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Proteomics apuntado: Ventajas y técnicas

Un área emergente en el campo del proteomics es proteomics apuntado, una técnica referida a la cuantificación de proteínas específicas. Este método tiene alta exactitud, reproductibilidad, y las capacidades de la multiplexación.

El proteomics apuntado es una técnica referida a la cuantificación de proteínas específicaspetarg | Shutterstock

¿Cuál es proteome?

El proteome del genoma de la célula es más profundo comparado a su transcriptome pues las proteínas determinan y alteran directamente la función celular. Asiente la modificación de translación de proteínas existentes, abundancia creciente del ‐ o las conformaciones allosterically moduladas de la proteína se han atado a las enfermedades complejas, incluyendo Alzheimer, cáncer, y diabetes. Los métodos existentes de cuantificar estos cambios tienen limitaciones debido a una falta de especificidad y de variación en el procedimiento. El proteomics apuntado presenta un método para vencer estas desventajas.

Diseñando y realizando proteomics apuntado

Proteomics de la escopeta

Los métodos tradicionales para cuantificar acciones recíprocas de la proteína han utilizado la aproximación del proteomics de la escopeta, implicando perfilando el complemento de la proteína de muestras numerosas en una manera imparcial para comparar la abundancia diferenciada de proteínas. Sin embargo, el método exacto de la escopeta elegido depende de los datos. El proteomics apuntado es una aproximación refinada al método de la escopeta o de descubrimiento.

Otro método usado para cuantificar las proteínas es adquisición de la independiente del ‐ de los datos (DIA). Este método combina proteomics del descubrimiento con la supervisión seleccionada de la reacción (SRM). SRM se realiza en un espectrómetro de masas que permita que la medición apuntada de una proteína ocurra como péptido seleccionado o el fragmento puede ser seguido.

La espectrometría de masa en tándem (MS/MS) es el método empleado de SRM. MS/MS separa las proteínas en primer lugar por su índice de la masa-a-carga, hace fragmentos de las proteínas y descubre los iones resultantes por un segundo espectrómetro de masas.

Aproximación ascendente

En este método, las mediciones iniciales se detectan de una proteína del interés que proteolytically se ha hendido en sus péptidos constitutivos. Esto rinde una serie de péptidos trípticos que entonces se apliquen a una olumna de cromatografía (LC) líquida. Aquí, la mayoría de las proteínas atan a la fase estacionaria hidrofóbica (olumna). Mientras que la fase movible llega a ser decreasingly polar, el destacamento y la elución de los péptidos ocurre, ofreciendo la época de retención para cada péptido.

De esto, los péptidos se introducen secuencialmente en el espectrómetro de masas. La ionización del aerosol del electrón (ESI) se utiliza para ionizar los péptidos de modo que lleven una única carga positiva y progresen en el primer tetrapolo (Q1).

La fragmentación ocurre con el proceso de la disociación inducida ‐ de la colusión para producir un equipo de iones del fragmento en el segundo tetrapolo (Q2). De estos iones hechos fragmentos, otra acción de la selección toma los lugares en el tercer tetrapolo (Q3) y descubiertos posteriormente por un analizador en masa.

Supervisión paralela de la reacción (PRM)

La supervisión paralela de la reacción (PRM) es otro método que se realiza en un instrumento híbrido de la alta resolución del ‐ que permita que todos los iones posibles sean vigilados por el analizador en masa. El área integrada bajo picos del ión del fragmento es una medición de la abundancia del ión del fragmento que se puede utilizar para determinar la masa del ión único del precursor, y posteriormente, la proteína.

La posición competitiva del proteomics apuntado

En la fijación clínica, el proteomics apuntado permite el revelado del remedio personalizado. Por ejemplo, la estratificación de pacientes es posible con proteomics apuntado como los respondedores y los no respondedores pueden ser agrupados para el tratamiento.

Además, un equipo predefinido del panel de la proteína del biomarker se puede desarrollar para revisar de enfermedades (su escenario incluyendo) que facilita el diagnóstico precoz y permite a la administración epidémica dentro de una población.

Para hacer apuntó proteomics a la parte integrante de la investigación, él necesita ser más accesible. Además, se requieren los esfuerzos de construir la infraestructura para soportar análisis de datos, la instrumentación, y la experiencia. La automatización es deseable en todos los escenarios de la muestra que tramita, manejo del instrumento, y análisis de datos.

Fuentes

  • Anjali Arora y Kumaravel Somasundaram. Proteomics apuntado viene al Benchside y a la cabecera: ¿Está listo para nosotros? Bioessays. 2019. doi.org/10.1002/bies.201800042
  • Eva Borràs y Eduard Sabidó. 2017. ¿Cuál es proteomics apuntado? Una revisión sucinta de la adquisición apuntada y del análisis de datos apuntado en espectrometría de masa. Proteomics. doi.org/10.1002/pmic.201700180
  • Nagib Ahsanab, Shyama Prasad Raoc, Philip A.Gruppusode, Bharat Ramratnamab, Arturo R. Salomonbe. Proteomics apuntado: Estado actual y perspectivas futuras para la cuantificación de los alergénicos de la comida. 2016. Gorrón de Proteomics. 143. pp.15-23. doi.org/10.1016/j.jprot.2016.04.018

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Last Updated: Apr 24, 2019

Hidaya Aliouche

Written by

Hidaya Aliouche

Hidaya is a science communications enthusiast who has recently graduated and is embarking on a career in the science and medical copywriting. She has a B.Sc. in Biochemistry from The University of Manchester. She is passionate about writing and is particularly interested in microbiology, immunology, and biochemistry.

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