Las ayudas del software Libre capturan las firmas moleculares de células

Un paquete de nuevo, libre programas informáticos desarrollado por el Instituto Amplio del MIT y una Harvard hace más fácil y más rápido para que los científicos capturen las firmas moleculares de células en un estado determinado--información que es crucial a la diagnosis y al pronóstico de la enfermedad.

Casi todas las células en un organismo tienen los mismos genes, pero esos genes se expresan diferentemente bajo diversas condiciones tales como tipo del tejido y escenario de desarrollo. Las Tecnologías desarrolladas durante los 10 a 15 años pasados han permitido a científicos medir los niveles de la expresión de todos los genes en una célula durante un único experimento, dando un perfil o una firma molecular de la célula.

El nuevo software, GenePattern aparado, permite que los investigadores analicen mejor--y parte--los datos copiosos resultando de estos experimentos. Entre otras cosas, puede ser utilizada para realizar experimentos del análisis de la expresión génica, los análisis del archivo y de la respuesta, y las herramientas de encargo del uso de muchas diversas fuentes del software dentro de un único interfaz.

GenePattern dirige varios obstáculos que hacen frente a la investigación biomédica, determinado la necesidad de las herramientas interoperables que permiten a investigadores intercambiar métodos uno del otro y datos. Los Investigadores pueden utilizar GenePattern con una interfaz de usuario simple o un lenguaje scripting potente. Los biólogos De Cómputo pueden agregar un módulo de programación escrito en cualquier lenguaje.

“GenePattern es un paso de progresión importante hacia adelante,” dijo a Profesor George M. Church de la Facultad de Medicina de Harvard, de la División Harvard-MIT de Ciencias y de Tecnología de la Salud, y de los MIT De Cómputo y de la Iniciativa de la Biología de Sistemas. “Es mucho más flexible [que otros programas de su tipo] y permite una amplia gama de análisis. Además, permite a análisis ser realizada en una manera que pueden ser replegados. No puedo exagerar cómo es importante que sea.”

Entre sus características, GenePattern se puede utilizar como aplicación independiente en una computadora portátil, o puede aprovecharse de la mayor potencia de una instalación del servidor de cliente. Se empaqueta con una biblioteca de la base de los módulos analíticos y de la visualización. Los Nuevos módulos release/versión con frecuencia para la transferencia directa del Web site de GenePattern.

Los “Investigadores tienen a menudo problemas el intentar reproducir el trabajo que otros han publicado porque el proceso que publica deja a menudo fuera pasos de progresión necesarios,” dijeron a Pablo Tamayo, biólogo de cómputo mayor y gerente de la informática de la genómica del cáncer en el Instituto Amplio. “GenePattern permite que los utilizadores creen y que compartan los scripts que reproducirán un análisis en el nivel de detalle que los investigadores requieren.”

En un futuro próximo, los científicos Amplios proyectan integrar los módulos adicionales en el conjunto que prolongará la extensión de GenePattern en análisis de la serie, proteomics y métodos metabolomic.

Otras piezas de las personas de revelado de GenePattern incluyen Josh Gould, Charlotte Henson, Jim Lerner, Ted Liefeld, Stefano Monti, Ohmio de Keith, Ken Ross y Aravind Subramanian. El trabajo fue utilizado por el Instituto Nacional del Cáncer con una concesión de la Iniciativa Biomédica de las Ciencias y de la Tecnología de la Información de los Institutos de la Salud Nacionales.

GenePattern se puede descargar en http://www.broad.mit.edu/cancer/software/genepattern.