Metabolomics visé

Metabolome peut être décrit comme sortie terminale du génome qui comporte le complément général des métabolites (molécules avec de faible poids moléculaire) dans un organisme ou une cellule. La technique de mesurer des molécules est divisée en deux groupes : metabolomics visé et metabolomics untargeted. La mesure de large gamme des molécules connues de métabolite dans une condition de la maladie ou dans les stimulus physiologiques est metabolomics visé appelé.

Metabolomics visé de compréhension

Le metabolomics visé est une approche quantitative où un groupe de métabolites sont dosés avec l'aide des composés (internes 15N ou 13C ou externes) qui sont connus en tant qu'isotopes marqués. Supplémentaire, avec l'aide normale interne, l'analyse peut être faite par des méthodes semi-quantitatives ou quantitatives.

Cette méthode d'analyzation aide dans la compréhension générale du choix massif de métabolites dans les produits finis (comme la sueur, l'urine, etc.) en plus de sa cinétique. Et, pour attribuer les voies connues des produits biochimiques qu'ils subventionnent, l'analyse statistique emploie cette caractéristique (résultats) comme variable d'entrée.

La Commission de faisceau du metabolomics comporte plusieurs métabolites telles que les acides organiques, les médicaments, les neuromodulateurs, et les dérivés du métabolisme intermédiaire qui se produisent dans une cellule. Ces Commissions sont des composantes connues qui sont employées par des chercheurs dans leur étude de cas.  

Se servant de ce metabolomics visé, la préparation des échantillons est optimisée. Ceci limite la dominance des molécules de la haut-abondance dans les analyses.

Révision de nature comparant le metabolomics untargeted et visé.

Caractéristiques de metabolomics visé

Comme mentionné ci-dessus, le rôle du metabolomics visé est d'évaluer l'ensemble de métabolites interprétées et biochimiques.  Ce type de couverture restreinte de metabolome montre que le metabolomics visé se fondent sur des métabolites et leurs voies biochimiques. Ceci rend la découverte des perturbations métaboliques compliquée. D'ailleurs, avec l'usage des normes marquées, le metabolomics visé sont quantitatif.

Ceci produit une plate-forme pour déterminer l'exposition claire des procédés physiologiques. L'explication parfaite des métabolites dans la substance réduit à un minimum les espérances des corps étrangers analytiques pour assurer l'analyse de caractéristiques. Le metabolomics visé est également capable de produire des techniques spécialisées d'extraction.

Factorise impliqué dans le metabolomics visé

Extraction de métabolite

La préparation des échantillons par l'extraction de métabolite est le procédé le plus essentiel dont les résultats dans la quantification correcte des métabolites visées. Dans la mesure où le metabolomics untargeted est considéré, la méthode d'extraction devrait relâcher la large gamme de métabolites par l'échantillon. Considérant que dans le metabolomics visé, il y a seulement quelques métabolites analysées. Le centre de cette méthode devrait être sur l'extraction aérodynamique des métabolites nécessaires.

Par conséquent, la méthode d'extraction est personnalisée à l'abondance relative et aux attributs physico-chimiques d'un sous-ensemble de métabolite qui doit s'analyser. Quand l'exclusion des composantes a lieu, les métabolites et les protéines ne sont pas intentionnelles pour l'analyse. Une gamme des facteurs est considérée dans le procédé d'extraction. Ils sont liquide-liquide, biphasés ou monophasiques dans la nature, le pH, la température et le rapport de solvants aqueux et organiques.

L'extraction de métabolite est capable d'affecter la productivité de l'inspection et de la nature et la quantité des métabolites extraites, si n'importe quelle perturbation se produit.

Spectrométrie liquide de la chromatographie-masse (LC-MS)

Chaque métabolite unique a ses propres seuls ions qui subissent des procédés de passage spécifiques. Avec l'aide de ces conditions de passage, l'unicité de la métabolite sera assurée si combiné avec un assemblage chromatographique. Par conséquent, tous les fois d'assemblage, passages, collision, et gamme de concentration pour la métabolite peuvent être dérivés avec l'aide du metabolomics visé.

Les méthodes de LC-MS d'analyzation avec le metabolomics visé sont connues pour produire le résultat de les deux l'ionisation (positif et négatif).

Il y a plusieurs considérations tenues compte en expérimentant avec LC-MS dans le metabolomics visé. Il affecte parfois la qualité expérimentée des caractéristiques. Par conséquent, opter pour les paramètres exacts d'ionisation est essentiel.

L'ionisation d'Electrospray (ESI) est connue comme plus courant et technique performante d'ionisation exécutés dans des expériences liées à la LC. Ce procédé d'ionisation est également appelé comme technique d'ionisation douce. Les dérivatisations chimiques ne sont pas exigées dans la technique d'ESI pour améliorer la volatilité. Elle aide également en réduisant la fragmentation cette des aides dans l'évaluation analytique.  

Un chromatogramme de crête de base d'exemple d'une analyse de LC-MS.

Auteur :  qualifié sous la plaque d'immatriculation créative de l'Attribution-ShareAlike 3,0 de terrains communaux. CWenger/en.wikipedia.org.

Avantages de metabolomics visé

Il est difficile recenser le metabolomics basé sur Mme car la période d'assemblage des intensités chromatographiques et d'ion subissent un chassoir temporel. En raison de ceci, l'analyse de démo pour l'étude doit être faite d'une façon variable et le même jour et traiter en lots les caractéristiques doit être acquis.  Ceci réduit à un minimum en échange les variations qui se produisent dans les jeux.

Le metabolomics visé joue un aspect double dans cette analyse :

  1. Dans le premier aspect, l'échantillon influencé par les normes internes aide en réglant la concentration des métabolites dans les échantillons. Ce procédé est employé pour analyser les jeux massifs témoin, qui prennent plus de jours ou de semaines pour compléter.
  2. Dans le deuxième aspect, l'identité précise de chaque métabolite est définie avec l'aide de l'analyse multiple de surveillance (MRM) de réaction. Ces types d'analyses de milliseconde sont effectués avec l'aide d'un quadrupôle triple appelé d'instrument.

Sources :

  1. http://depts.washington.edu/nwmrc/services/targeted-analysis
  2. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3334318/
  3. http://www.creative-proteomics.com/services/targeted-metabolomics.htm
  4. http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0089728
  5. http://cmcr.columbia.edu/metabolomics/targmeta.html
  6. https://www.bruker.com/applications/life-sciences/metabolomics/targeted-metabolomics.html
  7. https://www.danforthcenter.org/scientists-research/core-technologies/proteomics-mass-spectrometry/services/targeted-metabolomics
  8. http://www.mayo.edu/research/core-resources/metabolomics-core/services/targeted-metabolomics
  9. http://onlinelibrary.wiley.com/wol1/doi/10.1002/anie.200905579/full

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Last Updated: Feb 26, 2019

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