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Proteomics mirato a: Vantaggi e tecniche

Un'area emergente nel campo del proteomics è proteomics mirato a, una tecnica responsabile della quantificazione delle proteine specifiche. Questo metodo ha alta precisione, la riproducibilità e le capacità di multiplazione.

Il proteomics mirato a è una tecnica responsabile della quantificazione delle proteine specifichepetarg | Shutterstock

Che cosa è proteome?

Il proteome del genoma delle cellule è più perspicace confrontato al suo transcriptome poichè le proteine direttamente determinano ed alterano la funzione cellulare. Invii la modifica di traduzione delle proteine attuali, abbondanza aumentata del ‐ o le conformazioni allosterically modulate della proteina sono state legate alle malattie complesse, compreso Alzheimer, cancro ed il diabete. I metodi attuali di misura dei questi cambiamenti presentano le limitazioni dovuto una mancanza di specificità e di variazione nella procedura. Il proteomics mirato a presenta un metodo per sormontare questi svantaggi.

Progettando ed eseguendo proteomics mirato a

Proteomics del fucile da caccia

I metodi tradizionali per quantificare le interazioni della proteina hanno usato l'approccio di proteomics del fucile da caccia, comprendente profilando il complemento della proteina di numerosi campioni in un modo imparziale per confrontare l'abbondanza differenziale di proteine. Tuttavia, il metodo esatto del fucile da caccia scelto dipende dai dati. Il proteomics mirato a è un approccio raffinato al fucile da caccia o al metodo euristico.

Un altro metodo impiegato per quantificare le proteine è acquisizione dell'indipendente del ‐ di dati (DIA). Questo metodo combina il proteomics di scoperta con il video selezionato della reazione (SRM). SRM è eseguito in uno spettrometro di massa che permette che la misura mirata a di una proteina accada come peptide selezionato o il frammento può essere seguito.

La spettrometria di massa in tandem (MS/MS) è il metodo impiegato di SRM. MS/MS separa le proteine in primo luogo dal loro rapporto della massa--tassa, spezzetta le proteine ed individua gli ioni risultanti da un secondo spettrometro di massa.

Approccio dal basso

In questo metodo, le misure iniziali si acquistano da una proteina di interesse che proteolytically è stato fenduto nei sui peptidi costituenti. Ciò rende una serie di peptidi trittici che poi si applicano ad una colonna di cromatografia a fase mobile liquida (LC). Qui, la maggior parte delle proteine legano alla fase stazionaria idrofoba (colonna). Mentre la fase mobile diventa in modo decrescente polare, la separazione e l'eluizione dei peptidi accade, fornendo il momento di conservazione per ogni peptide.

Da questo, i peptidi sono presentati in sequenza nello spettrometro di massa. La ionizzazione dello spruzzo dell'elettrone (ESI) è usata per ionizzare i peptidi in modo che portino una singola carica positiva e progrediscano attraverso il primo quadruplo (Q1).

La frammentazione si presenta con il trattamento di dissociazione indotta ‐ della collusione per produrre un insieme degli ioni del frammento al secondo quadruplo (Q2). Da questi ioni spezzettati, un evento ulteriore di selezione cattura i posti al terzo quadruplo (Q3) e successivamente individuati da un analizzatore di massa.

Video parallelo di reazione (PRM)

Il video parallelo della reazione (PRM) è un altro metodo che è eseguito su uno strumento ibrido di alta risoluzione del ‐ che permette che tutti gli ioni possibili siano riflessi dall'analizzatore di massa. L'area integrata nell'ambito dei picchi dello ione del frammento è una misura dell'abbondanza dello ione del frammento che può essere usata per determinare la massa dello ione unico del precursore e successivamente, la proteina.

La competitività del proteomics mirato a

Nella regolazione clinica, il proteomics mirato a permette lo sviluppo di medicina personale. Per esempio, la stratificazione dei pazienti è possibile con il proteomics mirato a come i radar-risponditore e i non radar-risponditore possono essere raggruppati per il trattamento.

Ulteriormente, un insieme predefinito del comitato della proteina di biomarcatore può essere sviluppato per la schermatura delle malattie (loro fase compresa) che facilita la diagnosi precoce e permette la gestione epidemica all'interno di una popolazione.

Per fare ha mirato al proteomics un la parte integrante della ricerca, deve essere più accessibile. Più ulteriormente, gli sforzi sono richiesti per sviluppare l'infrastruttura per supportare l'analisi di dati, la strumentazione e la competenza. L'automazione è desiderabile in tutte le fasi da trattamento del campione, dalla manipolazione dello strumento e dall'analisi di dati.

Sorgenti

  • Anjali Arora & Kumaravel Somasundaram. Proteomics mirato a viene al Benchside ed al lato del letto: È pronto per noi? Bioessays. 2019. doi.org/10.1002/bies.201800042
  • Eva Borràs & Eduard Sabidó. 2017. Che cosa è proteomics mirato a? Una revisione concisa di acquisizione mirata a e di analisi di dati mirata a in spettrometria di massa. Proteomics. doi.org/10.1002/pmic.201700180
  • Nagib Ahsanab, Shyama Prasad Raoc, Philip A.Gruppusode, Bharat Ramratnamab, Arthur R. Salomonbe. Proteomics mirato a: Stato attuale e prospettive future per quantificazione degli allergeni dell'alimento. 2016. Giornale di Proteomics. 143. pp.15-23. doi.org/10.1016/j.jprot.2016.04.018

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Last Updated: Apr 24, 2019

Hidaya Aliouche

Written by

Hidaya Aliouche

Hidaya is a science communications enthusiast who has recently graduated and is embarking on a career in the science and medical copywriting. She has a B.Sc. in Biochemistry from The University of Manchester. She is passionate about writing and is particularly interested in microbiology, immunology, and biochemistry.

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