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Alignement de Chromatine une technologie neuve pour examiner l'ADN

Une technique neuve pour examiner l'ADN donne à des scientifiques une image plus détaillée dont les gènes ont la propension pour le lancement, offrant un outil neuf pour comprendre comment les gènes fonctionnent et probablement pour diagnostiquer la maladie.

La technologie, appelée un alignement de chromatine, a été développée par des chercheurs au Centre Médical Du Sud-ouest d'UT à Dallas et est décrite dans la question de Juillet de la Recherche de Génome de tourillon.

ADN, qui contient les directives génétiques a dû effectuer un être humain ou n'importe quelle autre forme de durée de vie, est une longue molécule qui est fortement rendue compacte à un noyau des cellules. Les pièces Variées d'ADN sont continuellement comprimées et augmentées comme les plis d'un accordéon car une cellule répond à ses besoins changeants.

Quand l'ADN détend, ou augmente, les facteurs appelés de transcription de protéines accèdent à code génétique « affiché » ses directives pour effectuer à une molécule RNA appelé, qui effectue consécutivement d'autres protéines qui effectuent les rôles essentiels de la durée de vie, à partir de la réaction immunitaire et contraction musculaire au règlement de cholestérol et d'hormone.

Quand l'ADN est hautement rendu compact, comme un accordéon fermé, il n'est pas comme accessible aux protéines de transcription, et ne peut pas préparer l'ARN, n'a pas indiqué le Grenier de « Saut » de M. Harold, professeur des biochimies et de la médecine interne à l'auteur Du Sud-ouest et supérieur d'UT de l'étude.

Utilisant l'alignement de chromatine, les chercheurs Du Sud-ouest d'UT peuvent trouver la compacité relative de plusieurs extensions d'ADN à la fois avec très de haute résolution, leur permettant de déterminer quels gènes ont la propension pour préparer l'ARN. Ils ont trouvé cela pour beaucoup de gènes, mais pas tout, plus l'ADN est ouvert, plus l'ARN est produit.

« Les gènes intéressants sont ceux qui ne se comportent pas que de cette façon, » M. Garner a dit.

Exact quels tassement de contrôles et extension d'ADN est toujours sous la discussion scientifique. Dans leur prochain ensemble d'expériences, M. Garner et son équipe appliqueront les médicaments variés - comme ceux utilisés dans le traitement du cancer - aux cellules afin de comprendre si et comment ces médicaments affectent le tassement d'ADN. De Telles études pourraient mener aux traitements visés lançant les gènes avantageux, ou arrêtant les défectueux.

Les chercheurs également vérifieront si certaines conditions de tassement et d'extension pourraient être indicatives du cancer ou d'autres maladies.

« Notre étude actuelle décrit la technologie de plate-forme nécessaire pour essayer de comprendre de plus grandes questions, » M. Garner a dit. « La prochaine phase concernera employer la technique pour regarder différentes cellules de types de cancer pour voir si ce type d'analyse pourrait être un outil de diagnostic. »

D'Autres techniques ont pour être employées pour examiner la compacité de l'ADN, mais seulement un petit morceau d'ADN à la fois, a indiqué Ryan Weil, un étudiant de troisième cycle Du Sud-ouest de biophysique d'UT et l'auteur important de l'étude. « Un des avantages de notre alignement est qu'il trie par un bon nombre de pièces d'ADN et nous fournit des informations sur chaque segment d'un seul trait. »

Actuel, les scientifiques déterminent quels gènes sont allumés, ou exprimé, en cellule en extrayant l'ARN et en mesurant quelle quantité de lui est produit pour chaque gène. Une puce ADN d'ARN, ou la « puce de gène, » est l'équipement standard utilisé pour mesurer des niveaux d'expression d'ARN.

« Seulement une petite part de gènes préparent le suffisamment d'ARN à trouver avec des puces ADN d'ARN, » a dit M. Garner. « Plusieurs des gènes qui effectuent des quantités très petites de l'ARN sont néanmoins très importants, mais elles tombent ci-dessous le seuil du dépistage pour des techniques actuelles. »

La technique Du Sud-ouest d'UT permet à des chercheurs d'étudier les gènes qui n'étaient pas précédemment accessibles parce qu'il n'y avait pas assez d'ARN pour effectuer une mesure de leur activité.

« Nous pouvons obtenir l'information sur un numéro beaucoup plus grand des gènes, et si ou non il est dans une condition dans laquelle ils peuvent préparer l'ARN, utilisant cette technique qu'à l'aide des puces ADN traditionnelles d'ARN, » M. Garner a dit. « Cette technologie peut nous indiquer non seulement, que l'ADN pour un gène donné soit présent ou pas, mais également s'il est rendu compact ou augmenté et préparez pour cette raison pour préparer l'ARN. »

M. Weil a dit, « Nous pouvons dire pas simplement quelles cellules font maintenant, mais ce qu'elles pourraient faire à l'avenir. »

http://www.swmed.edu/