indicador do mRNA: Aplicações na pesquisa

o indicador do mRNA é uma técnica que possa identificar as proteínas que ligam às regiões específicas no ADN. Este método tem diversas vantagens sobre outros métodos, tais como o fermento-à-híbrido, a imunoprecipitação, o indicador do fago e o outro.

Ácido ribonucléico de única costa, ilustração da pesquisa 3d do RNA. Crédito de imagem: nobeastsofierce/Shutterstock
Ácido ribonucléico de única costa, ilustração da pesquisa 3d do RNA. Crédito de imagem: nobeastsofierce/Shutterstock

In vitro evolução de proteínas e de enzimas artificiais

Os métodos para projectar proteínas artificiais incluem in vitro o projecto e a selecção racionais de novo. Para que estes métodos sucedam, um conhecimento detalhado dos domínios de uma proteína e a maneira esta dobra são necessários. Contudo, os métodos da evolução do laboratório envolvem isolar proteínas e enzimas artificiais das bibliotecas de variações estabelecidas.

o método do indicador do mRNA pode ser seleto usado e evoluir proteínas e enzimas novas de uma grande biblioteca de seqüências potenciais. Um método que tem sido propor recentemente é usar o método do indicador do mRNA para seleccionar para enzimas de Diels-Alderase. Um outro método foi propor igualmente empregar este método para seleccionar para pares novos da proteína-ligante pela transcrição reversa interacção-dependente. Também, gerar enzimas específicas para várias reacções é uma outra área potencial do pedido para o indicador do mRNA.

Microarrays deMontagem da proteína

a técnica do indicador do mRNA gera as seqüências da fusão da mRNA-proteína, que podem ser usadas para a selecção alta da produção. Estas seqüências da fusão podem codificar para MYC, HA11, ou os resumos da BANDEIRA e a incubação subseqüente com microplaquetas do ADN podem conduzir à hibridação às regiões complementares. Isto pode conduzir ao conjunto auto-dirigido da microplaqueta da proteína. Estes auto-dirigiram disposições da proteína podem ter a funcionalidade das proteínas que são indicadas. Também, estam presente em uma orientação uniforme e seu limite de detecção é definição secundária-attomole.

Gerando bibliotecas Não-Naturais

Os métodos convencionais para identificar proteínas são dois-híbrido do fermento e indicador do fago. Estes dois métodos têm uma etapa da obrigação in vivo e podem somente indicar o ácido aminado natural, de que há 20. Incluir os alfabetos do ácido aminado pode aumentar a diversidade química e igualmente melhorar a diversidade da ligante. A inclusão de ácidos aminados não naturais pode ser feita durante a tradução ou após a tradução para aumentar mais a diversidade.

Durante a tradução

Um método recente mostrou que uma estratégia do tRNA do supressor pode ser usada para incluir os ácidos aminados não naturais, incluindo o biocytin (um resíduo da lisina que biotinylated), para o indicador do mRNA. Após o processo de selecção, a biblioteca pode ser aumentada para o codon de parada ambarino que contem seqüências. Usar estes métodos pode aumentar e enriquecer a diversidade da proteína indicada, e esta pode mais melhorar as possibilidades de descobrir as moléculas novas que têm a melhor especificidade, estabilidade ou reactividade.

Métodos Translational do cargo

Em poucos estudos recentes, afixe métodos translational para o indicador do mRNA foram projectados igualmente. Em um tal estudo, as moléculas que aumentaram a actividade inibitório da penicilina para a proteína obrigatória 2a da penicilina foram seleccionadas de uma biblioteca que contivesse correntes laterais da penicilina do pendente. Esta estratégia pode ser estendida a outros compostos pequenos da molécula e esta pode aumentar a diversidade de bibliotecas do indicador da técnica do indicador do mRNA.

Descoberta da ligante

Ter uma biblioteca maior de seqüências potenciais tem diversas vantagens: a biblioteca maior pode facilitar a descoberta para umas moléculas mais altas da afinidade, maior diversidade actual das moléculas que têm a função similar, o grande número de seqüências que podem ser recuperadas podem mais ser analisadas usando outros métodos tais como o método da co-variação da seqüência. Este método pode ser usado para descobrir entre outros peptides RNA-obrigatórios, aptamers do ATP, aptamers do streptavidin, e aptamers de TNF-α.

Usando o indicador do mRNA, mais de 100 peptides obrigatórios do RNA foram descobertos, e este representa um do teste funcional importante do método do indicador do mRNA. Os aptamers do ATP eram possivelmente as primeiras proteínas que limitam ao ATP. Em um estudo, determinou-se que em 1012 as moléculas uma na biblioteca do mRNA têm a capacidade ATP-obrigatória.

Fontes

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Last Updated: Nov 27, 2018

Dr. Surat P

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Dr. Surat P

Dr. Surat graduated with a Ph.D. in Cell Biology and Mechanobiology from the Tata Institute of Fundamental Research (Mumbai, India) in 2016. Prior to her Ph.D., Surat studied for a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Zoology, during which she was the recipient of an Indian Academy of Sciences Summer Fellowship to study the proteins involved in AIDs. She produces feature articles on a wide range of topics, such as medical ethics, data manipulation, pseudoscience and superstition, education, and human evolution. She is passionate about science communication and writes articles covering all areas of the life sciences.  

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