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Ferramenta molecular nova para localizar mutações do ADN entre milhares de pilhas

Os cientistas projectaram uma ferramenta molecular nova, “LigAmp dublado,” localizar as mutações entre milhares de pilhas, o equivalente do ADN da pesquisa por um único erro tipográfico em uma biblioteca inteira dos livros. Estudos da preliminar em um pequeno número linha celular e de mostra que dos líquidos de corpo o teste ultra-sensível pode ajudar a detectar a resistência microscópica do cancro e de droga do VIH.

“Outros testes moleculars fazem muito difícil encontrar uma mutação em uma pilha particular cercada por milhares de outras pilhas que não têm a mutação,” dizem James Eshleman, M.D., o Ph.D., que conduziu o estudo com os colegas do departamento de Johns Hopkins da patologia e do centro do cancro de Kimmel. “LigAmp essencialmente filtra “ruído” do fundo causado por pilhas normais e revela mutações específicas.”

Os pesquisadores dizem que os testes sensíveis para encontrar mutações poderiam identificar o cancro nos pacientes em de alto risco para a doença. Tais testes poderiam mesmo ajudar a detectar um retorno do cancro monitorando se o número de mutações aumenta acima de um valor de ponto inicial predeterminado.

Além do que a detecção do cancro, o mutação-inventor de Hopkins parece capaz de detectar o VIH resistente aos medicamentos. A equipe testou-o em amostras de sangue de um punhado dos pacientes com VIH e encontrou-aos erros no vírus próprios do ADN que fazem resistente a determinadas drogas de antiretroviral. Os resultados das análises do teste novo são publicados na introdução de novembro de métodos da natureza.

“Nós projectamos LigAmp melhorar como nós procuramos variações extremamente subtis no ADN viral e celular,” dizemos Eshleman, um professor adjunto da patologia e da oncologia e o director adjunto para o laboratório dos diagnósticos do ADN em Johns Hopkins. “O código molecular de pilhas normais pode olhar idêntico a cancerígeno à exceção de um único degrau na escada-estrutura do ADN.”

Os trabalhos de teste criando um “ímã molecular” com uma afinidade para o erro do ADN, igualmente conhecida como uma mutação de ponto. Se a mutação é encontrada, o ímã liga-lhe e introdu-lo um gene bacteriano. O gene bacteriano serve como uma bandeira vermelha e produz uma cor fluorescente visível aos programas informáticos poderosos.

Em seus estudos, os investigador de Hopkins testaram LigAmp em linha celular do cancro do cólon, em sangue dos pacientes de VIH, e em líquido dos canais pancreáticos das pacientes que sofre de cancro. As únicas mutações em pilhas de cancro do cólon e em vírus resistentes aos medicamentos do VIH foram detectadas em diluições de até 1 em 10.000 moléculas. As mutações do gene KRAS2 foram detectadas nas amostras fluidas do canal de três pacientes de cancro do pâncreas, que igualmente corresponderam às mutações encontradas em seus tumores. LigAmp igualmente encontrou uma mutação da droga-resistência, chamada K103N, em amostras de sangue de três pacientes de VIH.

A análise mais aprofundada de LigAmp com tamanhos da amostra maiores e dos painéis cegados de amostras clínicas é actualmente corrente.

“Alguns estudos iniciais mostram que nós podemos simultaneamente procurar mutações diferentes e determinar o número de moléculas transformadas actuais. Isto pode ajudar-nos a construir os painéis de marcadores do cancro para selecionar e a determinar o ponto baixo ou os níveis elevados de mutação.”

O financiamento para esta pesquisa foi fornecido pelo fundo da restituição do cigarro de Maryland, pelo instituto nacional para o cancro, e pelo instituto nacional da alergia e de doenças infecciosas.

Os colegas de Johns Hopkins que trabalham com Eshleman são Chanjuan Shi, Susan Eshleman, Dana Jones, Noriyoshi Fukushima, Li Hua, Antony Parker, Charles Yeo, Ralph Hruban, e Michael Goggins.