Metabolomics mirato a

Metabolome può essere descritto come l'output terminale del genoma che comprende il complemento globale i metaboliti (molecole con a basso peso molecolare) in un organismo o in una cella. La tecnica di misurazione delle molecole è divisa in due gruppi: metabolomics mirato a e metabolomics untargeted. La misurazione della vasta gamma delle molecole conosciute del metabolita in uno stato di malattia o negli stimoli fisiologici è chiamata metabolomics mirato a.

Metabolomics mirato a di comprensione

Il metabolomics mirato a è un approccio quantitativo dove un gruppo di metaboliti è quantificato con l'aiuto dei composti (interni o esterni) 15N o 13C che sono conosciuti come isotopi contrassegnati. Ulteriormente, con la guida standard interna, l'analisi può essere fatta con i metodi semiquantitativi o quantitativi.

Questo metodo di analyzation aiuta nella comprensione globale della schiera massiccia dei metaboliti nei prodotti finiti (come sudore, urina, ecc.) oltre alla sua cinetica. E, attribuire le vie conosciute dei prodotti biochimici che sovvenzionano, l'analisi statistica usa questi dati (risultato) come la variabile di input.

Il comitato di memoria del metabolomics comprende parecchi metaboliti quali gli acidi organici, le droghe, i neuromodulatori ed i sottoprodotti di metabolismo intermedio che accadono all'interno di una cella. Questi comitati sono componenti conosciute che sono utilizzate dai ricercatori nella loro analisi singola.  

Usando questo metabolomics mirato a, il preparato del campione è ottimizzato. Ciò limita la dominanza delle molecole dell'alto-abbondanza nelle analisi.

Rassegna della natura che confronta metabolomics untargeted e mirato a.

Caratteristiche del metabolomics mirato a

Come detto precedentemente, il ruolo del metabolomics mirato a è di valutare l'insieme dei metaboliti interpretati e biochimici.  Questo tipo di copertura limitata di metabolome prova che il metabolomics mirato a conta sui metaboliti e sulle loro vie biochimiche. Ciò fa la scoperta delle perturbazioni metaboliche complicate. Inoltre, con l'uso degli standard contrassegnati, il metabolomics mirato a è quantitativo.

Ciò crea una piattaforma per stabilire la chiara mostra dei trattamenti fisiologici. La spiegazione perfetta dei metaboliti nelle specie minimizza le prospettive dei artefatti analitici per assicurare l'analisi di dati. Il metabolomics mirato a è egualmente capace della produzione delle tecniche specializzate dell'estrazione.

Fattori in questione in metabolomics mirato a

Estrazione del metabolita

Il preparato del campione attraverso l'estrazione del metabolita è il trattamento più essenziale di cui risultato nella quantificazione adeguata dei metaboliti mirati a. Per quanto il metabolomics untargeted è considerato, il metodo di estrazione dovrebbe rilasciare la vasta gamma dei metaboliti attraverso il campione. Considerando che in metabolomics mirato a, ci sono soltanto alcuni metaboliti analizzati. Il fuoco di questo metodo dovrebbe essere sull'estrazione migliorata dei metaboliti necessari.

Quindi, il metodo di estrazione è personalizzato all'abbondanza relativa ed agli attributi fisico-chimici di sottoinsieme del metabolita che deve essere analizzato. Quando l'esclusione delle componenti ha luogo, i metaboliti e le proteine non sono intenzionali per l'analisi. Un intervallo dei fattori è considerato nel trattamento dell'estrazione. Sono liquido-liquido, bifasi o monofase nella natura, nel pH, nella temperatura e nel rapporto dei solventi organici acquosi e.

L'estrazione del metabolita è capace di pregiudicare la produttività dell'esame e della natura e la quantità dei metaboliti estratti, se della rottura accade.

Spettrometria liquida della cromatografia-massa (LC-MS)

Ogni singolo metabolita ha sui propri ioni unici che subiscono i trattamenti di transizione specifici. Con l'aiuto di questi stati di transizione, l'unicità del metabolita sarà accertata di se combinato con una conservazione cromatografica. Quindi, tutti i volte tanto di conservazione, transizioni, collisione ed intervallo di concentrazione per il metabolita possono essere derivati con l'aiuto del metabolomics mirato a.

I metodi di LC-MS di analyzation con il metabolomics mirato a sono conosciuti per fornire il risultato di entrambi la ionizzazione (positivo e negativo).

Ci sono parecchie considerazioni considerate quando sperimenta con LC-MS in metabolomics mirato a. A volte pregiudica la qualità sperimentata dei dati. Di conseguenza, optare per i parametri esatti di ionizzazione è essenziale.

La ionizzazione di Electrospray (ESI) è conosciuta come il metodo più comune e più efficiente di ionizzazione eseguito negli esperimenti LC MS in relazione con. Questo trattamento di ionizzazione egualmente è chiamato come la tecnica di ionizzazione morbida. Le derivatizzazioni chimiche non sono richieste nella tecnica di ESI per migliorare la volatilità. Egualmente aiuta nella diminuzione della frammentazione che aiuta nell'interpretazione analitica.  

Un cromatogramma del picco basso di esempio da un'analisi di LC-MS.

Autore:  conceduto una licenza a nell'ambito della licenza creativa di Attribuzione-ShareAlike 3,0 dei terreni comunali. CWenger/en.wikipedia.org.

Vantaggi del metabolomics mirato a

Al il metabolomics basato a sig.ra è difficile da identificare poichè il periodo di conservazione delle intensità dello ione e cromatografiche subisce una deriva temporale. dovuto questo, l'analisi della dimostrazione per lo studio deve essere fatta in un modo variabile e lo stesso giorno ed ammucchiare i dati deve acquistarsi.  Ciò in cambio minimizza le variazioni che si presentano negli insiemi.

Il metabolomics mirato a gioca un aspetto duplice in questa analisi:

  1. Nel primo aspetto, il campione influenzato dagli standard interni aiuta nella regolamentazione concentrazione dei metaboliti' nei campioni. Questo trattamento è usato per analizzare gli insiemi massicci del campione, che richiedono i più giorni o settimane per completare.
  2. Nel secondo aspetto, l'identità accurata di ogni metabolita è definita con l'aiuto dell'analisi multipla di video (MRM) della reazione. Questi tipi di analisi del ms sono fatti per mezzo di uno strumento chiamato quadruplo triplo.

Sorgenti:

  1. http://depts.washington.edu/nwmrc/services/targeted-analysis
  2. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3334318/
  3. http://www.creative-proteomics.com/services/targeted-metabolomics.htm
  4. http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0089728
  5. http://cmcr.columbia.edu/metabolomics/targmeta.html
  6. https://www.bruker.com/applications/life-sciences/metabolomics/targeted-metabolomics.html
  7. https://www.danforthcenter.org/scientists-research/core-technologies/proteomics-mass-spectrometry/services/targeted-metabolomics
  8. http://www.mayo.edu/research/core-resources/metabolomics-core/services/targeted-metabolomics
  9. http://onlinelibrary.wiley.com/wol1/doi/10.1002/anie.200905579/full

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Last Updated: Feb 26, 2019

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