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Analisi sperimentali genoma di ampiezza più complete delle trascrizioni senso-antisenso fin qui

Un gruppo degli scienziati piombo dal Dott. Kuniya Abe dal centro di RIKEN BioResource nel Giappone ha eseguito una delle analisi sperimentali genoma di ampiezza più complete delle trascrizioni senso-antisenso fin qui. I loro risultati sono pubblicati nell'emissione di aprile della ricerca del genoma del giornale.

le trascrizioni Senso-antisenso, o SATs, sono paia delle molecole del RNA generate dai fili opposti del DNA allo stesso luogo. Il numero di SATs ha identificato negli ultimi anni si è sviluppato sostanzialmente ed ora sono credute per comprendere almeno 8% i geni umani. Molte paia di SAT sono state implicate in varie fasi del regolamento del gene, compreso trascrizione, trattamento del mRNA, l'impionbatura, la stabilità, il trasporto e la traduzione. I vari esempi di tali geni di sovrapposizione sono stati documentati in tutte le forme di vita - dai virus e dai prokaryotes alle piante ed agli animali.

Fin qui, la maggior parte dei studi sulle paia di SAT hanno utilizzato puramente in silico gli approcci; molto pochi hanno convalidato sperimentalmente l'esistenza delle molecole di sovrapposizione del RNA in vivo. A tal fine, Dott. Hidenori Kiyosawa, l'autore principale sul documento, precisato per confermare la presenza di SATs in vari tipi e colture cellulari del tessuto del mouse come pure per identificare le caratteristiche comuni di queste trascrizioni uniche.

Impiegando un chip su ordine di microarray ha progettato per individuare un'espressione filo-specifica delle paia 1947 di SAT, i ricercatori hanno scoperto che la maggior parte del SATs ampiamente sono stati espressi in cervello, cuore e testicolo del mouse come pure nelle cellule staminali e nei fibroblasti embrionali del mouse. Mentre un certo SATs è stato espresso ad un livello coerente in tutti i celle e tessuti provati, altri profondi reticoli tessuto-specifici esibiti di espressione.

Sopra esame vicino di parecchie paia di SAT, il gruppo di Abe ha trovato che le trascrizioni hanno diviso parecchie caratteristiche notevoli. Le analisi nordiche di ibridazione della macchia di sei paia a caso scelte di SAT hanno rivelato che i luoghi di SAT hanno generato le trascrizioni multiple di varie dimensioni, contrariamente ad una singola trascrizione che è preveduta nell'ambito dell'un modello tradizionale della trascrizione del gene-un. Ancora, il SATs ha teso ad essere poli (A) - negativo ed arricchito nel nucleo, che suggerisce forte un ruolo funzionale per queste trascrizioni nel regolamento del gene.

Abe e Kiyosawa egualmente hanno valutato quattro paia di Arabidopsis SAT ed hanno dimostrato che queste caratteristiche molecolari in gran parte sono state conservate in impianti.

“La credenza convenzionale nella biologia molecolare suggerisce che poli (A) + i mRNAs siano mediatori importanti nei flussi di informazioni genetiche,„ Abe spiega. “Tuttavia, le informazioni ottenute da questo studio implicano che alcune classi di poli (A) - il RNA nucleare negativo possono avere funzioni biologiche importanti.„

Fra queste funzioni può essere la regolazione genica ad un livello del dominio, come quello che è stato documentato per parecchi luoghi impressi. Le trascrizioni antisenso sono state indicate per alterare lo stato di metilazione del gene di sovrapposizione del partner. SATs potrebbe anche avviare il regolamento del gene di posttranscriptional via interferenza del RNA (RNAi) in virtù della loro capacità di formare le molecole a doppia elica del RNA (dsRNA).

Una grande proporzione di questi RNAs antisenso rappresenta la non codifica RNAs. Quindi, i ricercatori prevedono che questi risultati piombo ad una migliore comprensione dei ruoli di non codifica RNAs nel regolamento del gene.