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Laboratoires de recherche japonais pour utiliser un superordinateur d'IBM pour la recherche de protéine

IBM a annoncé aujourd'hui cet AIST, un principal laboratoire de recherche japonais, utilisera un superordinateur d'IBM BlueGene/L pour avancer leur recherche en protéines, découvertes potentiellement de accélération dans le modèle de médicament. Le superordinateur de BlueGene/L a été classé comme superordinateur quatrième plus grand dans le monde.

Le centre de recherche de bio-informatique (CBRC) de l'institut national de la science et technologie industrielle avancée (AIST) emploiera le pouvoir de calcul extrême de BlueGene/L de prévoir mieux les structures des protéines à trois dimensions, clavette à comprendre comment les médicaments agissent l'un sur l'autre avec les maladies. La recherche d'IBM et les AIST explorent également des endroits possibles pour la recherche commune utilisant IBM de logiciel d'application a particulièrement conçu pour aborder des simulations de protéine sur BlueGene/L.

A compté être monté en février 2005, le système de BlueGene/L se composera de quatre crémaillères, avec une vitesse de traitement maximale de 22,8 calculs trillion par seconde, ou de 22,8 teraflops. Le superordinateur de BlueGene/L sera 24 fois plus puissant et emploiera une fraction de la surface au sol comparée aux systèmes informatiques actuels du CBRC. BlueGene/L absorbe tout au plus le 1/10th le pouvoir selon le calcul et 1/16th la surface au sol des systèmes du pouvoir comparable de calcul a trouvé sur la liste 500 principale de la plupart des superordinateurs puissants.

« Un de nos plus grands défis de recherches est d'appliquer des caractéristiques obtenues à partir du génome se traduisant au bureau d'études de protéine et au modèle de médicament. L'écaille de la simulation que ceci exige ne peut pas être faite sans aide des superordinateurs, » a dit M. Yutaka Akiyama, directeur, le centre de recherche de bio-informatique, AIST. « Le superordinateur du BlueGene/L d'IBM nous fournit un moyen massif de superinformatique qui accélérera spectaculaire notre travail. »

Les scientifiques d'AIST développent des techniques de parallèle et d'informatique distribuée pour résoudre des problèmes de grande puissance informatiques et de recherche en bio-informatique. L'équipe produit également des applications informatiques de haute performance pour la simulation moléculaire, l'analyse de spectrométrie de masse, et la simulation de cellules.

« Du début, l'engagement d'IBM à développer les superordinateurs les plus puissants et les plus flexibles au monde a compris une orientation sur aborder les défis importants en sciences de la vie, » a dit William Pulleyblank, directeur des systèmes hôte exploratoires, recherche d'IBM. Le « dévouement d'AIST à la recherche en matière avancée des sciences de la vie est l'opportunité parfaite de combiner le superordinateur le plus avancé du monde avec de principales institutions de recherche pour attaquer un défi scientifique important. »

S'il étaient montés aujourd'hui, ce superordinateur classerait troisième dans le monde sur la liste des 500 superordinateurs principaux annoncés en juin 2004. Deux superordinateurs tôt du prototype BlueGene/L ont été classés comme quatrièmes et huitième - plus grands superordinateurs au monde en juin (http://www.top500.org/list/2004/06/). Ces systèmes exploitent les compilateurs avancés basés sur l'architecture du pouvoir d'IBM. Plus tôt cette année, IBM a annoncé partout son initiative de pouvoir, conçu pour rendre ceci la même architecture de pouvoir d'IBM plus largement - procurable pour tout de l'électronique grand public aux superordinateurs.

Le gène bleu est un projet de superinformatique d'IBM qui produit une famille neuve des superordinateurs optimisés pour que la largeur de bande, l'évolutivité et la capacité traite un grand nombre de caractéristiques tout en absorbant une fraction du pouvoir et de la surface au sol exigés par les systèmes les plus rapides d'aujourd'hui. Le gouvernement s'attend à ce que le projet lancé en 1999 de la division de la recherche d'IBM et soit mondial utilisé et les chercheurs ainsi que les entreprises d'université pour aborder les défis les plus avancés dans plusieurs domaines très différents, y compris la recherche génomique, le modèle automobile, le financement, la prévision météorologique et la dynamique des fluides. Le laboratoire national d'Argonne aux USA et l'ASTRON, un principal organisme astronomique néerlandais, montera également des superordinateurs de BlueGene/L en 2005 pour aborder de seuls défis scientifiques.