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¿Cuál es genómica estructural?

La genómica estructural es un campo de la genómica que implica la caracterización de las estructuras del genoma. Este conocimiento puede ser útil en la práctica de manipular los genes y los segmentos de la DNA de una especie.

DNA

Como un ejemplo, es importante entender el lugar geométrico de un gen dentro del genoma antes de que sea posible reproducir el gen con éxito. Asimismo, el conocimiento sobre la composición del gen es útil al tentativa para entender su función y cómo puede ser alterado para los propósitos prácticos, por ejemplo para perfeccionar final salud.

La genómica estructural describe la estructura de 3 dimensiones de cada proteína que se puede codificar por un genoma - al específicamente analizar las proteínas, ésta se refiere generalmente como proteomics estructural. El estudio está dirigido para estudiar la estructura del genoma entero, utilizando técnicas experimentales y de cómputo. Mientras que la predicción estructural tradicional se centra en la estructura de una proteína determinada en la pregunta, la genómica estructural considera una escala más grande apuntando determinar la estructura de cada proteína constitutiva codificada por un genoma.

Objetivos de la genómica estructural

Se espera que un conocimiento más extenso de la estructura de genomas, y de comparar diversos ejemplos, podría llevar a la deducción de los principios que regulan la estructura genomic total.

Como proteína la estructura y la función se conectan de cerca, la importancia de la genómica estructural en la comprensión de la función de proteínas es supremas. La genómica estructural puede también ofrecer discernimiento en propiedades dinámicas tales como plegamiento de proteína y determinar los objetivos posibles que se pueden utilizar para el descubrimiento de la droga.

Proceso y técnicas

En los escenarios iniciales de la genómica estructural para un genoma determinado, los genes y los marcadores se destinan a los cromosomas individuales. Mientras que el mapa cromosómico se pone más de manifiesto, la profundidad del análisis se aumenta para destapar a más detalles sobre la estructura. Eventual, la resolución del análisis alcanza un nivel suficiente ordenar el gen.

Hay las diversas técnicas que se pueden utilizar para determinar la estructura del genoma, que son de uso frecuente en la combinación. Éstos pueden incluir:

  • Métodos de De novo: cada marco de lectura abierto (ORF) se puede reproducir y expresar como proteína en series completas del genoma. Las proteínas purificadas y cristalizadas se pueden analizar con cristalografía de la radiografía o de resonancia magnética nuclear. Esto permite la estructura de cada proteína codificada por el genoma que se determinará.
  • Ab initio modelando: la información sobre serie de la proteína y las acciones recíprocas del aminoácido se utiliza para predecir la estructura 3D de proteínas.
  • modelado Ordenar-basado: compara la serie del gen de la proteína con otras series de la proteína de una estructura sabida. Utiliza la homología de la proteína para crear un modelo para la estructura de la proteína desconocida.
  • El filetear: semejanzas de las aplicaciones en el modelado estructural y doblar de la proteína desconocida con una proteína de una estructura sabida para modelar la estructura de la nueva proteína.

Distribución de las conclusión estructurales

La genómica estructural asciende la capacidad de compartir todas las nuevas conclusión sobre las estructuras de la proteína con otras piezas de la comunidad científica inmediatamente.

Sin embargo, muchas de las estructuras se publican que no se asocian a ninguna función sabida. Como consecuencia, no hay trabajos de investigación correspondientes en el tema a mano a tener en cuenta construir sobre el trabajo. Por lo tanto, hay una necesidad de comunicar las nuevas conclusión sobre las estructuras genomic a otros investigadores para poder utilizar la información estructural para investigar la función de la proteína o para sujetar la consideración.

Our partnership with the Structural Genomics Consortium (SGC)

Referencias

  1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21841/
  2. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2323979/
  3. http://link.springer.com/referenceworkentry/10.1007%2F978-3-642-16712-6_350#page-1
  4. http://smb.slac.stanford.edu/~ash/nsb_genomics/004_burley_overview.pdf

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Last Updated: Feb 26, 2019

Yolanda Smith

Written by

Yolanda Smith

Yolanda graduated with a Bachelor of Pharmacy at the University of South Australia and has experience working in both Australia and Italy. She is passionate about how medicine, diet and lifestyle affect our health and enjoys helping people understand this. In her spare time she loves to explore the world and learn about new cultures and languages.

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