Quelle est génomique fonctionnelle ?

Utilisant une approche de la taille du génome, la génomique fonctionnelle vise à dévoiler des réponses aux questions principales concernant les rôles et les interactions des gènes et de leurs produits.

Génomique fonctionnelle - par ZitaCrédit d'image : Zita/Shutterstock

Projet génome humain

Lancé en 1990, la biologie révolutionnée par projet génome humain, permettant à la séquence de génome humain d'être tracé. C'était un exemple typique de la grande science de `' - la large échelle, approche croix-disciplinaire. La disponibilité de cette caractéristique d'inauguration a activé davantage de recherche dans des processus moléculaires et les interactions qui se produisent en cellules à un niveau de la taille du génome.

Haut-débit ordonnançant des technologies

L'utilisation du haut-débit ordonnançant (HTS) des technologies est devenue une partie essentielle d'analyse génomique. Puissant et rentable, HTSs ont surpassé l'inférieur-débit ordonnançant des technologies comme l'ordonnancement de Sanger.

L'ordonnancement de Sanger est une technique chère qui tient compte seulement pour que les différentes séquences soient amplifiées et pour s'affichent. Le HTS recueille des analyses plus grandes de grande puissance d'ensembles de données et d'offres dans les signatures génomiques et transcriptomic cellulaires dans conditions variées de la maladie.

Ordonnancement de prochain rétablissement (NGS)

Les outils de NGS qui sont l'éclat le plus couramment appliqué ADN et le grippent aux adaptateurs pour son amplification suivante utilisant l'ACP. L'ADN amplifié est immobilisé sur des talons ou sur un choix permettant les fragments d'ADN identiques à la forme.

Des technologies de ordonnancement plus neuves comme le torrent d'ion se servent des ions d'hydrogène émis des brins d'ADN quand des nucléotides sont intégrés dans eux. Utilisant un compteur séquentiel, cette information peut être employée pour produire l'analyse digitale.

Transcriptomics

Transcriptomics peut être décrit comme étude des transcriptomes et de leurs fonctionnements qui produit d'une meilleure illustration quant aux fonctions des gènes et aux voies de réglementation. L'utilisation de NGSs a amélioré l'analyse des profils et de l'expression du gène de transcription. Ils peuvent également déterminer des limites de transcription et des jonctions d'intron-Exon.

NGSs ont des coûts de ordonnancement réduits dus au niveau du rendement général de ces outils de ordonnancement par rapport à des méthodes plus anciennes de HTS et d'inférieur-débit ordonnançant l'analyse. En dépit de ceci, un besoin d'infrastructure et le personnel dans les réglages cliniques rend NGSs accessible à certains.

CRISPR-Cas9

L'utilisation des systèmes modèles tels que CRISPR-Cas9 et la mutagénèse dirigée chimique ont été employées pour établir le fonctionnement de gène et de protéine ainsi que la relation entre le génotype et le phénotype. CRISPR laisse couperer-coll à un niveau génomique en coupant des gènes aux lieux du désir ADN par sa capacité de viser Cas9.  

Puces ADN d'ADN

Des puces ADN sont employées pour évaluer des configurations d'expression du gène. Elles sont faites de différents fragments d'ADN hauts qui ont été immobilisés sur un support comme la glace.

Par un procédé de l'hybridation, des éclats d'ADN ou d'ARN d'un échantillon sont fixés à l'ADN attaché et puis sondés pour déterminer la quantité d'acide nucléique à chaque emplacement génomique dans l'échantillon. Cependant, il est difficile de concevoir les choix (en particulier en vue de les génomes mammifères complexes) qui ne grippent pas les éclats étroitement liés d'ADN et d'ARN.

Ceci évite les gènes spécifiques étant trouvés quand ils ont l'homologie de séquence avec plusieurs autres. L'autre sujet est qu'ils ne peuvent pas trouver les séquences qui n'ont pas une séquence complémentaire. Ceci a comme conséquence un manque de représentation des gènes qui n'ont pas été précédemment identifiés dans un génome.

Les limitations des puces ADN, pour cette raison du congé NGSs comme option plus pratique pour l'analyse dans la génomique fonctionnelle.

Futurs points de vue de génomique fonctionnelle

L'inducteur de la génomique fonctionnelle est relativement neuf. Bien que quelques technologies exigent l'amélioration, le mouvement rapide de la recherche dans cet endroit propose que précis et analyse globale puisse être effectué.

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Last Updated: Oct 11, 2018

Maryam Mahdi

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Maryam Mahdi

Maryam is a science writer with a passion for travel. She graduated in 2012 with a degree in Biomedical Sciences (B.Sc.) from the University of Manchester. Maryam previously worked in scientific education and has produced articles, videos, and presentations to highlight the association between dietary choices and cancer. She produces a range of articles for News-Medical, with a focus on microbiology and microscopy.

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