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L'analyse des interactions de protéines dissipe de vieilles notions de ce qui est important au sujet de elles

Découvertes effectuées pendant la première analyse de grande puissance des interactions entre les protéines dans notre promesse de prise de cellules pour recenser les gènes neufs impliqués dans les maladies génétiques, selon des chercheurs à Johns Hopkins et à l'institut de la bio-informatique (IOB) à Bangalore.

Les découvertes, rapportées dans la question de mars de la génétique de nature, ont été effectuées utilisant une base de données de plus de 25.000 interactions protéine-protéine compilées par l'équipe de Hopkins-IOB. On pense que le résultat est le « interactome » humain le plus détaillé pourtant description de l'effet des protéines qui se produisent en cellules pendant la santé et la maladie.

Les « gènes sont importants parce qu'ils sont les modèles pour des protéines, mais les protéines sont où l'action est dans la vie humaine et la santé, » dit Akhilesh Pandey, M.D., Ph.D., un professeur adjoint à l'institut du médicament génétique et des services de la biochimie, à l'oncologie et à la pathologie à l'École de Médecine d'Université John Hopkins. « Cette capacité de trouver des tiges entre les ensembles de protéines impliquées dans différentes affections génétiques offre une approche nouvelle pour recenser plus rapidement les gènes candidats neufs impliqués dans les maladies humaines, » il dit.

L'analyse a compris des interactions parmi 1.077 gènes codant pour des protéines liées aux 3.133 maladies, les chercheurs enregistrent. De manière significative, elle a prouvé que les protéines codées par le gène que sont subis une mutation dans des troubles hérités étaient susceptibles d'agir l'un sur l'autre avec des protéines déjà connues pour entraîner les troubles assimilés. De plus, les chercheurs ont réfuté l'opinion de longue date parmi des scientifiques que l'importance relative d'une protéine spécifique est toujours réfléchie par le nombre d'autres protéines qu'il agit l'un sur l'autre avec dans la cellule.

Selon Pandey, la comparaison de l'équipe presque 25.000 de l'être humain, 16.000 la levure, 5.500 worm, et 25.000 interactions protéine-protéine de mouche ont prouvé que, parmi ces plus de 70.000 tiges, seulement 16 étaient courants à chacune des quatre substances.

Les chercheurs disent que ceci à basse altitude de la superposition d'interactome parmi la substance était étonnant. Elle a prouvé que les méthodes actuelles de rapide-contrôle pour recenser des interactions de protéines sont susceptibles de manquer des interactions vraies.

Une grande partie du travail de Hopkins-Bangalore a été basé sur l'information compilée dans la base de données de référence humaine de protéine (HPRD), un dépôt d'information sur des interactions protéine-protéine rassemblées de la littérature publiée et enregistrées dans un format adapté pour l'étude et la comparaison rapides avec d'autres cellules animales. HPRD a été développé par l'IOB et le laboratoire de Pandey.

« Utilisant HPRD et plusieurs autres bases de données, nous avons pu développer une mine d'or d'information neuve pour des chercheurs recherchant des voies neuves de trouver des gènes candidats impliqués dans les maladies génétiques, » Pandey dit. « Et notre démonstration que l'importance d'une protéine n'est pas basée sur le nombre d'interactions il a avec d'autres protéines est une découverte conceptuelle importante. Elle élimine une allée aveugle qui pourrait tromper des chercheurs vérifiant les rôles des protéines spécifiques dans la cellule. »

Pandey est le conseiller scientifique en chef à l'IOB et auteur supérieur de l'article de génétique de nature. L'avance conceptuelle de l'équipe a été effectuée en comparant des caractéristiques humaines à 6.014 gènes en levure et à 2.284 gènes chez les souris dont l'effet sur la survie a été connu, selon Pandey. « Notre base de données beaucoup plus grande sur des gènes et des protéines nous a fourni l'information pour régler le dossier tout droit comment mesurer l'importance d'une protéine, » il dit.

Utilisant ce genre de comparaison complète d'informations sur l'être humain et d'autres organismes a permis au groupe de Pandey de recenser 36 interactions protéine-protéine précédemment inconnues, neuf dont ont été vérifiés dans le laboratoire pour vérifier ce que l'analyse a proposé. « Nous prouvés elles étions admissibles, » Pandey dit. « En joignant fureter automatisé au laboratoire expérimente pour confirmer ces découvertes, nous comptons pouvoir compléter éventuellement beaucoup de blancs dans des interactions protéine-protéine humaines. »

Toutes les analyses ont été principalement effectuées à l'IOB, un institut de recherches sans but lucratif fondé par Pandey en mai 2002. La base de données de référence humaine de protéine a été élaborée avec le financement des instituts de la santé nationaux et de l'institut de la bio-informatique. Pandey sert de conseiller scientifique en chef à l'institut de la bio-informatique. Il a droit à une part des redevances payées à l'Université John Hopkins par les entités commerciales pour l'usage de la base de données. Les conditions de ces agencements sont managées par l'Université John Hopkins selon ses polices de conflit d'intérêts.