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A análise de interacções da proteína dissipa noções velhas do que é importante sobre ele

Descobertas feitas durante a primeira análise em grande escala das interacções entre proteínas em nossa promessa da posse das pilhas para identificar os genes novos envolvidos em doenças genéticas, de acordo com pesquisadores em Johns Hopkins e no instituto da bioinformática (IOB) em Bangalore.

Os resultados, relatados na introdução de março da genética da natureza, foram feitos usando uma base de dados de mais de 25.000 interacções da proteína-proteína compiladas pela equipe de Hopkins-IOB. O resultado é acreditado para ser o “interactome humano o mais detalhado” contudo descrição da interacção das proteínas que ocorrem nas pilhas durante a saúde e a doença.

Os “genes são importantes porque são os modelos para proteínas, mas as proteínas são onde a acção está na vida humana e na saúde,” dizem Akhilesh Pandey, M.D., Ph.D., um professor adjunto no instituto da medicina genética e dos departamentos da química biológica, na oncologia e na patologia na Faculdade de Medicina da Universidade Johns Hopkins. “Esta capacidade para encontrar as relações entre grupos de proteínas envolvidas em desordens genéticas diferentes oferece uma aproximação nova para mais ràpida identificar os genes novos do candidato envolvidos em doenças humanas,” diz.

A análise incluiu interacções entre 1.077 genes que codificam para as proteínas ligadas a 3.133 doenças, os pesquisadores relatam. Significativamente, mostrou que as proteínas codificadas pelos genes que são transformados em desordens herdadas eram prováveis interagir com as proteínas já conhecidas para causar desordens similares. Além, os pesquisadores contestaram a opinião duradouro entre cientistas que a importância relativa de uma proteína específica está reflectida sempre pelo número de outras proteínas que interage com na pilha.

De acordo com Pandey, a comparação da equipe quase 25.000 do ser humano, 16.000 fermento, 5.500 worm, e 25.000 voam interacções da proteína-proteína mostraram que, entre estas mais de 70.000 relações, simplesmente 16 eram comuns a todas as quatro espécies.

Os pesquisadores dizem que isto de baixo nível da sobreposição do interactome entre a espécie era surpreendente. Mostrou que os métodos actuais do rápido-teste para identificar interacções da proteína são prováveis faltar interacções verdadeiras.

Muito do trabalho de Hopkins-Bangalore foi baseado na informação compilada na base de dados de referência humana da proteína (HPRD), um repositório da informação nas interacções da proteína-proteína recolhidas da literatura publicada e armazenadas em um formato apropriado para o estudo e a comparação rápidos com outras pilhas animais. HPRD foi desenvolvido pelo IOB e pelo laboratório de Pandey.

“Usando HPRD e diversas outras bases de dados, nós pudemos desenvolver uma mina de ouro da informação nova para os pesquisadores que procuram maneiras novas de encontrar genes do candidato envolvidos em doenças genéticas,” Pandey diz. “E nossa demonstração que a importância de uma proteína não está baseada no número de interacções ele tem com outras proteínas é uma descoberta conceptual importante. Elimina uma aléia cega que poderia enganar nos pesquisadores que investigam os papéis de proteínas específicas na pilha.”

Pandey é o conselheiro científico principal ao IOB e autor superior do artigo da genética da natureza. O avanço conceptual da equipe foi feito comparando dados humanos com os 6.014 genes no fermento e os 2.284 genes nos ratos cujo o efeito na sobrevivência foi sabido, de acordo com Pandey. “Nossa base de dados muito maior em genes e em proteínas deu-nos a informação para ajustar directamente o registro como medir a importância de uma proteína,” diz.

Usar este tipo da comparação detalhada da informação sobre o ser humano e os outros organismos permitiu que o grupo de Pandey identificasse 36 interacções previamente desconhecidas da proteína-proteína, nove de que foram testados no laboratório para verificar o que a análise sugeriu. “Nós provamos que eram válidos,” Pandey diz. “Ligando a investigação automatizada ao laboratório experimentamos para confirmar aqueles resultados, nós esperamos poder preencher eventualmente muitas placas em interacções humanas da proteína-proteína.”

Todas as análises foram realizadas primeiramente no IOB, um instituto de investigação não lucrativo fundado por Pandey em maio de 2002. A base de dados de referência humana da proteína foi desenvolvida com o financiamento dos institutos de saúde nacionais e do instituto da bioinformática. Pandey serve como o conselheiro científico principal ao instituto da bioinformática. É autorizado a uma parte das taxas de licenciamento pagas à Universidade Johns Hopkins por entidades comerciais pelo uso da base de dados. Os termos deste regime estão sendo controlados pela Universidade Johns Hopkins de acordo com suas políticas do conflito de interesses.