la alta resolución temporal.

Los resultados de tales estudios indican que las diferencias en el transcriptome entre los subtipos relacionados son causadas por los programas transcriptivos que son relacionados en la actividad neuronal, bastante que por diferencias en origen de desarrollo o la distribución anatómica. Sin embargo, porque es sNuc-seq disocia núcleos en tejidos, la información sobre la situación anatómica original de la célula se pierde.

Fuentes

Further Reading

Last Updated: Apr 5, 2019

Dr. Surat P

Written by

Dr. Surat P

Dr. Surat graduated with a Ph.D. in Cell Biology and Mechanobiology from the Tata Institute of Fundamental Research (Mumbai, India) in 2016. Prior to her Ph.D., Surat studied for a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Zoology, during which she was the recipient of an Indian Academy of Sciences Summer Fellowship to study the proteins involved in AIDs. She produces feature articles on a wide range of topics, such as medical ethics, data manipulation, pseudoscience and superstition, education, and human evolution. She is passionate about science communication and writes articles covering all areas of the life sciences.  

Citations

Please use one of the following formats to cite this article in your essay, paper or report:

  • APA

    P, Surat. (2019, April 05). ARN del Único-Núcleo que ordena protocolo (sNuc-seq). News-Medical. Retrieved on September 21, 2020 from https://www.news-medical.net/life-sciences/Single-Nucleus-RNA-Sequencing-(sNuc-seq)-Protocol.aspx.

  • MLA

    P, Surat. "ARN del Único-Núcleo que ordena protocolo (sNuc-seq)". News-Medical. 21 September 2020. <https://www.news-medical.net/life-sciences/Single-Nucleus-RNA-Sequencing-(sNuc-seq)-Protocol.aspx>.

  • Chicago

    P, Surat. "ARN del Único-Núcleo que ordena protocolo (sNuc-seq)". News-Medical. https://www.news-medical.net/life-sciences/Single-Nucleus-RNA-Sequencing-(sNuc-seq)-Protocol.aspx. (accessed September 21, 2020).

  • Harvard

    P, Surat. 2019. ARN del Único-Núcleo que ordena protocolo (sNuc-seq). News-Medical, viewed 21 September 2020, https://www.news-medical.net/life-sciences/Single-Nucleus-RNA-Sequencing-(sNuc-seq)-Protocol.aspx.

Comments

The opinions expressed here are the views of the writer and do not necessarily reflect the views and opinions of News Medical.