o indicador do mRNA é uma técnica que possa identificar as proteínas que ligam às regiões específicas no ADN. Este método tem diversas vantagens sobre outros métodos, tais como o fermento-à-híbrido, a imunoprecipitação, o indicador do fago e o outro.
Ácido ribonucléico de única costa, ilustração da pesquisa 3d do RNA. Crédito de imagem: nobeastsofierce/Shutterstock
In vitro evolução de proteínas e de enzimas artificiais
Os métodos para projectar proteínas artificiais incluem in vitro o projecto e a selecção racionais de novo. Para que estes métodos sucedam, um conhecimento detalhado dos domínios de uma proteína e a maneira esta dobra são necessários. Contudo, os métodos da evolução do laboratório envolvem isolar proteínas e enzimas artificiais das bibliotecas de variações estabelecidas.
o método do indicador do mRNA pode ser seleto usado e evoluir proteínas e enzimas novas de uma grande biblioteca de seqüências potenciais. Um método que tem sido propor recentemente é usar o método do indicador do mRNA para seleccionar para enzimas de Diels-Alderase. Um outro método foi propor igualmente empregar este método para seleccionar para pares novos da proteína-ligante pela transcrição reversa interacção-dependente. Também, gerar enzimas específicas para várias reacções é uma outra área potencial do pedido para o indicador do mRNA.
Microarrays deMontagem da proteína
a técnica do indicador do mRNA gera as seqüências da fusão da mRNA-proteína, que podem ser usadas para a selecção alta da produção. Estas seqüências da fusão podem codificar para MYC, HA11, ou os resumos da BANDEIRA e a incubação subseqüente com microplaquetas do ADN podem conduzir à hibridação às regiões complementares. Isto pode conduzir ao conjunto auto-dirigido da microplaqueta da proteína. Estes auto-dirigiram disposições da proteína podem ter a funcionalidade das proteínas que são indicadas. Também, estam presente em uma orientação uniforme e seu limite de detecção é definição secundária-attomole.
Gerando bibliotecas Não-Naturais
Os métodos convencionais para identificar proteínas são dois-híbrido do fermento e indicador do fago. Estes dois métodos têm uma etapa da obrigação in vivo e podem somente indicar o ácido aminado natural, de que há 20. Incluir os alfabetos do ácido aminado pode aumentar a diversidade química e igualmente melhorar a diversidade da ligante. A inclusão de ácidos aminados não naturais pode ser feita durante a tradução ou após a tradução para aumentar mais a diversidade.
Durante a tradução
Um método recente mostrou que uma estratégia do tRNA do supressor pode ser usada para incluir os ácidos aminados não naturais, incluindo o biocytin (um resíduo da lisina que biotinylated), para o indicador do mRNA. Após o processo de selecção, a biblioteca pode ser aumentada para o codon de parada ambarino que contem seqüências. Usar estes métodos pode aumentar e enriquecer a diversidade da proteína indicada, e esta pode mais melhorar as possibilidades de descobrir as moléculas novas que têm a melhor especificidade, estabilidade ou reactividade.
Métodos Translational do cargo
Em poucos estudos recentes, afixe métodos translational para o indicador do mRNA foram projectados igualmente. Em um tal estudo, as moléculas que aumentaram a actividade inibitório da penicilina para a proteína obrigatória 2a da penicilina foram seleccionadas de uma biblioteca que contivesse correntes laterais da penicilina do pendente. Esta estratégia pode ser estendida a outros compostos pequenos da molécula e esta pode aumentar a diversidade de bibliotecas do indicador da técnica do indicador do mRNA.
Descoberta da ligante
Ter uma biblioteca maior de seqüências potenciais tem diversas vantagens: a biblioteca maior pode facilitar a descoberta para umas moléculas mais altas da afinidade, maior diversidade actual das moléculas que têm a função similar, o grande número de seqüências que podem ser recuperadas podem mais ser analisadas usando outros métodos tais como o método da co-variação da seqüência. Este método pode ser usado para descobrir entre outros peptides RNA-obrigatórios, aptamers do ATP, aptamers do streptavidin, e aptamers de TNF-α.
Usando o indicador do mRNA, mais de 100 peptides obrigatórios do RNA foram descobertos, e este representa um do teste funcional importante do método do indicador do mRNA. Os aptamers do ATP eram possivelmente as primeiras proteínas que limitam ao ATP. Em um estudo, determinou-se que em 1012 as moléculas uma na biblioteca do mRNA têm a capacidade ATP-obrigatória.
Fontes
[Leitura adicional: RNA de mensageiro (mRNA)]