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Análisis Tejido-Específico de Transcriptome

El transcriptome es el equipo completo del ARN de mensajero (mRNA) que una célula ha transcrito. Analizar el transcriptome muestra a genes cuáles se están expresando y pueden activamente por lo tanto rendir los resultados altamente informativos para los biólogos.

Proteína limitada a la DNA
Haber de imagen: Juan Gaertner/Shutterstock

Siguiente-generación que ordena para el análisis del transcriptome

Limitaciones de métodos anteriores

Los Microarrays eran el método habitual para el análisis de la transcripción, pero hizo frente a varias desventajas, tales como entregas del hibridación, entregas de la detección, y apremios en la correspondencia de genes previamente unmapped. Estas limitaciones han restringido el análisis de todos los genes en un genoma y una detección grandes de genes infrecuentes pero fisiológico relevantes en el transcriptome.

Función de la célula que predice

El transcriptome puede darnos la información sobre lo que está haciendo o hará la célula activamente en el futuro. También especifica la identidad de una célula.

El encontrar y anotación del transcriptome en tejidos aclara se están expresando qué genes, y su función provisional.

Esto tentativa inicialmente en organismos más simples, tales como levadura, pero se ha aplicado a diversos tejidos presentes en instalaciones y mamíferos.

secuencia del cDNA

Una técnica de NGS usada para caracterizar el transcriptome es secuencia del cDNA. Este método permite ARN, o simple presencia, ser salvado y ser utilizado para la comparación con otras muestras o muestras del futuro.

La secuencia se puede hacer en diversos tejidos a partir de un organismo para comparar y para descubrir configuraciones tejido-específicas de la expresión.

Usos de los análisis del transcriptome

Estudiar la regla del gen

el análisis Tejido-específico del transcriptome vía tecnología de NGS ha tentativa en varios organismos de la complejidad diversa.

Uno de los proyectos más ambiciosos fue hecho en los ratones, donde el tejido del hígado, el tejido del músculo esquelético, y el tejido cerebral entero eran analizados.

Esto amplió nuestra comprensión actual ofreciendo la información para un mejor modelo de genes en el genoma del ratón, así como cómo éstos difieren por el tipo del tejido.

Entre estos descubrimientos era 5' nuevo o alargado los exones, que son marcadores dominantes de promotores. Esto es útil para investigar la regla y acciones recíprocas de los genes entre los factores de regulación.

Descubrir acciones que empalman

La llave con usar el ARN de NGS que ordenaba método bastante que microarrays era la detección de acciones que empalmaban. Las acciones que empalman ocurren mientras que el mRNA nuevamente transcrito se madura en el mRNA maduro.

Los Microarrays pueden descubrir solamente acciones que empalman durante condiciones modificadas para requisitos particulares, y no durante uso rutinario. Sin embargo, NGS puede descubrir en la alta abundancia RNAs.

Los científicos ahora están observando para caracterizar más lejos estas acciones que empalman y sus formas usando otras formas del ARN que ordenan tecnología.

Investigación del envejecimiento

Una teoría en el campo de está sobre la restricción dietética, donde la consumo de menos comida sin ser subalimentada puede prolongar la vida útil mientras que reduce aptitud física en la juventud.

Las reacciones por el transcriptome a la restricción dietética se han estudiado en el nivel celular y organismal, pero solamente recientemente en un nivel del tejido.

La restricción dietética se cree para trabajar a través del objetivo de la transmisión de señales (TOR) de Rapamycin, a través de los aminoácidos esenciales que pueden hacia arriba-regular el TOR.

Analizar transcriptomes tejido-específicos en Drosophila confirmó que uno de los efectos de la restricción dietética es transmisión de señales reducida del TOR, además de confirmar un papel de la familia de GATA descompone en factores como reguladores.

Los tejidos respondieron por separado a la restricción dietética, específicamente vía los factores de GATA.

Encontrar que los tejidos responden independientemente a la restricción dietética implica que la manipulación genética tejido-específica puede permitir que el largo de la vida sea ampliado mientras que evita las reducciones de la aptitud física.

Investigación de la instalación

La botánica también está utilizando los progresos en NGS y el ARN que ordena para entender más lejos crecimiento vegetal y la reacción al ambiente.

Las instalaciones confían pesado en su capacidad de responder y de adaptarse a su ambiente, puesto que no pueden cambiarlo o moverse lejos de él. La tensión de la sal es una tal tensión ambiental con efectos severos sobre incremento y la reproducción.

el análisis Tejido-específico del transcriptome fue aplicado a los almácigos del euphratica del Populus, un tipo de sauce. Encontraron 2000-6000 genes diferenciado expresados en los tejidos de la hoja, del líber, del xilema y de la raíz.

Los genes diferenciado expresados durante la tensión de la sal difirieron entre los tejidos, referentes a actividad de transporte de la membrana en la hoja y los procesos de la oxidación-reducción en el tejido de la raíz.

También fue sugerido que la divergencia de las configuraciones de la expresión de los genes diferenciado expresados puede perfeccionar tolerancia para salar la tensión manteniendo el homeostasis de iones y de la especie reactiva del oxígeno.

Fuentes:

Further Reading

Last Updated: Aug 28, 2018

Sara Ryding

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Sara Ryding

Sara is a passionate life sciences writer who specializes in zoology and ornithology. She is currently completing a Ph.D. at Deakin University in Australia which focuses on how the beaks of birds change with global warming.

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