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Las nuevas ayudas potentes del procesador abren los secretos de las bacterias de una hierro-consumición conocidas como Desulfovibrio vulgaris

Gerrit Voordouw, doctorado, microbiólogo en la universidad de Calgary, ha pasado los últimos 20 años que intentaban abrir los secretos de las bacterias de una hierro-consumición conocidas como Desulfovibrio vulgaris.

Este microbio potente, encontrado en depósitos de petróleo y gas, puede comer su manera a través de una tubería en apenas algunos meses. “Quisimos entender porqué la D. vulgaris es tan corrosiva a las tuberías y al equipo del campo petrolífero,” decimos Voordouw. “Y sabíamos que la llave era ordenar sus 3.394 genes.”

Ése es cuando él se acercó a Cristóbal Sensen, doctorado, sobre usar a la facultad del procesador inmenso potente de la computador del remedio, Paracel Genematcher 2.

“Pedimos que el Dr. Sensen y sus colegas diseñara la viruta del gen para nosotros el miércoles, y por jueves, fue hecha,” dice Voordouw. “Que la clase de diseño genético de la antena tardaría normalmente meses para lograr. Me emocionan para tener una herramienta tan potente de la investigación en mis yemas del dedo.”

“Cuando los científicos están haciendo la investigación genética, el volumen de información es tan grande, llega a estar rápidamente inmanejable,” dice a Sensen, director, centro de Sun de la excelencia para la genómica visual en U de la facultad de remedio de la c. “Por eso instalamos este procesador sumamente especializado - una clase de über-calculadora para los científicos genéticos.”

El Genematcher 2 tiene 28.800 procesadores especializados que exploren bases de datos múltiples, incluyendo todos los genomas públicos en GenBank. Es el primer sistema de esta magnitud en el mundo disponible para investigar a científicos vía el Internet. Los investigadores entran sus datos genomic en el procesador, que toma su deformación genética específica y la compara contra bases de datos genomic por todo el mundo.

  • La investigación genética intenta contestar a tres preguntas fundamentales:
    • ¿dónde un gen está situado dentro de la heliografía entera?
    • ¿se producen qué proteínas y qué hacen?
    • ¿cómo el active es el gen?

“Es como si usted conozca todos los direccionamientos y números de teléfono para todo el mundo en Calgary, y qué usted necesita realmente conocer es, que es la gente, y qué ella hace para una vida,” dice Sensen. El Genematcher 2 genera a científicos de un parte informando donde están los genes y lo que lo hacen. Las personas de Sensen entonces producen una viruta del gen que los investigadores utilicen en experimentos de la continuación.

“Ahora tengo una heliografía genética detallada de la D. vulgaris. Este mapa está conduciendo nuestro nuevo proyecto - cómo aprovechar la capacidad natural de las bacterias de reducir los metales tóxicos, tales como uranio o cromo en las minas abandonadas,” dice Voordouw.

Los investigadores Genomic en la universidad de Calgary y a través de Canadá están utilizando Genematcher 2 para investigar virus, variedades de células del cáncer, los hongos y el genoma humano entero.