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Échange d'Identité : Trouvant les variantes que l'histoire du homme a favorisées

Différences de Séquence dans moins de 0,2% du jeu de génome humain de 3 milliard-bases un rôle indispensable dans une variété ahurissante de la maladie humaine. Chercheurs de l'Institut de Sanger de Confiance de Wellcome et de l'Institut de Cambridge de l'Université de Cambridge pour la Recherche Médicale, avec l'état international de collègues en Génétique de PLoS leurs plans détaillés des différences impliquées en maladie ainsi que gènes qui sont inchangées en histoire du homme récente.

Le Composé Principal d'Histocompatibilité (MHC) se compose des centaines de gènes sur le chromosome humain 6 qui sont importants en la plupart des conditions auto-immune, quand nos défenses biologiques mettent en marche nos propres systèmes. Le MHC a le rôle principal dans le diabète de type 1 et l'arthrite rhumatoïde. Le MHC est également pivotalement en réponse à l'infection, y compris la malaria et le SIDA.

Les Gènes dans le MHC peuvent différer excessivement entre les gens, et les différences parmi nous des événements médicaux d'affect aussi divers que le rejet de greffe, l'arthrite, l'asthme et la résistance aux maladies de tissu. Une étude détaillée de cette région dans différents gens jettera la lumière sur laquelle les gènes sont les plus importants.

« Nous avons analysé la région entière de MHC en détail de trois personnes qui ont transporté la susceptibilité différente à la maladie, » M. expliqué Stephan Beck, amorce de l'équipe à l'Institut de Sanger de Confiance de Wellcome. Les différences Principales étaient alors encore analysées dans une population beaucoup plus grande de 140 échantillons d'ADN.

« Dans la mer de plus de 20.000 variations de séquence en travers de 4 millions de bases de MHC, nous avons trouvé une île de stabilité, » M. prolongé Beck. « Une région de 160.000 bases qui est jusqu'à 200 fois moins de variante entre les chromosomes partageant une partie du même type de HLA, suggérant que ces personnes aient très probablement partagé un ancêtre commun pas plus tard qu'il y a 50.000 ans. »

L'Échange des cases héréditaires de séquence est un mécanisme potentiel (identité-par-origine) par lequel certaines combinaisons de gène, qui vraisemblablement ont favorisé l'avantage immunologique (par exemple résistance à la maladie infectieuse), puissent écarter en travers des haplotypes et des populations.

Professeur John Trowsdale, au Service de Pathologie, Université de Cambridge, a dit, « La région, DR-DQ appelé, où nous trouvons que cette île de stabilité est une des plus variable en notre génome, pourtant dans certains c'a été ` fixe'. Nous proposons que des cases de DR-DQ héréditaires aient été brouillées dans différents milieux de MHC et ultérieurement augmentées dans la fréquence en travers des populations Européennes.

« Ces' haplotypes fixes par ` pourraient alors avoir augmenté parce qu'elles se sont protégées contre l'infection et la maladie. Nous espérons afficher, dans d'autres études, si cette région stable était une clé à la résistance aux maladies dans notre passé récent. »

Encore d'étude décrit plus de 300 variantes changeantes acides aminées dans les séquences du gène. Ces variantes sont les candidats intenses pour que les études fonctionnelles comprennent le rôle de la variation dans la maladie MHC-associée.

Affects de Maladie auto-immune environ 3 millions de personnes au R-U. Les trois haplotypes étudiées ici affichent différentes susceptibilités aux maladies telles que le diabète de type 1, les myasthénies gravis et la sclérose en plaques.

Pour quelques maladies auto-immune communes le MHC fournit la cotisation génétique de loin la plus grande par une région unique de chromosome. Par exemple, le MHC représente au moins 30% de la totalisation familiale dans le diabète de type 1 et l'arthrite rhumatoïde.

Les « Données produites par des projets tels que le Projet de Haplotype de MHC introduiront dans le Consortium récent annoncé de Cas-témoin de Confiance de Wellcome, » a expliqué Professeur John Todd, Professeur de Génétique Médicale à l'Institut de Cambridge pour la Recherche Médicale, « et la recherche de WTCCC des poteaux indicateurs génétiques pour huit maladies communes sera accélérée par les repères neufs enregistrés ici. À des tarifs toujours croissants, nous développons les outils nécessaires et échantillonnons des collections pour effectuer une véritable différence à l'étude, diagnostic et, nous espérons, demande de règlement des maladies telles que la TB, maladie coronarienne, diabète et arthrite rhumatoïde. »

Le Projet de Haplotype de MHC produit un moyen public pour aider la découverte des facteurs génétiques influençant ces traits médicaux et pour jeter la lumière sur l'évolution du MHC. L'Accès aux séquences complètes en travers de plusieurs haplotypes de MHC qui montrent des différences dans la susceptibilité de la maladie aidera des chercheurs à autoguider dedans sur des variantes particulières (allèles de susceptibilité) et à éliminer des régions contribuant à une maladie donnée.

Haplotypes et le MHC

Les Haplotypes sont des combinaisons de gène et de variantes de séquence qui tendent à se produire ensemble dans un génome individuel. Ceci peut être purement fortuit, ou il peut réfléchir la sélection des combinaisons données (elles ont été réussies dans au delà), ou il peut réfléchir un goulot d'étranglement de population, où seulement quelques uns, peut-être assimilé, des génomes ont contribué à la croissance démographique supplémentaire.

Le MHC est parmi les régions gène-denses du génome humain et du plus variable, comme on aurait pu s'y attendre d'une région concernée dans l'infection de combat (ainsi que d'autres fonctionnements). Au-dessus du temps évolutionnaire, le MHC a été piloté pour devenir la plupart de région variable de notre génome.

Le Projet de Haplotype de MHC étudie in fine le petit groupe la séquence de huit des haplotypes humaines les plus communes, sélecté pour la protection de entretien contre ou la susceptibilité à la maladie commune. L'analyse détaillée du tiers de ces huit est enregistrée ici et avec les deux précédemment décrits.

La haplotype de COX a été associée avec la susceptibilité à un large éventail de maladies, y compris le diabète de type 1, le lupus érythémateux disséminé et la myasthénie gravis.

La haplotype de PGF assure la protection contre le diabète de type 1 et la prédispose à d'autres maladies telles que la sclérose en plaques et les lupus érythémateux disséminés.

La haplotype de QBL est franchement associée avec maladie et diabète de type 1 de Tombes la'.

http://dx.doi.org/10.1371/journal.pgen.0020009

http://genetics.plosjournals.org