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Analisi Tessuto-Specifica di Transcriptome

Il transcriptome è la serie completa di RNA messaggero (mRNA) che una cella ha trascritto. Analizzare il transcriptome mostra ai geni quale attivamente stanno esprimendi e possono quindi dare i risultati altamente informativi per i biologi.

Legato alle proteine a DNA
Credito di immagine: Juan Gaertner/Shutterstock

Ordinamento di prossima generazione per l'analisi del transcriptome

Limitazioni dei metodi precedenti

I Microarrays erano il metodo consueto per l'analisi della trascrizione, ma ha affrontato parecchi svantaggi, quali le emissioni di ibridazione, le emissioni di rilevazione ed i vincoli sulla mappatura dei geni precedentemente unmapped. Queste limitazioni hanno limitato l'analisi di tutti i geni in un grandi genoma e rilevazione dei geni rari ma fisiologicamente pertinenti nel transcriptome.

Funzione di predizione delle cellule

Il transcriptome può fornirci le informazioni su cui la cella attivamente sta facendo o farà in futuro. Egualmente specifica l'identità di una cella.

L'individuazione ed annotazione del transcriptome in tessuti delucida quali geni stanno esprimendi e la loro funzione sperimentale.

Ciò inizialmente è stata tentata negli organismi più semplici, quale lievito, ma si è applicata ai tessuti differenti presenti in impianti ed in mammiferi.

ordinamento del cDNA

Una tecnica di NGS usata per caratterizzare il transcriptome è ordinamento del cDNA. Questo metodo tiene conto RNA, o mera presenza, essere memorizzato ed usato per il confronto con altri campioni o i campioni di futuro.

L'ordinamento può essere fatto sui tessuti diversi da un organismo per confrontare e scoprire i reticoli tessuto-specifici di espressione.

Applicazioni delle analisi del transcriptome

Studio del regolamento del gene

l'analisi Tessuto-specifica del transcriptome via la tecnologia di NGS è stata tentata su una serie di organismi di complessità variante.

Uno dei progetti più ambiziosi è stato fatto sui mouse, in cui il tessuto del fegato, il tessuto del muscolo scheletrico e l'intero tessuto cerebrale sono stati analizzati.

Ciò ha esteso la nostra comprensione corrente fornendo informazioni per un migliore modello dei geni nel genoma del mouse come pure come queste differiscono dal tipo del tessuto.

Fra queste scoperte era nuovo o 5' prolungato esoni, che sono indicatori chiave dei promotori. Ciò è utile da studiare il regolamento e le interazioni dei geni fra i fattori di regolamentazione.

Rilevazione degli eventi d'impionbatura

Il tasto con usando il RNA di NGS che ordina il metodo piuttosto che i microarrays era la rilevazione degli eventi d'impionbatura. Gli eventi d'impionbatura accadono mentre il mRNA recentemente trascritto matura nel mRNA maturo.

I Microarrays possono individuare soltanto gli eventi d'impionbatura durante gli stati su misura e non durante l'uso sistematico. Tuttavia, NGS può individuare nell'alta abbondanza RNAs.

Gli scienziati ora stanno guardando più ulteriormente per caratterizzare questi eventi d'impionbatura ed i loro moduli dal usando altri moduli di RNA che ordinano la tecnologia.

Ricerca di invecchiamento

Una teoria nel campo di è circa la restrizione dietetica, dove consumare meno alimento senza essere senza alimenti può estendere la durata della vita mentre diminuisce la forma fisica nella gioventù.

Le risposte dal transcriptome alla restrizione dietetica sono state studiate soltanto recentemente al livello cellulare ed organismal, ma ad un livello del tessuto.

La restrizione dietetica è creduta per lavorare attraverso l'obiettivo della segnalazione (TOR) di rapamicina, attraverso gli amminoacidi essenziali che possono su-regolamentare il TOR.

Analizzare i transcriptomes tessuto-specifici in drosofila ha confermato che uno degli effetti della restrizione dietetica è segnalazione diminuita del TOR, oltre a confermare un ruolo per la famiglia di GATA scompone come regolatori.

I tessuti hanno risposto esclusivamente alla restrizione dietetica, specificamente via i fattori di GATA.

L'individuazione che i tessuti rispondono indipendente alla restrizione dietetica implica che la manipolazione genetica tessuto-specifica possa permettere che la lunghezza di vita sia estesa mentre eviti le riduzioni di forma fisica.

Ricerca dell'impianto

L'agronomia egualmente sta utilizzando gli sviluppi in NGS ed il RNA che ordina più ulteriormente per capire la crescita e la risposta di impianto all'ambiente.

Gli impianti contano molto sulla loro capacità di rispondere ed adattarsi al loro ambiente, poiché non possono cambiarlo o muoversi a partire da. Lo sforzo del sale è uno tale stress ambientale con gli effetti severi sulla crescita e sulla riproduzione.

l'analisi Tessuto-specifica del transcriptome si è applicata alle piantine di populus euphratica, un tipo di albero di salice. Hanno trovato 2000-6000 geni differenziale espressi nei tessuti della foglia, del floema, dello xilema e della root.

I geni differenziale espressi durante lo sforzo del sale hanno differito fra i tessuti, per quanto riguarda attività di trasporto della membrana nella foglia e nei trattamenti dell'ossidazione/riduzione nel tessuto della root.

Egualmente è stato suggerito che la divergenza dei reticoli di espressione dei geni differenziale espressi potesse migliorare la tolleranza per salare lo sforzo mantenendo l'omeostasi degli ioni e delle specie reattive dell'ossigeno.

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Last Updated: Aug 28, 2018

Sara Ryding

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Sara Ryding

Sara is a passionate life sciences writer who specializes in zoology and ornithology. She is currently completing a Ph.D. at Deakin University in Australia which focuses on how the beaks of birds change with global warming.

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