Advertencia: Esta página es una traducción de esta página originalmente en inglés. Tenga en cuenta ya que las traducciones son generadas por máquinas, no que todos traducción será perfecto. Este sitio Web y sus páginas están destinadas a leerse en inglés. Cualquier traducción de este sitio Web y su páginas Web puede ser imprecisa e inexacta en su totalidad o en parte. Esta traducción se proporciona como una conveniencia.

¿Qué podemos aprender del Cubeta-Genoma?

Salto a:

Algunas décadas después de que la primera serie genética de un organismo vivo fuera compartida, las bases de datos públicas contienen varios cientos de genomas bacterianos completos. No obstante, solamente una pequeña parte de estas especies de bacterias tienen genomas que se han ordenado completo.

La conclusión del estudio que revela esto, es que cada uno de la especie bacteriana, en teoría, nunca será descrita completo pues los nuevos genes serán agregados contínuo al genoma de la especie con cada nueva serie genomic. Por lo tanto, la mejor manera de describir una especie bacteriana es hechar una ojeada el concepto del cubeta-genoma: comprendido de los todos los genomas prescindibles y de la base de una especie.

¿Cuál es el Cubeta-Genoma?

El cubeta-genoma caracteriza todas las variaciones genéticas y genes singulares dentro de una única especie. Este concepto original fue traído a la luz por Tettelin y otros, cuando seis deformaciones del estreptococo agalactias fueron ordenadas.

Colonias de estreptococo agalactias de las bacterias en placa del medio de cultivo. Haber de imagen: Angellodeco/Shutterstock
Colonias de estreptococo agalactias de las bacterias en placa del medio de cultivo. Haber de imagen: Angellodeco/Shutterstock

Las series del DNS obtenidas se podrían interpretar como genoma de la base (compartido por todos los aislantes de las agalactias del S.), que los accountis para el alrededor 80% del único genoma, así como un genoma fungible que consiste en genes deformación-específicos y parcial-compartidos. Los presupuestos de este estudio sugieren que el depósito genético dentro del cubeta-genoma de las agalactias del S. sea inmenso, y que estos nuevos genes podrían continuar ser determinado más a fondo.

Ejemplos del análisis del Cubeta-Genoma

El paracasei del lactobacilo es parte del microbiome animal y humano de la tripa, y por lo tanto se utiliza en la industria alimentaria en productos probióticos, o como culturas comenzadas para otros productos lácteos. Con el aumento en el uso de la alto-producción y de la DNA barata que ordenaban métodos ha llegado a ser posible ordenar una variedad de diversas deformaciones de una única especie, entonces para determinar su cubeta-genoma. En un estudio 2013, los genomas de 34 deformaciones separadas del paracasei del L. fueron ordenados, y el análisis de la genómica que comparaba cada deformación fue ejecutado.

El contenido del genoma y synteny eran analizados, con un foco en el cubeta-genoma. Cada uno de los genomas fue encontrado para contener aproximadamente 2.800 a 3.100 genes, así como el análisis comparativo que determinaba bastante por encima de 4.200 grupos de la DNA del ortholog que comprendían el cubeta-genoma de esta especie determinada. Hacia 1800 del ortholog los grupos comprenden la base protegida del genoma. Una variedad de factores que eran conectados a las acciones recíprocas bioquímicas del ordenador principal-microbio, tales como proteinasa del célula-envolvente, pilli, e hidrolasas p75 y p40. La capacidad para hacer los ácidos grasos con cadenas conectadas cortos todos fue encontrada para estar presente en el genoma de la base del paracasei del L., encontró en todas las deformaciones elegidas.

El variome (la parte del genoma que puede variar entre los organismos), fue encontrado para consistir principal en fagos hipotéticos, proteínas, elementos de transposon/conjugative, plásmidos, y funciones familiares (por ejemplo, metabolismo del azúcar y las proteínas CRISPR-asociadas). La variabilidad y la variedad grandes de magazines genéticos de la azúcar-utilización fueron establecidas claramente, con cada uno de las deformaciones que tenían entre 25 y 53 magazines individuales, que reflejan la adaptabilidad del paracasei del L. a los lugares variados. Un árbol phylogenomic entonces fue construido, que fue basado en los contenidos totales del genoma así como un análisis final de cualquier acción horizontal de la transferencia del gen. Fue concluido que la adaptación de estas deformaciones del paracasei del L. es un proceso complejo.

Otro estudio también encontró que el cubeta-genoma se podría utilizar como herramienta nueva para redefinir estas especies patógenas de bacterias. Esto entonces fue aplicada las especies a bacterias de Escherichia Coli y del Shigella, que han sido recientemente el tema de una cierta controversia con respecto a sus posiciones patógenas y taxonómicas.

Después de elegir las deformaciones específicas que están de interés, entonces seleccionaron una técnica experimental: por ejemplo un método bioinformática-basado o un microarray. La técnica de la bioinformática ofrece el servicio de las herramientas dedicado y fines generales. Usando estos análisis, el estudio de la cubeta-genómica puede dar diversos tipos de datos, y después aumenta la comprensión y el conocimiento de una especie bacteriana.

Agrupando juntos estos datos genomic, podría ser posible redefinir más adelante especie, para clasificarla empleó sobre su contenido genomic del variome. ¿En una situación donde un “cubeta-genoma infinito” existe, por ejemplo en Escherichia Coli, o Prochlorococcus Marinus, se podría la reclasificación ejecutar todavía? Las definiciones de “especies” eran decididas a menudo sobre usar viejos métodos y las herramientas. Además, un ciertas especies son no homogéneas por naturaleza. Por lo tanto, la redefinición cómo una especie bacteriana es determinada analizando del cubeta-genoma puede ser algo que se puede hacer en un futuro próximo.

Fuentes

Further Reading

Last Updated: Oct 15, 2019

Written by

Phoebe Hinton-Sheley

Phoebe Hinton-Sheley has a B.Sc. (Class I Hons) in Microbiology from the University of Wolverhampton. Due to her background and interests, Phoebe mostly writes for the Life Sciences side of News-Medical, focussing on Microbiology and related techniques and diseases. However, she also enjoys writing about topics along the lines of Genetics, Molecular Biology, and Biochemistry.

Citations

Please use one of the following formats to cite this article in your essay, paper or report:

  • APA

    Hinton-Sheley, Phoebe. (2019, October 15). ¿Qué podemos aprender del Cubeta-Genoma?. News-Medical. Retrieved on December 05, 2020 from https://www.news-medical.net/life-sciences/What-Can-We-Learn-from-the-Pan-genome.aspx.

  • MLA

    Hinton-Sheley, Phoebe. "¿Qué podemos aprender del Cubeta-Genoma?". News-Medical. 05 December 2020. <https://www.news-medical.net/life-sciences/What-Can-We-Learn-from-the-Pan-genome.aspx>.

  • Chicago

    Hinton-Sheley, Phoebe. "¿Qué podemos aprender del Cubeta-Genoma?". News-Medical. https://www.news-medical.net/life-sciences/What-Can-We-Learn-from-the-Pan-genome.aspx. (accessed December 05, 2020).

  • Harvard

    Hinton-Sheley, Phoebe. 2019. ¿Qué podemos aprender del Cubeta-Genoma?. News-Medical, viewed 05 December 2020, https://www.news-medical.net/life-sciences/What-Can-We-Learn-from-the-Pan-genome.aspx.

Comments

The opinions expressed here are the views of the writer and do not necessarily reflect the views and opinions of News Medical.