Les aides de Logiciel gratuit capturent les signatures moléculaires des cellules

Un module neuf, de logiciel gratuit développé par l'Institut Grand du MIT et Harvard le rend plus facile et plus rapide pour que les scientifiques capturent les signatures moléculaires des cellules dans une condition particulière--l'information qui est essentielle au diagnostic et au pronostic de la maladie.

Presque toutes les cellules dans un organisme ont les mêmes gènes, mais ces gènes sont exprimés différemment sous différentes conditions telles que le type et le stade de développement de tissu. Les Technologies développées au cours des 10 à 15 dernières années ont permis à des scientifiques de mesurer les niveaux d'expression de tous les gènes dans une cellule pendant une expérience unique, donnant un profil ou une signature moléculaire de la cellule.

Le logiciel neuf, GenePattern aboubé, permet à des chercheurs d'analyser mieux--et part--les données copieuses résultant de ces expériences. Notamment, elle peut être employée pour effectuer des expériences d'analyse de l'expression des gènes, des analyses de dossier et de rejeu, et des outils faits sur commande d'utilisation de beaucoup de différentes sources de logiciel dans une surface adjacente unique.

GenePattern adresse plusieurs sauts faisant face à la recherche biomédicale, en particulier le besoin d'outils interopérables qui laissent des chercheurs permuter des méthodes et des données de chacun. Les Chercheurs peuvent utiliser GenePattern par une interface utilisateur simple ou un langage de script puissant. Les biologistes De Calcul peuvent ajouter un module de logiciel écrit en n'importe quel langage.

« GenePattern est un pas important vers l'avant, » a dit Professeur George M. Church de Faculté de Médecine de Harvard, de la Division Harvard-MIT des Sciences et Technologies de Santé, et des MITS De Calcul et d'Initiative de Biologie de Systèmes. « Elle est beaucoup plus flexible [que d'autres programmes de son type] et tient compte d'une large gamme d'analyses. Supplémentaire, elle permet à des analyses d'être exécutées d'une voie qu'elles peuvent être reproduites. Je ne peux pas exagérer combien important que soit. »

Parmi ses caractéristiques techniques, GenePattern peut être utilisé comme application autonome sur un ordinateur portable, ou il peut tirer profit de l'alimentation électrique plus grande d'une installation de serveur d'usager. Il est empaqueté avec une bibliothèque de noyau des modules analytiques et de visualisation. Des modules Neufs sont fréquemment relâchés pour le téléchargement du site Web de GenePattern.

Les « Chercheurs ont souvent des problèmes essayer de reproduire le travail que d'autres ont publié parce que le procédé publiant omet souvent des phases nécessaires, » ont dit Pablo Tamayo, biologiste de calcul supérieur et gestionnaire de l'informatique génomique de cancer à l'Institut Grand. « GenePattern permet à des utilisateurs de produire et partager les scripts qui reproduiront une analyse au niveau de précision que les chercheurs exigent. »

Dans un avenir proche, les scientifiques Grands planification pour intégrer les modules supplémentaires dans le module qui étendra l'étendue de GenePattern dans l'analyse de séquences, la protéomique et les méthodes metabolomic.

D'Autres membres de l'équipe de développement de GenePattern incluent Josh Gould, Charlotte Henson, JIM Lerner, Ted Liefeld, Stefano Monti, Ohm de Keith, Ken Ross et Aravind Subramanian. Le travail a été supporté par l'Institut National du Cancer par une concession de la Science de l'Information et de l'Initiative Biomédicales de Technologie des Instituts de la Santé Nationaux.

GenePattern peut être téléchargé chez http://www.broad.mit.edu/cancer/software/genepattern.