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Protéomique visée : Avantages et techniques

Un endroit apparaissant dans le domaine de la protéomique est protéomique visée, une technique concernée par la quantification des protéines spécifiques. Cette méthode a de grande précision, la reproductibilité, et les capacités de multiplexage.

La protéomique visée est une technique concernée par la quantification des protéines spécifiquespetarg | Shutterstock

Quel est protéome ?

Le protéome du génome de cellules est comparé plus perspicace à son transcriptome car les protéines directement déterminent et modifient la fonction cellulaire. Inscrivez la modification de translation de ‐ des protéines existantes, abondance accrue ou des conformations allosterically modulées de protéine ont été attachées aux maladies complexes, y compris Alzheimer, le cancer, et le diabète. Les méthodes existantes de mesurer ces modifications ont des limitations dues à un manque de spécificité et de variation dans la procédure. La protéomique visée présente une méthode pour surmonter ces inconvénients.

Concevant et exécutant la protéomique visée

Protéomique de fusil de chasse

Les méthodes traditionnelles pour mesurer des interactions de protéines ont employé l'approche de protéomique de fusil de chasse, concernant profilant le complément de protéine de nombreux échantillons d'une façon impartiale pour comparer l'abondance différentielle de protéines. Cependant, la méthode exacte de fusil de chasse choisie dépend des caractéristiques. La protéomique visée est une approche de raffinage au fusil de chasse ou à la méthode heuristique.

Une autre méthode employée pour mesurer des protéines est acquisition sans données (DIA). Cette méthode combine la protéomique de découverte avec la surveillance sélectée de réaction (SRM). Le SRM est exécuté dans un spectromètre de masse qui permet à la mesure visée d'une protéine de se produire comme peptide sélecté ou l'éclat peut être suivi.

La spectrométrie de masse tandem (MS/MS) est la méthode utilisée de SRM. MS/MS sépare des protéines premièrement par leur rapport de masse-à-charge, réduit les protéines et trouve en fragments les ions résultants par un deuxième spectromètre de masse.

Approche ascendante

Dans cette méthode, des mesures initiales sont acquises d'une protéine d'intérêt qui a été proteolytically fendu dans ses peptides constitutifs. Ceci fournit une suite de peptides tryptiques qui sont alors appliqués à un fléau de chromatographie (LC) liquide. Ici, la plupart des protéines grippent à la phase stationnaire hydrophobe (fléau). Pendant que la phase mobile devient décroissant polaire, le détachement et l'élution des peptides se produit, fournissant le moment d'assemblage pour chaque peptide.

De ceci, les peptides sont séquentiellement introduits dans le spectromètre de masse. L'ionisation de pulvérisateur d'électron (ESI) est employée pour ioniser les peptides de sorte qu'ils transportent une charge positive unique et progressent par le premier quadrupôle (Q1).

La fragmentation se produit par le procédé de la dissociation induite de ‐ de connivence pour produire un ensemble d'ions d'éclat au deuxième quadrupôle (Q2). De ces ions réduits en fragments, encore un autre événement de choix prend des places au troisième quadrupôle (Q3) et par la suite trouvées par un analyseur de masse.

Surveillance parallèle de réaction (PRM)

La surveillance parallèle de réaction (PRM) est une autre méthode qui est exécutée sur un instrument hybride de définition élevée de ‐ qui permet à tous les ions possibles d'être surveillés par l'analyseur de masse. L'endroit intégré sous les crêtes d'ion d'éclat est une mesure de l'abondance d'ion d'éclat qui peut être employée pour déterminer la masse du seul ion de précurseur, et par la suite, la protéine.

L'avantage concurrentiel de la protéomique visée

Dans le réglage clinique, la protéomique visée permet le développement du médicament personnalisé. Par exemple, la stratification de patients est possible avec la protéomique visée comme des répondeurs et les non répondeurs peuvent être groupés pour la demande de règlement.

Supplémentaire, un ensemble prédéfini de Commission de protéine de biomarqueur peut être développé pour examiner des maladies (leur étape y compris) qui facilite le diagnostic précoce et permet le management épidémique dans une population.

Afin d'effectuer a visé la protéomique par partie intégrante de la recherche, il doit être plus accessible. De plus, des efforts sont exigés pour établir l'infrastructure pour supporter l'analyse de caractéristiques, l'instrumentation, et les compétences. L'automatisation est désirable à toutes les étapes de l'échantillon traitant, traiter d'instrument, et analyse de caractéristiques.

Sources

  • Anjali Arora et Kumaravel Somasundaram. La protéomique visée vient au Benchside et au chevet : Est-elle prête pour nous ? Bioessays. 2019. doi.org/10.1002/bies.201800042
  • Eva Borràs et Eduard Sabidó. 2017. Quelle est protéomique visée ? Une révision concise de l'acquisition visée et de l'analyse de caractéristiques visée en spectrométrie de masse. Protéomique. doi.org/10.1002/pmic.201700180
  • Nagib Ahsanab, Shyama Prasad Raoc, Philip A.Gruppusode, Bharat Ramratnamab, Arthur R. Salomonbe. Protéomique visée : Points de vue d'état actuel et de contrat à terme de la quantification des allergènes alimentaires. 2016. Tourillon de protéomique. 143. pp.15-23. doi.org/10.1016/j.jprot.2016.04.018

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Last Updated: Apr 24, 2019

Hidaya Aliouche

Written by

Hidaya Aliouche

Hidaya is a science communications enthusiast who has recently graduated and is embarking on a career in the science and medical copywriting. She has a B.Sc. in Biochemistry from The University of Manchester. She is passionate about writing and is particularly interested in microbiology, immunology, and biochemistry.

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