As ajudas do software Livre capturam as assinaturas moleculars das pilhas

Um pacote de software novo, livre desenvolvido pelo Instituto Largo do MIT e um Harvard fazem mais fácil e mais rápido para que os cientistas capturem as assinaturas moleculars das pilhas em um estado particular--informação que é crucial ao diagnóstico e ao prognóstico da doença.

Quase todas as pilhas em um organismo têm os mesmos genes, mas aqueles genes são expressados diferentemente sob condições diferentes tais como o tipo do tecido e a fase desenvolvente. As Tecnologias desenvolvidas durante os últimos 10 a 15 anos permitiram cientistas de medir os níveis da expressão de todos os genes em uma pilha durante uma única experiência, dando um perfil ou uma assinatura molecular da pilha.

O software novo, GenePattern dublado, permite que os pesquisadores analisem melhor--e parte--os dados copiosos resultando destas experiências. Entre outras coisas, pode ser usada para executar experiências da análise da expressão genética, análises do registro e da repetição, e ferramentas feitas sob encomenda do uso de muitas fontes diferentes do software dentro de uma única relação.

GenePattern endereça diversos obstáculos que enfrentam a pesquisa biomedicável, particularmente a necessidade para as ferramentas interoperáveis que deixam pesquisadores trocar métodos de cada um e dados. Os Pesquisadores podem usar GenePattern com uma interface de utilizador simples ou uma língua scripting poderosa. Os biólogos Computacionais podem adicionar um módulo de software escrito em toda a língua.

“GenePattern é uma etapa significativa para a frente,” disse o Professor George M. Igreja da Faculdade de Medicina de Harvard, da Divisão Harvard-MIT de Ciências e de Tecnologia da Saúde, e dos MIT Computacionais e da Iniciativa da Biologia de Sistemas. “É muito mais flexível [do que outros programas de seu tipo] e permite uma escala larga das análises. Adicionalmente, permite análises de ser executada em uma maneira que podem ser replicated. Eu não posso exagerar como importante que é.”

Entre suas características, GenePattern pode ser usado como uma aplicação autônoma em um portátil, ou pode aproveitar-se da potência maior de uma instalação do servidor cliente. É empacotado com uma biblioteca do núcleo dos módulos analíticos e do visualização. Os módulos Novos são liberados freqüentemente para a transferência do Web site de GenePattern.

Os “Pesquisadores têm frequentemente problemas tentar reproduzir o trabalho que outro publicaram porque o processo de publicação deixa frequentemente para fora etapas necessárias,” disseram Pablo Tamayo, biólogo computacional superior e gerente da informática da genómica do cancro no Instituto Largo. “GenePattern permite que os usuários criem e compartilhem dos scripts que reproduzirão uma análise a nível de detalhe que os pesquisadores exigem.”

Em um futuro próximo, os cientistas Largos planeiam integrar os módulos adicionais no pacote que estenderá o espaço de GenePattern na análise da seqüência, no proteomics e em métodos metabolomic.

Outros membros da equipe de revelação de GenePattern incluem Josh Gould, Charlotte Henson, Jim Lerner, Ted Liefeld, Stefano Monti, Ohm de Keith, Ken Ross e Aravind Subramanian. O trabalho foi apoiado pelo Instituto Nacional para o Cancro com uma concessão da Ciência da Informação e da Iniciativa Biomedicáveis da Tecnologia dos Institutos de Saúde Nacionais.

GenePattern pode ser transferido em http://www.broad.mit.edu/cancer/software/genepattern.