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Quelle est génomique structurelle ?

La génomique structurelle est un inducteur de la génomique qui concerne la caractérisation des structures de génome. Cette connaissance peut être utile dans la pratique de manipuler les gènes et les segments d'ADN d'une substance.

ADN

Comme exemple, il est important de comprendre le lieu d'un gène dans le génome avant qu'il soit possible de copier le gène avec succès. De même, la connaissance au sujet de la composition du gène est utile en essayant pour comprendre son fonctionnement et comment elle peut être modifiée pour des fins pratiques, comme pour améliorer éventuel la santé.

La génomique structurelle décrit la structure à trois dimensions de chaque protéine qui peut être codée par un génome - en analysant particulièrement des protéines, ceci désigné généralement sous le nom de la protéomique structurelle. L'étude est visée pour étudier la structure du génome entier, en utilisant des techniques expérimentales et de calcul. Tandis que la prévision structurelle traditionnelle se concentre sur la structure d'une protéine particulière en question, la génomique structurelle considère une plus grande échelle en visant à déterminer la structure de chaque protéine constitutive codée par un génome.

Objectifs de génomique structurelle

On l'espère que la connaissance plus considérable de la structure des génomes, et de comparer différents exemples, pourrait mener à la réduction des principes qui régissent la structure génomique générale.

Comme structure des protéines et fonctionnement sont attentivement joints, l'importance de la génomique structurelle en comprenant le fonctionnement des protéines est primordial. La génomique structurelle peut également fournir l'analyse dans les propriétés dynamiques telles que le repliement des protéines et recenser les objectifs possibles qui peuvent être employés pour la découverte de médicaments.

Procédé et techniques

Aux étapes initiales de la génomique structurelle pour un génome particulier, des gènes et les bornes sont affectés à différents chromosomes. Pendant que le plan chromosomique devient plus clair, la profondeur de l'analyse est augmentée pour découvrir plus de petits groupes au sujet de la structure. Éventuellement, la définition de l'analyse atteint un niveau suffisamment pour ordonnancer le gène.

Il y a des techniques variées qui peuvent être employées pour déterminer la structure du génome, qui sont employés souvent en association. Celles-ci peuvent comprendre :

  • Méthodes de novo : chaque cadre de lecture ouvert (ORF) peut être copié et exprimé comme protéine en séquences de génome complet. Les protéines épurées et cristallisées peuvent s'analyser avec la cristallographie ou la résonance magnétique nucléaire de rayon X. Ceci permet la structure de chaque protéine codée par le génome à déterminer.
  • Ab initio modélisant : des informations sur la séquence protéique et les interactions d'acide aminé sont employées pour prévoir la structure 3D des protéines.
  • modélisation basée sur Ordonnancer : compare la séquence du gène de la protéine à d'autres séquences protéiques d'une structure connue. Elle emploie l'homologie de protéine pour produire un modèle pour la structure de la protéine inconnue.
  • Filetage : similitudes d'utilisations dans la modélisation structurelle et se plier de la protéine inconnue avec une protéine d'une structure connue pour modéliser la structure de la protéine neuve.

Partage des découvertes structurelles

La génomique structurelle introduit la capacité de partager toutes les découvertes neuves au sujet des structures des protéines avec d'autres membres de la communauté scientifique immédiatement.

Cependant, plusieurs des structures qui sont publiées ne sont associées à aucun fonctionnement connu. Comme résultat, il n'y a aucun rapport de recherche correspondant sur le sujet actuel à tenir compte de l'établissement sur le travail. Par conséquent, il y a un besoin de communiquer les découvertes neuves au sujet des structures génomiques à d'autres chercheurs de sorte que l'information structurelle puisse être utilisée pour vérifier le fonctionnement de la protéine ou pour soumettre être considéré.

Our partnership with the Structural Genomics Consortium (SGC)

Références

  1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21841/
  2. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2323979/
  3. http://link.springer.com/referenceworkentry/10.1007%2F978-3-642-16712-6_350#page-1
  4. http://smb.slac.stanford.edu/~ash/nsb_genomics/004_burley_overview.pdf

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Last Updated: Feb 26, 2019

Yolanda Smith

Written by

Yolanda Smith

Yolanda graduated with a Bachelor of Pharmacy at the University of South Australia and has experience working in both Australia and Italy. She is passionate about how medicine, diet and lifestyle affect our health and enjoys helping people understand this. In her spare time she loves to explore the world and learn about new cultures and languages.

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