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Les aides neuves puissantes de compilateur débloquent les secrets des bactéries d'une fer-consommation connues sous le nom de Desulfovibrio vulgaris

Gerrit Voordouw, PhD, un microbiologiste à l'université de Calgary, a passé les 20 dernières années essayant de débloquer les secrets des bactéries d'une fer-consommation connues sous le nom de Desulfovibrio vulgaris.

Ce microbe efficace, trouvé dans des réservoirs de pétrole et de gaz, peut manger sa voie par un pipeline en juste quelques mois. « Nous avons voulu comprendre pourquoi le D. vulgaris est si corrosif aux pipelines et au matériel de gisement de pétrole, » dit Voordouw. « Et nous avons su que la clavette était d'ordonnancer ses 3.394 gènes. »

C'est quand il a approché Christoph Sensen, PhD, au sujet d'employer le corps enseignant du compilateur immensément puissant de l'ordinateur de médicament, Paracel Genematcher 2.

« Nous avons demandé au M. Sensen et ses collègues de concevoir la frite de gène pour nous un mercredi, et par jeudi, elle a été faite, » dit Voordouw. « Que le genre de modèle génétique de sonde prendrait normalement des mois pour accomplir. Je suis captivé pour avoir un outil de recherches si puissant à mes bouts du doigt. »

« Quand les scientifiques font la recherche génétique, le volume d'information est si grand, il devient rapidement incontrôlable, » dit Sensen, directeur, centre d'excellence de Sun pour la génomique visuelle à U de la faculté de médecine du c. « Qui est pourquoi nous avons monté ce compilateur hautement spécialisé - un genre d'über-calculatrice pour les scientifiques génétiques. »

Le Genematcher 2 a 28.800 compilateurs spécialisés qui recherchent les bases de données multiples, y compris tous les génomes publics dans le GenBank. C'est le premier système de cette grandeur dans le monde procurable pour rechercher des scientifiques par l'intermédiaire de l'Internet. Les chercheurs entrent leurs caractéristiques génomiques dans le compilateur, qui prend leur tension génétique spécifique et la compare contre les bases de données génomiques dans le monde entier.

  • Essais de recherche génétique pour répondre à trois questions principales :
    • où un gène est situé dans le modèle entier ?
    • quelles protéines sont produites et que font-elles ?
    • combien l'active est-il le gène ?

« Il est comme si vous connaissez tous les adresses et numéros de téléphone pour chacun à Calgary, et ce que vous devez réellement connaître est, qui les gens sont, et ce qu'ils font pour vivre, » dit Sensen. Le Genematcher 2 produit derrière des scientifiques d'un état disant où les gènes sont et ce qu'ils font. L'équipe de Sensen produit alors une frite de gène que les chercheurs emploient dans des expériences complémentaires.

« J'ai maintenant un modèle génétique détaillé de D. vulgaris. Ce plan guide notre projet neuf - comment armer la capacité naturelle des bactéries de réduire les métaux toxiques, tels que l'uranium ou le chrome aux sites miniers abandonnés, » dit Voordouw.

Les chercheurs génomiques à l'université de Calgary et en travers du Canada emploient Genematcher 2 pour vérifier des virus, des lignées cellulaires de cancer, des champignons et le génome humain entier.