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Laboratório de pesquisa japonês para usar um super-computador do IBM para a pesquisa da proteína

O IBM anunciou hoje esse AIST, um laboratório de investigação japonês principal, usará um super-computador do IBM BlueGene/L para avançar sua pesquisa nas proteínas, descobertas potencial de aceleração no projecto da droga. O super-computador de BlueGene/L foi classificado como o quarto - o super-computador o maior no mundo.

O centro de pesquisa computacional da biologia (CBRC) do instituto nacional da ciência e da tecnologia industriais avançadas (AIST) usará a potência computacional extrema de BlueGene/L prever melhor as estruturas 3-D da proteína, chave a compreender como as drogas interagem com as doenças. A pesquisa do IBM e AIST igualmente estão explorando áreas possíveis para a pesquisa comum que usa o software de aplicação IBM projectaram especificamente abordar simulações da proteína em BlueGene/L.

Esperou ser instalado em fevereiro de 2005, o sistema de BlueGene/L consistirá em quatro cremalheiras, com uma velocidade de processamento máxima de 22,8 por segundo dos cálculos do trilhão, ou em 22,8 teraflops. O super-computador de BlueGene/L será 24 vezes mais poderoso e usará uma fracção do espaço comparado aos sistemas informáticos actuais do CBRC. BlueGene/L consome no máximo o 1/10th a potência pela computação e 1/16th o espaço dos sistemas de potência comparável do cálculo encontrou na lista 500 superior da maioria de super-computadores poderosos.

“Um de nossos desafios mais grandes da pesquisa é aplicar os dados obtidos do genoma que descodifica à engenharia da proteína e ao projecto da droga. A escala da simulação que esta exige não pode ser feita sem a ajuda dos super-computadores,” disse o Dr. Yutaka Akiyama, director, centro de pesquisa computacional da biologia, AIST. Do “o super-computador do BlueGene/L IBM fornece-nos um recurso maciço da supercomputação que acelere dramàtica nosso trabalho.”

Os cientistas de AIST estão desenvolvendo técnicas da computação paralela e distribuída para resolver problemas em grande escala de processo de dados e de pesquisa na bioinformática. A equipe igualmente está criando aplicações informáticas do elevado desempenho para a simulação molecular, a análise da espectrometria em massa, e a simulação da pilha.

“Desde o início, o comprometimento do IBM a desenvolver os super-computadores os mais poderosos e os mais flexíveis no mundo incluiu um foco em abordar os desafios os mais grandes nas ciências da vida,” disse William Pulleyblank, director de sistemas exploratórios do server, pesquisa do IBM. De “a dedicação AIST a pesquisa avançada das ciências da vida é a oportunidade perfeita de combinar o super-computador o mais avançado do mundo com uma instituição de pesquisa principal para atacar um desafio científico principal.”

Se foi instalada hoje, este super-computador classificaria terceiro no mundo na lista dos 500 super-computadores superiores anunciados em junho de 2004. Dois super-computadores adiantados do protótipo BlueGene/L foram classificados como os quartos e oitavos - super-computadores os maiores no mundo em junho (http://www.top500.org/list/2004/06/). Estes sistemas exploram os processadores avançados baseados na arquitetura da potência do IBM. No começo desse ano, o IBM anunciou sua iniciativa da potência em toda parte, projetado fazer isto a mesma arquitetura da potência do IBM mais amplamente disponível para tudo dos produtos electrónicos de consumo aos super-computadores.

O gene azul é um projecto da supercomputação do IBM que esteja criando uma família nova dos super-computadores aperfeiçoados para que a largura de faixa, a escalabilidade e a capacidade segure grandes quantidades de dados ao consumir uma fracção da potência e do espaço exigidos por sistemas os mais rápidos de hoje. O projecto originado em 1999 na divisão de pesquisa do IBM e é esperado ser usado no mundo inteiro pelo governo e pesquisadores assim como negócios da universidade para abordar os desafios os mais avançados em diversos campos muito diferentes, incluindo a pesquisa genomic, o projecto automotivo, a finança, a previsão de tempo e a dinâmica de fluidos. O laboratório nacional de Argonne nos E.U. e no ASTRON, uma organização astronômica holandesa principal, igualmente estará instalando super-computadores de BlueGene/L em 2005 para abordar desafios científicos originais.