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L'analisi delle interazioni della proteina dissipa le vecchie nozioni di che cosa è importante circa loro

Scoperte fatte durante la prima analisi su grande scala delle interazioni fra le proteine nella nostra promessa della tenuta delle cellule per l'identificazione dei geni nuovi in questione nelle malattie genetiche, secondo i ricercatori a Johns Hopkins ed all'istituto di bioinformatica (IOB) a Bangalore.

I risultati, riferiti nell'emissione di marzo della genetica della natura, sono stati fatti facendo uso di un database di più di 25.000 interazioni della proteina-proteina compilate dal gruppo di Hopkins-IOB. Il risultato è creduto per essere “il interactome„ umano più dettagliato eppure descrivere l'interazione delle proteine che si presentano in celle durante salubrità e la malattia.

“I geni sono importanti perché sono le cianografie per le proteine, ma le proteine sono dove l'atto è nella vita umana e nella salubrità,„ dice Akhilesh Pandey, M.D., Ph.D., un assistente universitario all'istituto di medicina genetica ed i dipartimenti della biochimica, dell'oncologia e della patologia alla scuola di medicina di Johns Hopkins University. “Questa capacità di trovare i collegamenti fra gli insiemi delle proteine in questione nelle malattie genetiche differenti offre un approccio novello per più rapido l'identificazione dei geni nuovi del candidato in questione nelle malattie umane,„ dice.

L'analisi ha compreso le interazioni fra 1.077 geni che codificano per le proteine collegate a 3.133 malattie, i ricercatori riferiscono. Significativamente, ha indicato che le proteine codificate dai geni che sono subiti una mutazione nei disordini ereditati erano probabili interagire con le proteine già conosciute per causare i simili disordini. Inoltre, i ricercatori hanno confutato la credenza di lunga data fra gli scienziati che l'importanza relativa di una proteina specifica è riflessa sempre dal numero di altre proteine che interagisce con nella cella.

Secondo Pandey, il confronto del gruppo quasi 25.000 dell'essere umano, 16.000 il lievito, 5.500 worm e 25.000 pilotano le interazioni della proteina-proteina hanno indicato che, fra questi più di 70.000 collegamenti, solo 16 erano comuni a tutte e quattro le specie.

I ricercatori dicono che questo a basso livello della sovrapposizione del interactome fra le specie era sorprendente. Ha indicato che i metodi correnti di rapida-prova per l'identificazione delle interazioni della proteina sono probabili mancare le interazioni vere.

Gran parte del lavoro diHopkins-Bangalore è stato basato su informazioni compilate nel database di riferimento umano della proteina (HPRD), una repository di informazioni sulle interazioni della proteina-proteina raccolte dalla letteratura pubblicata e memorizzate in un formato adatto a studio ed a confronto rapidi con altre celle animali. HPRD è stato sviluppato dallo IOB e dal laboratorio di Pandey.

“Facendo uso di HPRD e di parecchi altri database, abbiamo potuti sviluppare una miniera d'oro di nuove informazioni per i ricercatori che cercano i nuovi modi di individuazione dei geni del candidato coinvolgere nelle malattie genetiche,„ Pandey dice. “E la nostra dimostrazione che l'importanza di una proteina non è basata sul numero delle interazioni ha con altre proteine è un'innovazione concettuale importante. Elimina un vicolo cieco che potrebbe fuorviare i ricercatori che studiano i ruoli delle proteine specifiche nella cella.„

Pandey è il Consigliere scientifico principale allo IOB ed autore senior dell'articolo della genetica della natura. L'avanzamento concettuale del gruppo è stato fatto paragonando i dati umani a 6.014 geni in lievito e a 2.284 geni in mouse di cui l'effetto sulla sopravvivenza è stato conosciuto, secondo Pandey. “Il nostro molto più grande database sui geni e sulle proteine ci ha fornito le informazioni per collocare la registrazione diritto come misurare l'importanza di una proteina,„ dice.

Facendo uso di questo genere di confronto completo di informazioni sull'essere umano e su altri organismi ha permesso che il gruppo di Pandey identificasse 36 interazioni precedentemente sconosciute della proteina-proteina, nove di cui sono stati provati in laboratorio per verificare che cosa l'analisi ha suggerito. “Siamo risultato che erano valide,„ Pandey dice. “Collegando l'investigazione automatizzata al laboratorio sperimentiamo per confermare quei risultati, pensiamo potere finalmente riempire molti spazii in bianco nelle interazioni umane della proteina-proteina.„

Tutte le analisi soprattutto sono state effettuate allo IOB, un istituto di ricerca senza scopo di lucro fondato da Pandey nel maggio 2002. Il database di riferimento umano della proteina è stato elaborato con il finanziamento dagli istituti della sanità nazionali e dall'istituto di bioinformatica. Pandey servisce da Consigliere scientifico principale all'istituto di bioinformatica. È autorizzato ad un'azione dei diritti di concessione pagati alla Johns Hopkins University dalle entità commerciali per uso del database. I termini di queste disposizioni stanno gestendi dalla Johns Hopkins University conformemente alle sue polizze di conflitto di interessi.