Le guide del Software libero catturano le impronte molecolari delle celle

Pacchetto del software libero, un nuovi sviluppato dal Vasto Istituto del MIT e Harvard lo rende più facile e più veloce affinchè gli scienziati catturino le impronte molecolari delle celle in uno stato particolare--informazioni che sono determinanti per la diagnosi e la prognosi di malattia.

Quasi tutte le celle in un organismo hanno gli stessi geni, ma quei geni sono espressi diversamente in termini vari quali il tipo del tessuto e la fase inerente allo sviluppo. Le Tecnologie sviluppate durante gli ultimi 10 - 15 anni hanno permesso agli scienziati di misurare i livelli di espressione di tutti i geni in una cella durante il singolo esperimento, dando un profilo o un'impronta molecolare della cella.

Il nuovo software, GenePattern definito, permette che i ricercatori analizzino meglio--e condivisione--i dati copiosi derivando da questi esperimenti. Tra l'altro, può essere usata per eseguire gli esperimenti su ordinazione dell'analisi di espressione genica, per registrare e ripetere le analisi e per utilizzare gli strumenti da molte sorgenti differenti del software all'interno di singola interfaccia.

GenePattern indirizza parecchie transenne che affrontano la ricerca biomedica, specialmente l'esigenza degli strumenti interoperabili che lasciano i ricercatori scambiare i metodi l'un l'altro ed i dati. I Ricercatori possono usare GenePattern con un'interfaccia utente semplice o un linguaggio di scripting potente. I biologi Di Calcolo possono aggiungere un modulo di software scritto in tutto il linguaggio.

“GenePattern è un passo avanti significativo,„ ha detto il Professor George M. Church della Facoltà di Medicina di Harvard, della Divisione Harvard-MIT delle Scienze e Tecnologie di Salubrità e dei MIT Di Calcolo e dell'Iniziativa di Biologia di Sistemi. “È molto più flessibile [che altri programmi del suo tipo] e tiene conto una vasta gamma di analisi. Ulteriormente, permette alle analisi di essere eseguita in un modo che possono essere ripiegate. Non posso esagerare quanto importante che è.„

Fra le sue funzionalità, GenePattern può essere usato come applicazione autonoma su un computer portatile, o può approfittare di maggior potenza di un impianto del server client. È imballato con una libreria di memoria dei moduli di visualizzazione ed analitici. I Nuovi moduli sono rilasciati frequentemente per il download dal sito Web di GenePattern.

“I Ricercatori hanno spesso problemi provare a riprodurre l'opera che altri hanno pubblicato perché il trattamento di pubblicazione omette spesso i punti necessari,„ hanno detto Pablo Tamayo, biologo di calcolo senior e gestore dell'informatica di genomica del cancro al Vasto Istituto. “GenePattern permette che gli utenti crino e dividano gli script che riprodurranno un'analisi al livello di dettaglio che i ricercatori richiedono.„

Nell'immediato futuro, i Vasti scienziati pianificazione integrare i moduli supplementari nel pacchetto che estenderà la portata di GenePattern nell'analisi di sequenza, nel proteomics e nei metodi metabolomic.

Altri membri del gruppo di sviluppo di GenePattern includono Josh Gould, Charlotte Henson, JIM Lerner, Ted Liefeld, Stefano Monti, Ohm di Keith, KEN Ross e Aravind Subramanian. Il lavoro è stato supportato dall'Istituto Nazionale contro il Cancro con una concessione dall'Iniziativa Biomedica di Scienza e Tecnologia di Informazioni degli Istituti della Sanità Nazionali.

GenePattern può essere scaricato a http://www.broad.mit.edu/cancer/software/genepattern.