Attenzione: questa pagina è una traduzione automatica di questa pagina originariamente in lingua inglese. Si prega di notare in quanto le traduzioni sono generate da macchine, non tutte le traduzioni saranno perfetti. Questo sito web e le sue pagine web sono destinati ad essere letto in inglese. Ogni traduzione del sito e le sue pagine web possono essere imprecise e inesatte, in tutto o in parte. Questa traduzione è fornita per comodità.

Gli strumenti di genomica forniscono le bugne a che cosa causa ogni anno 400 milione casi della malattia gastrointestinale

In uno studio che potrebbe avvantaggiare la ricerca di sicurezza alimentare e medica, gli scienziati hanno utilizzato gli strumenti comparativi di genomica per trovare le bugne circa perché alcuni sforzi del campilobatterio del batterio - che ogni anno causano più di 400 milione casi della malattia gastrointestinale - sono più virulenti di altri.

Lo studio, che compare nell'emissione del gennaio 2005 di biologia di PLoS, paragona le sequenze complete del genoma di due sforzi del jejuni del campilobatterio - le specie il più spesso associate con la malattia umana - e supplementi che l'analisi contrapponendo quelli alle sequenze principalmente-rifinite altri di tre campilobatteri, compreso le specie una che possono essere un agente patogeno emergente in Africa.

Nella loro analisi, i ricercatori hanno trovato un insieme dei geni che possono essere associati molto attentamente con la virulenza di alcuni sforzi del campilobatterio come agenti patogeni umani. Egualmente hanno trovato le variazioni di sequenza fra i quattro isolati del campilobatterio, compreso le differenze strutturali importanti relative all'inserzione di nuovi allungamenti di DNA nelle sequenze del genoma. Quelle “inserzioni„ ed altre variazioni del gene possono aiutare gli scienziati a capire perché ci sono differenze principali nella biologia di vari sforzi del campilobatterio.

“Facendo uso di genomica comparativa, abbiamo sviluppato una cianografia per l'analisi di questa famiglia dei batteri,„ dice la torre Fouts, uno scienziato all'istituto per la ricerca genomica (TIGR) che è il primo autore del documento di PLoS. “Questo studio getta la base per ulteriore ricerca che può aiutare gli scienziati a trovare i nuovi modi individuare e gestire i batteri.„

Fouts, che studia i batteriofagi (virus che infettano i batteri), dice i fagi novelli identificati confronto del genoma nei campilobatteri. Uno di quei fagi ha il potenziale di essere diventato come strumento per manipolazione genetica del microbo nei modi che avvantaggierebbero la sicurezza alimentare o la salubrità, lui aggiunge.

Il sequenziamento del genoma di TIGR e l'analisi dei batteri del campilobatterio - un progetto piombo dal ricercatore Karen E. Nelson del socio di TIGR - sono stati fatti in collaborazione con gli scienziati al ministero dell'agricoltura degli Stati Uniti (usda). L'usda era il garante del progetto globale.

Gli scienziati William Miller, Craig Parker e Robert Mandrell di usda - chi studiano i modi migliorare la rilevazione, la differenziazione e le misure molecolari di virulenza del campilobatterio all'unità di ricerca della sicurezza e di microbiologia dei prodotti (PSMRU) al centro di ricerca regionale occidentale di USDA-ARS a Albany, CA - hanno fornito i quattro sforzi del campilobatterio a TIGR per l'ordinamento e l'analisi. La selezione è stata basata sulle funzionalità interessanti degli sforzi, quali virulenza, la resistenza alle droghe, o un'associazione con una malattia clinica.

Nel 2000, gli scienziati avevano pubblicato il primo genoma delle specie di un campilobatterio - jejuni del C. - che è usato mentre un modello per studiare i moduli patogeni dei batteri, ma che può perdere alcuni dei sui geni di virulenza durante gli anni di propagazione in laboratori. Nel nuovo studio, TIGR ed i collaboratori hanno confrontato quello sforzo del laboratorio alla sequenza dello sforzo di jejuni RM1221 del C., che è stato isolato dall'interfaccia del pollo ed è stato trovato dal laboratorio di USDA-ARS per essere un colonizzatore efficiente degli apparati digerente del pollo.

Lo studio di PLoS egualmente ha confrontato i due genoma di jejuni del C. alle sequenze non-abbastanza-complete del DNA di uno sforzo multidrug-resistente del C. coli isolato da un pollo; sforzo di lari di corrente alternata (isolato clinico) connesso con la malattia umana; e sforzo di upsaliensis di corrente alternata isolato da un bambino africano con la sindrome di Guillain-Barré. L'analisi iniziale dei dati comparativi di sequenza, che saranno migliorati dopo gli scienziati studia come le sequenze del gene si riferiscono alla funzione del gene, rivelatore:

  • Elementi di inserzione che sono i resti del fago o plasmidi e fago lisogeno presunto che sono simili al fago della MU presente in altri batteri;

  • Megaplasmids (il DNA circolare struttura l'esterno del cromosoma) che contiene i geni novelli;

  • Geni di governo della casa che possono essere usati come indicatori per contribuire ad identificare le specie emergenti;

  • Numerose ripetizioni variabili del polinucleotide in una delle specie emergenti di campilobatterio; e

  • Geni novelli che codificano o che modificano le strutture di superficie del carboidrato.

“Le sequenze comparative del genoma danno a scienziati alcune nuove idee migliorare il controllo ed individuare questi organismi,„ dice il Nelson di TIGR, l'autore senior dello studio. Lei e Fouts egualmente dicono che lo studio ha aiutato meglio gli scienziati a capire le relazioni evolutive fra le specie del campilobatterio. Inoltre, il fago e i megaplasmids scoperti dall'analisi del genoma possono rendere le bugne trasferimento laterale di inter specie ed all'intra di DNA fra gli sforzi del campilobatterio.

Il campilobatterio è la causa principale della malattia gastrointestinale batterica negli Stati Uniti, in cui circa 15 su ogni 100,000 persone sono diagnosticati con il campylobacteriosis ogni anno. Molti altri casi vanno non riferito dovuto la natura sporadica della malattia. La malattia dura una settimana ai 10 giorni, con i sintomi che comprendono la diarrea, le grappe, il dolore addominale e la febbre. Raramente, l'infezione può essere più grave o persino mortale quando le vittime sviluppano la sindrome di Guillain-Barré, che comprende il danneggiamento dei nervi che collegano il midollo spinale ed il cervello al resto dell'organismo.

Campylobacteriosis è causato solitamente dal jejuni del C., da un microbo trovato normalmente nel bestiame, dai maiali e dagli uccelli, in cui non causa problemi. Ma la malattia può anche essere causata dal upsaliensis del C. coli (anche trovato in bestiame, in maiali ed in uccelli), del C. (trovato in caponi ed in cani) e dal lari del C. (presente in uccelli marini in particolare). La gente è esposta spesso ai batteri malattia-causanti quando mangiano l'alimento contaminato - in molti casi, pollame non abbastanza cotto o male trattato.

Mentre il jejuni del C. colonizza i tratti gastrointestinali di molti animali, sembra adattarsi particolarmente ai tratti enterici degli uccelli, compreso i polli ed i tacchini. Ecco perché il pollame è considerato come una sorgente del campylobacteriosis umano. La malattia può anche essere trasmessa via il contatto umano con gli animali domestici dell'acqua contaminata, del bestiame o della famiglia.

Il Mandrell dell'usda dice i nuovi dati di sequenza del campilobatterio hanno permesso che il gruppo di PSMRU nella California mettesse a punto i metodi più completi di rilevazione, compreso i microarrays, per analizzare gli isolati umani ed ambientali dei batteri. Lo scopo è di potere “prendere le impronte digitali„ agli sforzi, ad un aspetto importante di determinazione della loro sorgente, alla forma fisica ed all'epidemiologia.

Identificando i simili geni del governo della casa fra le specie non-jejuni ordini i dati, il gruppo ha ampliato il suo metodo originale di impronta digitale ed ha iniziato uno studio a parecchie posizioni dell'ARS per caratterizzare le differenze fra gli sforzi del C. coli isolati dall'animale differente e dalle sorgenti cliniche.

L'istituto per la ricerca genomica (TIGR) è un istituto di ricerca senza scopo di lucro basato a Rockville, Maryland. TIGR, che ha ordinato il primo genoma completo di un organismo dissipato nel 1995, è stato alla prima linea della rivoluzione genomica da quando l'istituto è stato fondato nel 1992. TIGR conduce la ricerca che comprende l'analisi strutturale, funzionale e comparativa dei genoma e dei prodotti del gene nei virus, nei batteri, nel archaea e negli eucarioti.