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Análise Tecido-Específica de Transcriptome

O transcriptome é o conjunto completo do RNA de mensageiro (mRNA) que uma pilha transcreveu. Analisar o transcriptome mostra aos genes quais activamente estão sendo expressados e podem conseqüentemente render resultados altamente informativos para biólogos.

Proteína limitada ao ADN
Crédito de imagem: Juan Gaertner/Shutterstock

Próxima geração que arranja em seqüência para a análise do transcriptome

Limitações de métodos precedentes

Os Microarrays eram o método habitual para a análise da transcrição, mas enfrentou diversos inconvenientes, tais como edições da hibridação, edições da detecção, e limitações em traçar genes previamente unmapped. Estas limitações restringiram a análise de todos os genes em um grandes genoma e detecção de genes raros mas physiologically relevantes no transcriptome.

Função de predição da pilha

O transcriptome pode dar-nos a informação sobre o que a pilha activamente está fazendo ou fará no futuro. Igualmente especifica a identidade de uma pilha.

Encontrar e anotação do transcriptome nos tecidos explica que genes estão sendo expressados, e sua função provisória.

Isto foi tentado inicialmente em uns organismos mais simples, tais como o fermento, mas foi aplicado aos tecidos diferentes actuais nas plantas e nos mamíferos.

arranjar em seqüência do cDNA

Uma técnica de NGS usada para caracterizar o transcriptome é arranjar em seqüência do cDNA. Este método permite o RNA, ou a mera presença, ser armazenado e usado para a comparação com outras amostras ou amostras do futuro.

Arranjar em seqüência pode ser feito em tecidos diferentes de um organismo para comparar e descobrir testes padrões tecido-específicos da expressão.

Aplicações de análises do transcriptome

Estudando o regulamento do gene

a análise Tecido-específica do transcriptome através da tecnologia de NGS foi tentada em um número de organismos da complexidade de variação.

Um dos projectos mais ambiciosos foi feito nos ratos, onde o tecido do fígado, o tecido do músculo esqueletal, e o tecido de cérebro inteiro foram analisados.

Isto estendeu nossa compreensão actual fornecendo a informação para um modelo melhor dos genes no genoma do rato, assim como como estes diferem pelo tipo do tecido.

Entre estas descobertas eram 5' novo ou alongado os exons, que são marcadores chaves dos promotores. Isto é útil investigar o regulamento e as interacções dos genes entre factores de regulamento.

Detectando eventos de emenda

A chave com utilização do RNA de NGS que arranja em seqüência o método um pouco do que microarrays era a detecção de eventos de emenda. Os eventos de emenda ocorrem enquanto o mRNA recentemente transcrito se amadurece no mRNA maduro.

Os Microarrays podem somente detectar eventos de emenda durante condições personalizadas, e não durante o uso corrente. Contudo, NGS pode detectar na abundância alta RNAs.

Os cientistas estão olhando agora para caracterizar mais estes eventos de emenda e seus formulários usando outros formulários do RNA que arranjam em seqüência a tecnologia.

Pesquisa do envelhecimento

Uma teoria no campo de é sobre a limitação dietética, onde consumir menos alimento sem ser subnutrido pode estender o tempo ao reduzir a aptidão na juventude.

As respostas pelo transcriptome à limitação dietética têm sido estudadas a nível celular e organismal, mas somente recentemente a nível do tecido.

A limitação dietética é acreditada para trabalhar através do alvo da sinalização (TOR) de Rapamycin, através dos ácidos aminados essenciais que podem acima-regular o TOR.

Analisar transcriptomes tecido-específicos na drosófila confirmou que um dos efeitos da limitação dietética é sinalização reduzida do TOR, além do que a confirmação de um papel para a família de GATA fatora como reguladores.

Os tecidos responderam separada à limitação dietética, especificamente através dos factores de GATA.

Encontrar que os tecidos respondem independente à limitação dietética implica que a manipulação genética tecido-específica pode permitir que o comprimento da vida esteja estendido ao evitar as reduções da aptidão.

Pesquisa da planta

A ciência de planta igualmente está usando as revelações em NGS e o RNA que arranja em seqüência para compreender mais o crescimento vegetal e a resposta ao ambiente.

As plantas confiam pesadamente em sua capacidade para responder e adaptar-se a seu ambiente, desde que não podem o mudar ou se mover longe dele. O esforço de sal é um tal esforço ambiental com efeitos severos no crescimento e na reprodução.

a análise Tecido-específica do transcriptome foi aplicada às plântulas do euphratica do Populus, um tipo de árvore de salgueiro. Encontraram 2000-6000 genes diferencial expressados nos tecidos da folha, do floema, da xilema e da raiz.

Os genes diferencial expressados durante o esforço de sal diferiram entre tecidos, em relação à actividade de transporte da membrana na folha e nos processos da oxidação-redução no tecido da raiz.

Igualmente sugeriu-se que a divergência dos testes padrões da expressão dos genes diferencial expressados pudesse melhorar a tolerância para salgar o esforço mantendo a homeostase dos íons e da espécie reactiva do oxigênio.

Fontes:

Further Reading

Last Updated: Aug 28, 2018

Sara Ryding

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Sara Ryding

Sara is a passionate life sciences writer who specializes in zoology and ornithology. She is currently completing a Ph.D. at Deakin University in Australia which focuses on how the beaks of birds change with global warming.

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