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Les aides de simulation sur ordinateur comprennent le procédé de transcription d'ADN

Les pharmaciens d'université de New York ont employé une simulation sur ordinateur dont les résultats ont la compréhension scientifique améliorée du procédé de transcription d'ADN. L'étude, financée par les instituts de la santé nationaux, apparaît dans la question du 7 juin des démarches de l'académie nationale des sciences.

La recherche précédente a indiqué cette chromatine--la substance d'un chromosome se composant des protéines d'histone et de l'ADN--montre des conformations sel-dépendantes. Particulièrement, les réseaux des nucleosomes, les synthons de chromatine qui apparaissent en tant que structures talon talon le long d'ADN, se plient dans une fibre condensée à mesure que le sel augmente. Ce pliage et l'effet entre les structures de la chromatine règlent l'expression du gène principale. Cependant, le mécanisme moléculaire étant à la base de ce procédé demeure peu clair.

L'équipe de recherche, que les pharmaciens inclus Tamar Schlick de NYU, le Sun de Jian (maintenant à la Faculté de Médecine de Cornell), et le Qing Zhang, ont analysé un choix 12 nucleosome. Utilisant un grand choix d'états de sel, les chercheurs ont constaté que le choix nucleosomal a formé les structures en trois dimensions irrégulières de zig-zag aux concentrations élevées en sel et les structures de « talon-sur-un-chaîne de caractères » à faible teneur en sel, expliquant que la structure de la chromatine dépend fortement de son environnement de sel.

À Schlick et à ses collègues, ces résultats ont indiqué que dans un environnement à faible teneur en sel, le lieur ADN dans le choix ont été repoussés, évitant le pliage de choix et ayant pour résultat une structure talon talon. Cependant, dans des états de haut-sel, examiner de la répulsion du lieur ADN permet les contacts étroits et l'attraction entre les nucleosomes, permettant au choix de se plier. Car le pliage ou le déploiement de chromatine évite ou permet l'accès transcriptionnel des machines à l'ADN dans un chromosome, cette étude de simulation sur ordinateur aide à comprendre le mécanisme de l'expression du gène et de l'amortissement.