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Laboratorio de investigación japonés para utilizar un superordenador de IBM para la investigación de la proteína

IBM anunció hoy ese AIST, un laboratorio de investigación japonés de cabeza, utilizará un superordenador de IBM BlueGene/L para avance su investigación en proteínas, rupturas potencialmente acelerantes en diseño de la droga. El superordenador de BlueGene/L se ha alineado como el cuarto más grande superordenador en el mundo.

El centro de investigación de cómputo de la biología (CBRC) del instituto nacional de la ciencia y de la tecnología industriales avanzadas (AIST) utilizará la potencia de cómputo extrema de BlueGene/L de predecir mejor las estructuras tridimensionales de la proteína, llave a entender cómo las drogas obran recíprocamente con enfermedades. IBM investiga y AIST también están explorando las áreas posibles para la investigación común usando el software de aplicación IBM han diseñado específicamente abordar simulaciones de la proteína en BlueGene/L.

Preveía ser instalado en febrero de 2005, el sistema de BlueGene/L consistirá en cuatro cremalleras, con una velocidad de tramitación máxima de 22,8 cálculos trillón por segundo, o 22,8 teraflops. El superordenador de BlueGene/L será 24 veces más potente y utilizará una parte del espacio comparado a los sistemas informáticos actuales del CBRC. BlueGene/L consume a lo más 1/10o la potencia por el cómputo y 1/16o el espacio de sistemas de potencia comparable del cálculo encontró en el filete superior 500 de la mayoría de los superordenadores potentes.

“Uno de nuestros retos más grandes de la investigación es aplicar los datos obtenidos del genoma que decodifica a la ingeniería de la proteína y al diseño de la droga. La escala de la simulación que ésta requiere no se puede hacer sin la ayuda de superordenadores,” dijo al Dr. Yutaka Akiyama, director, centro de investigación de cómputo de la biología, AIST. “El superordenador del BlueGene/L de IBM provee de nosotros un recurso masivo de la superinformática que acelere dramáticamente nuestro trabajo.”

Los científicos de AIST están desarrollando las técnicas que calculan paralelas y distribuidas para resolver problemas de proceso de datos y que exploran en grande en bioinformática. Las personas también están creando las aplicaciones informáticas del alto rendimiento para la simulación, el análisis de la espectrometría de masa, y la simulación moleculares de la célula.

“Desde el principio, la consolidación de IBM con desarrollar los superordenadores más potentes y más flexibles del mundo ha incluido un foco en abordar los retos más grandes en ciencias de la vida,” dijo a Guillermo Pulleyblank, director de los sistemas exploratorios del servidor, IBM investigan. El “esmero de AIST a la investigación avanzada de las ciencias de la vida es la oportunidad perfecta de combinar el superordenador más avanzado del mundo con una institución de investigación de cabeza para atacar un reto científico importante.”

Si fuera instalado hoy, este superordenador alinearía tercer en el mundo en el filete de los 500 superordenadores superiores anunciados en junio de 2004. Dos superordenadores tempranos del prototipo BlueGene/L fueron alineados como los cuartos y octavos - superordenadores más grandes del mundo en junio (http://www.top500.org/list/2004/06/). Estos sistemas explotan los procesadores avanzados basados en la configuración de la potencia de IBM. A principios de este año, IBM anunció su iniciativa de la potencia por todas partes, diseñado hacer esto el mismo IBM mueva por motor la configuración más extensamente - disponible para todo de los productos electrónicos de consumo para los superordenadores.

El gen azul es un proyecto de la superinformática de IBM que está creando una nueva familia de superordenadores optimizados para que la anchura de banda, la capacidad de conversión a escala y la capacidad manejen una gran cantidad de datos mientras que consume una parte de la potencia y del espacio requeridos por los sistemas más rápidos de hoy. Se prevee que el proyecto originado en 1999 en la división de la investigación de IBM y sea utilizado por todo el mundo por el gobierno y los investigadores así como los asuntos de la universidad para abordar los retos más avanzados de varios campos muy diversos, incluyendo la investigación genomic, el diseño automotor, finanzas, la previsión meteorológica y la dinámica de fluidos. El laboratorio nacional de Argonne en los E.E.U.U. y el ASTRON, una organización astronómica holandesa de cabeza, también instalará los superordenadores de BlueGene/L en 2005 para abordar retos científicos únicos.