visualizzazione del mRNA: Applicazioni nella ricerca

la visualizzazione del mRNA è una tecnica che può identificare le proteine che legano alle regioni specifiche in DNA. Questo metodo presenta parecchi vantaggi sopra altri metodi, come l'lievito--ibrido, l'immunoprecipitazione, la visualizzazione dei fagi ed altre.

Acido ribonucleico del singolo filo, illustrazione di ricerca 3d del RNA. Credito di immagine: nobeastsofierce/Shutterstock
Acido ribonucleico del singolo filo, illustrazione di ricerca 3d del RNA. Credito di immagine: nobeastsofierce/Shutterstock

Evoluzione in vitro delle proteine e degli enzimi artificiali

I metodi per progettare le proteine artificiali in vitro comprendono la progettazione e la selezione razionali di de novo. Affinchè questi metodi riescano, una conoscenza dettagliata dei domini di una proteina ed il modo questo popolare è necessari. Tuttavia, i metodi di evoluzione del laboratorio comprendono isolare le proteine e gli enzimi artificiali dalle librerie delle varianti stabilite.

il metodo della visualizzazione del mRNA può essere selezionato usato ed evolvere le nuovi proteine ed enzimi da una grande libreria delle sequenze potenziali. Un metodo che recentemente è stato proposto è di usare il metodo della visualizzazione del mRNA per selezionare per gli enzimi di Diels-Alderase. Un altro metodo egualmente è stato proposto per impiegare questo metodo per selezionare per le paia novelle del proteina-legante da trascrizione inversa interazione-dipendente. Inoltre, generare gli enzimi su misura per varie reazioni è un altro campo di applicazione potenziale per la visualizzazione del mRNA.

Microarrays diMontaggio della proteina

la tecnica della visualizzazione del mRNA genera le sequenze di fusione della mRNA-proteina, che possono essere usate per l'alta selezione di capacità di lavorazione. Queste sequenze di fusione possono codificare per MYC, HA11, o gli epitopi del FLAG e l'incubazione successiva con i chip del DNA possono piombo all'ibridazione alle regioni complementari. Ciò può piombo al montaggio auto-diretto del chip della proteina. Questi auto-hanno diretto le schiere della proteina possono avere la funzionalità delle proteine che video. Inoltre, sono presenti in un orientamento costante ed il loro limite di segnalazione è risoluzione sotto--attomole.

Generazione delle librerie Non Naturali

I metodi convenzionali per identificare le proteine sono due-ibrido del lievito e visualizzazione dei fagi. Questi due metodi hanno un punto dell'obbligazione in vivo e possono video soltanto l'amminoacido naturale, di cui ci sono 20. Compreso amminoacido gli alfabeti possono aumentare la diversità chimica ed anche migliorare la diversità del legante. L'inclusione degli amminoacidi artificiali può essere fatta durante la traduzione o dopo la traduzione per aumentare la diversità ulteriormente.

Durante la traduzione

Un metodo recente ha indicato che una strategia del tRNA del soppressore può essere usata per includere gli amminoacidi artificiali, compreso il biocytin (un residuo della lisina che biotinylated), per la visualizzazione del mRNA. Dopo il trattamento della selezione, la libreria può essere migliorata per codone ambrato di arresto che contiene le sequenze. Facendo uso di questi metodi può aumentare ed arricchire la diversità della proteina video e questo può ulteriormente migliorare le probabilità di scoperta delle molecole novelle che hanno la migliore specificità, stabilità o reattività.

Metodi di traduzione del paletto

In pochi studi recenti, invii i metodi di traduzione per la visualizzazione del mRNA egualmente sono stati progettati. In uno tale studio, le molecole che sono aumentato l'attività inibitoria di penicillina verso la proteina obbligatoria 2a della penicillina sono state scelte da una libreria che ha contenuto le catene laterali della penicillina del pendente. Questa strategia può essere estendere ad altri piccoli composti della molecola e questa può aumentare la diversità delle librerie della visualizzazione della tecnica della visualizzazione del mRNA.

Scoperta del legante

Avere una più grande libreria delle sequenze potenziali presenta parecchi vantaggi: la più grande libreria può facilitare la scoperta per le più alte molecole di affinità, la maggior diversità attuale delle molecole che hanno simile funzione, il grande numero di sequenze che possono essere recuperate possono più ulteriormente essere analizzate facendo uso di altri metodi quale il metodo della covariazione di sequenza. Questo metodo può essere usato per scoprire i peptidi dell'RNA-associazione, i aptamers del trifosfato di adenosina, i aptamers dello streptavidin e i aptamers di TNF-α tra l'altro.

Facendo uso della visualizzazione del mRNA, più di 100 peptidi obbligatori del RNA sono stati scoperti e questo rappresenta uno della prova funzionale importante del metodo della visualizzazione del mRNA. I aptamers del trifosfato di adenosina erano possibilmente le prime proteine che limitano al trifosfato di adenosina. In uno studio, è stato determinato che nel 1012 le molecole una nella libreria del mRNA hanno abilità dell'Trifosfato di adenosina-associazione.

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Last Updated: Nov 27, 2018

Dr. Surat P

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Dr. Surat P

Dr. Surat graduated with a Ph.D. in Cell Biology and Mechanobiology from the Tata Institute of Fundamental Research (Mumbai, India) in 2016. Prior to her Ph.D., Surat studied for a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Zoology, during which she was the recipient of an Indian Academy of Sciences Summer Fellowship to study the proteins involved in AIDs. She produces feature articles on a wide range of topics, such as medical ethics, data manipulation, pseudoscience and superstition, education, and human evolution. She is passionate about science communication and writes articles covering all areas of the life sciences.  

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