Aviso: Esta página é uma tradução automática da página original em inglês. Por favor note uma vez que as traduções são geradas por máquinas, não tradução tudo será perfeita. Este site e suas páginas da Web destinam-se a ler em inglês. Qualquer tradução deste site e suas páginas da Web pode ser imprecisas e imprecisos no todo ou em parte. Esta tradução é fornecida como uma conveniência.

As ajudas novas poderosas do processador destravam os segredos das bactérias ferro-comer conhecidas como Desulfovibrio vulgar

Gerrit Voordouw, PhD, um microbiologista na universidade de Calgary, passou os 20 anos passados que tentam destravar os segredos das bactérias ferro-comer conhecidas como Desulfovibrio vulgar.

Este micróbio poderoso, encontrado em reservatórios de petróleo e gás, pode comer sua maneira através de um encanamento apenas em alguns meses. “Nós quisemos compreender porque o D. vulgar é tão corrosivo aos encanamentos e ao equipamento do campo petrolífero,” dizemos Voordouw. “E nós soubemos que a chave era arranjar em seqüência seus 3.394 genes.”

Isso é quando aproximou Christoph Sensen, PhD, sobre a utilização da faculdade do processador imensa poderoso do computador de medicina, Paracel Genematcher 2.

“Nós pedimos que o Dr. Sensen e seus colegas projectasse a microplaqueta do gene para nós em uma quarta-feira, e em quinta-feira, foi feita,” diz Voordouw. “Que o tipo do projecto genético da ponta de prova tomaria normalmente meses para realizar. Eu sou excitado para ter uma ferramenta tão poderosa da pesquisa em minhas pontas do dedo.”

“Quando os cientistas estão fazendo a pesquisa genética, o volume de informação é tão grande, torna-se rapidamente incontrolável,” diz Sensen, director, centro de Sun da excelência para a genómica visual em U da faculdade do c de medicina. “É por isso nós instalamos este processador altamente especializado - um tipo da über-calculadora para cientistas genéticos.”

O Genematcher 2 tem 28.800 processadores especializados que procuraram bases de dados múltiplas, incluindo todos os genomas públicos em GenBank. É o primeiro sistema deste valor no mundo disponível para pesquisar cientistas através do Internet. Os pesquisadores entram seus dados genomic no processador, que toma sua tensão genética específica e a compara contra bases de dados genomic no mundo inteiro.

  • A pesquisa genética tenta responder a três perguntas fundamentais:
    • onde um gene é ficado situado dentro do modelo inteiro?
    • que proteínas são produzidas e que fazem?
    • como o active é o gene?

“É como se você conhece todos os endereços e números de telefone para todos em Calgary, e o que você precisa realmente de conhecer é, que os povos são, e o que fazem para uma vida,” diz Sensen. O Genematcher 2 gera a cientistas de um relatório dizendo onde os genes estão e o que fazem. A equipe de Sensen produz então uma microplaqueta do gene que os pesquisadores usem em experiências da continuação.

“Eu tenho agora um modelo genético detalhado do D. vulgar. Este mapa está guiando nosso projecto novo - como aproveitar a capacidade natural das bactérias para reduzir metais tóxicos, tais como o urânio ou o cromo em locais de mineração abandonados,” diz Voordouw.

Os pesquisadores Genomic na universidade de Calgary e através de Canadá estão usando Genematcher 2 para investigar vírus, linha celular do cancro, fungos e o genoma humano inteiro.