Aviso: Esta página é uma tradução automática da página original em inglês. Por favor note uma vez que as traduções são geradas por máquinas, não tradução tudo será perfeita. Este site e suas páginas da Web destinam-se a ler em inglês. Qualquer tradução deste site e suas páginas da Web pode ser imprecisas e imprecisos no todo ou em parte. Esta tradução é fornecida como uma conveniência.

Projecto das velocidades de GeneDesign de partes artificiais de ADN

Os pesquisadores de Johns Hopkins anunciaram a revelação de um programa informático com suporte na internet, automatizado que dissessem simplificassem extremamente o processo demorado e sujeito a erros manualmente de projetar partes artificiais de ADN.

O programa, chamado GeneDesign, guia o projecto dos modelos para segmentos do ADN às especificações exigentes exigidas estudando a função do gene e genetically projetando pilhas. Os modelos são usados então por empresas ou por outros investigador para sintetizar o gene.

Um relatório no programa aparece na introdução de abril de 2006 da pesquisa do genoma e em linha em meados de fevereiro. O Web site publicamente acessível pode ser encontrado em http://slam.bs.jhmi.edu/gd.

GeneDesign automatiza o processo de determinar que base se emparelha -- os blocos de apartamentos de ADN -- deve ser ligado junto em um pedido particular para fazer um gene, de acordo com Jef Boeke, Ph.D., professor da biologia molecular e da genética e director da biologia alta da produção centrar-se na Faculdade de Medicina da Universidade Johns Hopkins. Os códigos de um gene para uma proteína específica, e o pedido das centenas ou dos milhares de pares baixos que compo esse gene determinam o pedido dos blocos de apartamentos do ácido aminado que compo essa proteína. Boeke é autor superior do papel.

“GeneDesign guia não somente o usuário em projetar o gene, mas igualmente diagnostica automaticamente falhas de projecto na seqüência das bases que compo o gene,” disse Boeke.

Simplificar a criação de desenhista assim chamado ou de genes artificiais é importante porque as mudanças ligeiras na escolha dos pares baixos que compo partes específicas do gene podem ter efeitos significativos em como o gene trabalha e em como eficientemente pode ser introduzido em pilhas. “No passado,” disse Boeke, os “pesquisadores tiveram que usar muitos programas diferentes para endereçar todas as exigências das etapas separadas do projecto sintético do gene.”

Os pesquisadores têm usado até agora GeneDesign para fazer uma variedade de seqüências do synthetic, incluindo um elemento Ty1 -- uma parte móvel de material genético encontrou em pilhas de fermento. Os elementos Ty1 podem mover-se de uns pilha e “salto” de fermento em um ponto específico em um cromossomas dos segundos de um fermento. Este movimento de salto pode causar mutações ou trazê-las no material genético adicional ao fermento.

GeneDesign consiste em seis módulos que podem ser usados individualmente ou em série para automatizar as tarefas exigidas projectar e manipular seqüências sintéticas do ADN. O programa permite que o usuário comece com a seqüência do ácido aminado que compo a proteína ou as bases compo o gene esse códigos para essa proteína. Então o usuário move-se com uma série de etapas que guiam o projecto do gene e do vector que levarão o gene na pilha. Os usuários podem seguir o principal “projecto trajecto de um gene” ou usar os módulos individualmente como necessários. Os vectores são as partes móveis de ADN que são usadas para levar genes artificiais em pilhas.

Uma vantagem principal a GeneDesign é a capacidade para escolher os codons específicos que trabalham especialmente bem em organismos específicos, Boeke disse. Um codon é um trio das bases em um gene esse códigos para um bloco de apartamentos específico do ácido aminado. A maioria de ácidos aminados são representados por mais de um codon. Por exemplo, os codons GCU, GCC, GCA, GCG podem cada código para a alanina do ácido aminado.

As pilhas humanas, bacterianas e de fermento diferem frequentemente no codon que preferem se usar para um ácido aminado particular. “GeneDesign escolhe automaticamente o melhor codon usar-se segundo se o gene está supor para trabalhar em uma pilha humana, em uma bactéria, ou em uma pilha de fermento,” Boeke disse. “Quando você está trabalhando com centenas de codons, aquela é uma ajuda significativa.”

O programa igualmente simplifica o projecto dos genes que farão proteínas com alterações desejadas, específicas -- por exemplo, mudanças que os fazem trabalhar mais eficientemente.

Uma outra vantagem do GeneDesign é facilidade de criar locais da limitação -- os lugares ao longo do ADN onde o gene pode ser cortado, disseram Sarah M. Richardson, um candidato do Ph.D. no departamento da medicina genética em Hopkins e primeiro autor do papel. Os cientistas usam as tesouras moleculars chamadas enzimas da limitação para fazer estes cortes, que permitem que façam cortarar-col necessário para pôr genes artificiais em vectores.

“GeneDesign guia a escolha da série de pares baixos onde as enzimas da limitação cortam o ADN,” Richardson disse. “Que deixa investigador usar enzimas diferentes da limitação para fazer exactamente cortes a onde querem.”

Se a mesma seqüência do local da limitação ocorreu durante todo o gene, a enzima específica da limitação que reconhece que o local faria cortes múltiplos, de acordo com Richardson. “Que faria impossível fazer cortarar-col preciso necessário para fazer e usar genes artificiais,” disse.

Contudo, mesmo um gene com sucesso projetado não beneficiaria pesquisadores se havia somente uma cópia dela. “Para utilizar genes que artificiais nós precisamos de fazer milhões das cópias delas para experiências usando um processo chamado reacção em cadeia da polimerase,” disse Boeke. “Pondo locais da limitação em pontos específicos ao longo do gene, nós podemos cortá-lo nas partes tamanhos de mordidas que são milhões facilmente duplicados de épocas. Assim a capacidade para cortarar-col os genes traseiros junto é outra vez crítica para projetar genes às especificações direitas, ràpida replicating as e pondo as em vectores para projectar genetically pilhas.”

Os outros autores do papel incluem Sarah J. Wheelan e Robert M. Yarrington do centro alto da biologia da produção da Faculdade de Medicina da Universidade Johns Hopkins.