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Laboratorio di ricerca giapponese per utilizzare un supercomputer di IBM per ricerca della proteina

IBM ha annunciato oggi quel AIST, un laboratorio di ricerca giapponese principale, utilizzerà un supercomputer di IBM BlueGene/L per avanzare la loro ricerca in proteine, le innovazioni potenzialmente acceleranti nella progettazione della droga. Il supercomputer di BlueGene/L è stato allineato come il supercomputer quarto maggiore nel mondo.

Il centro di ricerca di calcolo di biologia (CBRC) dell'istituto nazionale di scienza e tecnologia industriale avanzata (AIST) userà la potenza di calcolo estrema di BlueGene/L predire meglio le strutture 3-D della proteina, tasto a capire come le droghe interagiscono con le malattie. IBM ricerca e AIST egualmente stanno esplorando le aree possibili per la ricerca congiunta facendo uso del software applicativo IBM specificamente hanno progettato per affrontare le simulazioni della proteina su BlueGene/L.

Ha pensato essere installato nel febbraio 2005, il sistema di BlueGene/L consisterà di quattro scaffali, con velocità di punta di trattamento di 22,8 calcoli trilione al secondo, o di 22,8 teraflops. Il supercomputer di BlueGene/L sarà 24 volte più potente ed userà una frazione dell'ingombro a pavimento confrontato ai sistemi informatici correnti del CBRC. BlueGene/L consuma al massimo il 1/10th la potenza per calcolo e 1/16th l'ingombro a pavimento dei sistemi di potenza comparabile di calcolo ha trovato sulla lista principale 500 della maggior parte dei supercomputer potenti.

“Una delle nostre più grandi sfide della ricerca è di applicare i dati ottenuti dal genoma che decodifica ad assistenza tecnica della proteina ed a progettazione della droga. Il disgaggio di simulazione che questo richiede non può essere fatto a meno della guida dei supercomputer,„ ha detto il Dott. Yutaka Akiyama, Direttore, il centro di ricerca di calcolo di biologia, AIST. “Il supercomputer del BlueGene/L di IBM ci fornisce una risorsa massiccia di supercomputing che accelererà drammaticamente il nostro lavoro.„

Gli scienziati di AIST stanno sviluppando le tecniche di calcolo distribuito e di parallela per la soluzione dei problemi su grande scala di ricerca e dell'elaborazione dei dati in bioinformatica. Il gruppo egualmente sta creando le applicazioni informatiche di rendimento elevato per simulazione, l'analisi di spettrometria di massa e la simulazione molecolari delle cellule.

“Dall'inizio, l'impegno di IBM a sviluppare i supercomputer più potenti e più flessibili nel mondo ha compreso un fuoco sull'affrontare le più grandi sfide nelle scienze biologiche,„ ha detto William Pulleyblank, Direttore dei sistemi esplorativi del " server ", IBM ricercano. “La dedica di AIST alla ricerca avanzata di scienze biologiche è l'opportunità perfetta di combinare il supercomputer più avanzato del mondo con un centro di ricerca principale per attaccare una sfida scientifica importante.„

Se fosse installata oggi, questo supercomputer si allineerebbe terzo nel mondo sulla lista dei 500 supercomputer principali annunciati nel giugno 2004. Due supercomputer in anticipo del prototipo BlueGene/L sono stati allineati come i quarti ed ottavi - più grandi supercomputer nel mondo a giugno (http://www.top500.org/list/2004/06/). Questi sistemi sfruttano le aziende di trasformazione avanzate basate sull'architettura della potenza di IBM. All'inizio di quest'anno, IBM ha annunciato la sua iniziativa di potenza dappertutto, progettato per rendere questo lo stesso IBM alimenti l'architettura più ampiamente - disponibile per tutto da prodotti elettronici di consumo ai supercomputer.

Il gene blu è un progetto di supercomputing di IBM che sta creando una nuova famiglia dei supercomputer ottimizzati affinchè la larghezza di banda, la scalabilità e la capacità tratti un gran numero di dati mentre consumava una frazione della potenza e dell'ingombro a pavimento richiesti dagli odierni sistemi più veloci. Il progetto prodotto nel 1999 nella divisione di ricerca di IBM e si pensa che usi universalmente dal governo e ricercatori come pure commerci dell'università per affrontare le sfide più avanzate in parecchi campi molto differenti, compreso la ricerca genomica, la progettazione automobilistica, le finanze, le previsioni del tempo e la dinamica fluida. Il laboratorio nazionale di Argonne negli Stati Uniti e il ASTRON, un'organizzazione astronomica olandese principale, egualmente installerà nel 2005 i supercomputer di BlueGene/L per affrontare le sfide scientifiche uniche.